三藩之亂始末

三藩之亂（1673年農曆11月21日－1681年農曆10月29日）是清朝康熙初年，吳三桂為首的平西、靖南、平南三藩，以朝廷撤藩之議為由，結合海內外反清勢力起兵反叛的戰爭。自1673年（康熙十二年）冬吳三桂舉兵始，至1681年（康熙二十年）清軍攻佔雲南、吳世璠自縊而終，共歷時八年。

吳三桂起兵初期兵勢甚猛，數月之間便攻佔江南六省。靖南王耿精忠、平南王之子尚之信、廣西將軍孫延齡、陝西提督王輔臣、察哈爾親王布爾尼、延平王鄭經等先後舉兵響應，一度動搖清廷在中原的統治根基，吳三桂之聲勢至此達到頂點。不過，吳軍此後未能有所進取，清廷在相持階段逐漸獲得轉機。1676年（康熙十五年），清大將軍圖海憑藉平定察哈爾之餘威，一戰而收復關中地區。與此同時，康親王傑書等各路清軍也擊破耿精忠三路北伐大軍於浙江和江西一帶，耿精忠於此戰後向清廷投降。次年（1677年），尚之信亦降清，孫延齡勢力則於廣西覆滅，吳軍之東西兩翼皆被清軍翦除，清軍在全局上對吳軍呈合圍之勢。1678年 （康熙十七年），吳三桂稱帝，國號為周，建元昭武，試圖重振民心士氣，然而卻於數月後病死於衡州，太孫吳世璠繼位。此後，戰局對於吳周而言更是每況愈下，先失重鎮岳州，湖南因而不保；清軍又擊敗吳周將領王屏藩於四川，試圖阻斷吳軍補給線，吳世璠只得退守貴陽。1680年（康熙十九年），清軍順勢分道入黔直指雲南，於次年（1681年）攻克昆明，吳世璠兵敗自縊，三藩之亂至此平定。

戰前形勢

三藩由來

清朝初年，由於滿洲初入中原，其統治力量尚不足以直接控制南方各省，因此滿洲統治者採取「以漢制漢」之政策，在「三順王」的基礎上分封入關有功之四位漢人將領治理南方各省、與南明勢力作戰以鞏固清廷統治。朝廷冊封吳三桂為平西王，鎮守雲南、貴州及四川；孔有德為定南王，鎮守廣西；尚可喜為平南王，鎮守廣東；耿仲明為靖南王，鎮守福建，史稱「四王」。後孔有德與其子孔庭訓為南明李定國所圍殺，僅遺有一女四貞，被孝庄文皇后收為義女，定南王爵號遂無嗣而廢。自此清廷所封漢人四王只剩其三，所以史書稱之為「三藩」或「後三藩」（與「前三藩」，南明福王、唐王、桂王政權相對應）。

清廷形勢

康熙帝玄燁在除掉鰲拜專權、掌控朝政後，將目標轉移到消耗天下財政大半、具有自主選官權的三藩之上。康熙帝即位之初，清廷內部原本仍將「以漢制漢」作為施政綱領，為籠絡民心之重要舉措，因此鰲拜等四位輔政大臣無視順治帝遺照中專任滿洲以防大權旁落的警告，仍放任吳三桂在外專權。後來，鰲拜被擒，滿洲保守勢力一時抬頭，撤藩之聲逐漸壯大。為專註於應對撤藩可能帶來的軍事後果，康熙帝晉封察哈爾部首領布爾尼為親王，位列內蒙古四十八旗王公之上，抵禦可能來自於西蒙古準噶爾部的入侵；同時，在東北地區僅以驅逐等保守策略應對俄羅斯彼得大帝在遠東的擴張。在整體軍事實力上，自清廷定鼎北京後，八旗兵力總數約為20萬人；綠營兵曾一度達60餘萬，後經裁減，只剩下20餘萬。因此，在康熙初年，清廷總兵力約在40萬左右。

三藩形勢

之前，清廷為方便與南明作戰，將雲南軍政全權交付吳三桂。順治帝曾頒布上諭：「……命平西王吳三桂、移鎮雲南。今思該藩忠勤素著。練達有為。足勝此任。當茲地方初定之時。凡該省文武官賢否、甄別舉劾。民間利病、因革興除及兵馬錢糧一切事務。俱暫著該藩總管奏請施行。內外各該衙門不得掣肘。庶責任既專。事權歸一……」 三桂逐漸利用此特權擴大自己的勢力。他茲令各部委派其中意之人為官，各部畏於其勢，即便之前已選定委任官員，仍然按其意思改易，因此一時有「西選」之稱。

此外，三藩的軍事實力也較為雄厚。仿照八旗兵制，尚、耿二王麾下各轄漢軍旗3,000人，加上綠營兵各6,000至7,500人，然而兩藩轄下人口眾多，壯丁、夫役人數數倍於此，因此尚耿二藩所轄不下三十萬之眾。吳藩之軍事實力甚至高出尚耿之總和，吳三桂旗下所屬漢軍五十三佐領共10,600人，加上麾下綠營兵組織「四鎮十營」的21,600至24,000人，還額外自行招募了大量雲南土著「猓猓兵」。由於常年與南明、緬甸、雲貴土司作戰，三桂麾下精兵猛將聚集，有都統吳應麒、吳國貴、夏國相、胡國柱；總兵馬寶、王屏藩、王緒等將領，實際兵力遠超朝廷規定之編製。為知己知彼，力保權力不失，三桂還使其子吳應熊以額駙地位之便利結交朝廷大員、探聽內部信息。吳三桂設平西王府於永曆帝五華山之舊宮、並將前明沐王府莊園納為己有，又私自開山鑄錢，與蒙古貿易購買軍馬，儼然有獨立王國的架勢，三藩遂漸形尾大不掉之勢。

海外形勢

永曆帝、張煌言等南明各勢力相繼被清廷消滅之後，孤懸海外、以鄭經為首的明鄭勢力成為唯一仍奉明朝為正朔的抗清軍事力量。自鄭成功死後，明鄭內部經歷了一系列權力鬥爭、對外則在與清荷聯軍的交戰中丟失金門、廈門，統治區域僅剩下台灣和澎湖列島。清廷多次以高官厚祿招降分化明鄭勢力。鄭經以朝鮮、琉球為例，希望台灣成為清朝屬國，保留衣冠髮式。清廷對此斷然拒絕。鄭經因而重整旗鼓，蓄勢待發，準備尋機與清廷開戰。明鄭多次向日本請求援軍反攻清廷，但江戶幕府由於既定的鎖國政策，雖然對反清復明勢力多有同情，仍拒絕了出兵的請求。力主支持明鄭的薩摩藩則對其進行了軍需支持。

撤藩激變

1673年（康熙十二年）春，平南王尚可喜因與其子尚之信不和，上書朝廷，請求歸老遼東，以之信襲爵留守廣東。康熙帝順勢宣布裁撤尚藩，命尚氏父子一齊返回遼東故鄉。吳三桂聽聞尚藩被裁後感到非常震驚，聯合靖南王耿精忠上疏朝廷請求撤藩以為試探。吳三桂自以為功勛高於尚耿，認為朝廷將仿效明朝沐英故事，使其世守雲南，並未完全作好造反準備。

然而，康熙帝贊同尚書米思翰、明珠、莫洛撤藩之意，以「撤藩亦反，不撤藩亦反」為由力排眾議，宣布裁撤吳、耿二藩。消息傳來，吳藩震動，但吳三桂苦於沒有適合舉兵的名義。三桂原計劃假意允諾朝廷，待率部撤至中原時突然發難。然而，雲南巡撫朱國治頻繁催問行期，監視甚嚴，吳三桂見形勢難耐，遂殺朱國治，自號「周王」，以「大明天下都招討兵馬大元帥」之名義舉兵，恢復明朝衣冠，並發檄文表達其反清復明之意，聲稱其為託孤受命，為漢奸乃忍辱負重，然而對其親手殺死永曆帝則始終無法自圓其說，此成為其團結民間反清復明勢力的一大障礙。

另一方面，清廷以吳應熊以及耿精忠諸弟在京為質，並不認為吳三桂敢於毫無顧忌驟然起兵，撤藩後甚至還派員赴雲貴上任。接獲吳三桂反清檄文後，康熙帝否決索額圖請誅撤藩之臣以謝三桂的提議，急調荊州都統巴爾布進駐常德，武昌都統珠滿增援岳州、西安將軍瓦爾喀率部進駐四川，河北、河南、和山西各地都督各率兵馬分別進駐西安、漢中、安慶、兗州、南昌等要地待命，任命順承郡王勒爾錦為寧南靖寇大將軍總統滿漢各路兵馬，同時下詔停止裁撤尚耿二藩以孤立吳三桂。

吳三桂反訊傳到北京的第二天，京城有楊起隆者自稱「朱三太子」，密謀率領其他八旗奴僕四處縱火，藉機起事，因事泄，被都統圖海、祖承烈等迅速圍捕。楊起隆突圍逃走，其黨羽數十人被抓。百姓因此人心惶惶，欲逃往西山。康熙帝為全力對付吳三桂，發布上諭安撫百姓，並將叛亂者處死，家屬從寬赦免。此後，京師形勢逐漸平穩。

戰爭經過

吳三桂起兵後，貴州巡撫曹申吉，提督李本深、雲南提督張國柱等立刻響應。總督甘文焜雖試圖組織兵力以拒叛軍，然而軍隊不聽其指揮，旋即被叛軍所害，吳軍兵不血刃取得雲貴全境。吳三桂派遣大將王屏藩攻四川，以馬寶為先鋒攻佔湖南沅州，次年（1674年），吳將張國柱、夏國相、龔應麟等相繼攻入湖南各地，清湖南提督桑額敗走宜昌、湖南巡撫盧震棄長沙，而巴爾布、碩岱、珠滿等只得固守荊州，不敢出戰，湖南大部落入吳軍之手。吳三桂以此大肆宣傳，清四川巡撫羅森、提督鄭蛟麟、總兵譚洪、吳之茂，廣西將軍孫延齡、提督馬雄，襄陽總兵楊來嘉皆舉兵響應。

耿精忠收穫吳三桂起兵檄文，又經遊說，於三月佔據福建、囚禁福建總督范承謨以呼應吳三桂。耿精忠邀請在台灣堅持反清復明的延平王鄭經出兵廣東，並自稱「大明總統兵馬大將軍」，蓄髮易服，以都統馬九玉為中路攻浙江金華等地、總兵白顯忠為西路攻江西饒州等地、曾養性為東路攻打紹興等地，三路大軍北伐，攻陷浙江、江西大部分地區。

清朝接連丟失雲桂黔蜀湘閩六省，又喪失浙贛大部，人心浮動，軍無守志。吳三桂親赴湖南督戰，一時聲勢顯赫，然而三桂投鼠忌器，恐其子應熊被清廷所誅，想留有講和餘地，至少先鞏固江南後再圖北伐，下令諸將停止北進，並委託西藏達賴喇嘛前往北京與清廷說和。達賴喇嘛提議清廷裂土割地以息兵端，被康熙帝拒絕。

察哈爾、陝西之呼應

察哈爾部首領布爾尼雖獲清廷封為親王，位列內蒙古諸王公之上，但布爾尼以成吉思汗之嫡裔卻受他人之制感到屈辱，常懷為其祖父林丹汗復仇之心。1675年，聽聞吳三桂舉兵攻佔江南六省，清軍主力大舉南下，而北京「宿衛盡空」，布爾尼聯合乃蠻部布魯特兄弟起兵呼應吳三桂，威脅清廷後方。當時清廷無兵可調，大學士圖海只能憑藉孝庄太皇太后之威望招募八旗家奴壯丁數萬人，因沒有糧餉可以調撥，只能靠劫掠維持士氣。圖海更以察哈爾繼承元代數百年之業、財寶不可數計，激勵士兵奮戰。至察哈爾達祿，布爾尼設伏於大梁山之下，以三千騎兵引誘圖海。清軍追至大梁山，伏兵四起，圖海率軍處以死地而奮戰，大破察哈爾軍，布爾尼僅以三十騎敗逃，被科爾沁額駙沙律所殺。

在察哈爾舉兵的同時，時任陝甘右鎮總兵王輔臣，農民軍出身，為吳三桂義子。聽聞吳三桂起兵，王輔臣先命其子王繼貞入京告變，獲康熙帝加官進爵。然而，王輔臣與陝西經略莫洛不和。當莫洛徵調其兵馬征討四川時，王輔臣將其襲殺，並遣人於吳三桂處投誠。吳三桂封王輔臣為平遠大將軍、陝西東路總管，許以二十萬兩軍餉。而康熙帝為免四面楚歌之勢，一方面派王繼貞返回陝西宣諭撫慰，另一方面命副都統鄂克濟哈星赴西安牽制王輔臣。王輔臣雖遣使投靠，但吳三桂口惠而實不至，因此仍處觀望狀態。當其子攜康熙帝上諭返回，當中提到不追究其擅殺莫洛之罪，王輔臣當即上疏向清廷表示忠心；然而，當吳三桂將軍餉運抵王輔臣處，輔臣又起兵反清，叛軍很快攻陷陝西北部、甘肅南部。清廷以定遠大將軍圖海、孫思克等攜察哈爾之戰餘威擊敗王輔臣於平涼，切斷吳、王間的聯絡，王輔臣再度降清。陝甘平定之後，清廷集中精力進攻湖南。

吳軍西進受阻

1674年（康熙十三年）四月，康熙帝得知吳三桂重兵鎮守岳州，吳軍各部原地待命，有割地請和之意，便誅殺吳應熊，以示三桂平叛之決心。見朝廷不留餘地，吳三桂命王屏藩出四川北伐關中，與王輔臣會師，以期進取山西、河北直搗京師。三桂留兵七萬鎮守岳州等地、七萬鎮守長沙，自己將大本營設在松滋以總督各處人馬，扼阻駐防荊州、宜昌清軍之咽喉。然而，恰逢王輔臣新敗於圖海，吳將王屏藩、吳之茂也出師不利，被清軍張勇、王進寶所部擊敗於秦州，吳軍不得不退守漢中，西進計劃擱淺。清廷使定遠平寇大將軍岳樂自安徽進軍江西，以牽制吳軍右翼，使其無法抽兵西顧，同時阻斷與耿精忠會師江西的可能。清廷以岳州堅固不可遂得，令岳樂避實擊虛，由袁州攻萍鄉再取長沙，若得長沙，將撼動吳軍在湖南的根基。然而，吳三桂以為清軍必然全力爭奪岳州，沒有料到清軍取道山西，因而沒有將防禦重點擺在右路。岳樂攻佔袁州後，在醴陵、萍鄉擊敗吳軍夏國相部。萍鄉丟失，長沙失去屏障。吳三桂不得不徹底放棄支援四川吳軍西進的構想，離開松滋率大軍支援長沙。

長沙、吉安之戰

吳三桂為保長沙不失，駐兵嶽麓山，與長沙守將胡國柱、城外守將馬寶、王緒互為犄角之勢，修築工事重兵把守。康熙帝再用避實擊虛之策，令荊州、武昌各軍渡江進擊常德、岳州，出洞庭湖繞長沙側背而圍之。然而，大將軍勒爾錦、尚善面對吳軍有所膽怯、難以把握戰機。勒爾錦拖延軍機，不攻常德；尚善雖出洞庭湖攻克君山，俘獲吳軍戰船五十艘，但攻岳州不克，無法截斷吳軍補給線。吳三桂北上增援收復洞庭湖，清軍聞風而退。

三桂令麾下驍將高大節率兵出醴陵、萍鄉之東，以期截斷清軍岳樂部之退路。高大節知兵善戰，先進軍江西，佔領吉安，以部將韓大任守之，然後自率四千兵，由吉安向北襲擊新喻、高安一線，以絕斷岳樂歸路。清軍喇布所部鎮守南昌為岳樂後援，但在康熙帝屢次下旨催促之後才出兵支援。高大節多次出奇兵以寡擊眾，屢敗岳樂、喇布。然而，其後高大節病死，韓大任繼掌軍權卻不敢出城與清軍作戰，岳樂與喇布遂將吉安城圍困。1677年（康熙十六年）春，吳三桂派馬寶率軍營救，軍至吉安城西，見城中寂靜無響應，遂不敢進；而韓大任在城中懼怕清軍誘敵之計，遂不敢出。馬寶擊敗喇布追兵，引兵退回長沙。至四月，吉安糧盡，韓大任趁夜突圍，清軍以為劫營，不敢追擊，韓大任因此東走得脫。

廣東戰局

尚藩於吳三桂起兵之初本忠於清廷，廣東境內響應吳軍之人皆為平南王尚可喜所破滅。尚可喜還將吳方使者及書信送往北京發落，又以其子尚之信不可靠，派其次子尚之孝於潮州抵抗吳將劉進忠部。尚可喜乃上奏清廷以之孝襲平南王爵位。康熙帝感念尚可喜之忠誠，晉封可喜為平南親王，命尚之孝襲平南王爵、授平南大將軍，授尚之信為討寇將軍。後來，耿精忠聯合鄭經進攻廣東沿海各處於外，祖澤清叛變於內，尚藩被東西夾擊，廣州十郡失其四。清廷命將軍覺羅舒恕與副都統莽依圖入廣東增援尚可喜。然而，早已不滿於其父偏愛少子的尚之信趁亂派兵囚禁尚可喜於府中，使其號令不出門外。尚之信接受吳三桂授予的「東路招討大將軍」，易服反清。

當時尚之孝所部駐紮於惠州，舒恕則駐紮於高州、肇慶二地，二者兵力本足夠制約尚之信。然而，兩廣總督金光祖為吳三桂內應，延誤戰機，尚之孝勢孤，退回廣州，舒恕又被尚之信所敗，金光祖和廣東巡撫佟養鉅投降吳三桂，三桂晉封尚之信為輔德親王，清軍退回江西。其後，吳三桂以尚之信未能兌現北伐諾言，派董季民、馮甦來替代金光祖和佟養鉅之職，尚之信，又暗結清軍，並於1677年（康熙十六年）六月再度降清。

吳三桂聽聞廣東變故，急派胡國柱、馬寶自湖南進攻廣東。清鎮南將軍莽依圖依託地利，於韶州阻住吳軍。兩軍相持兩個月，馬寶分兵斷清軍糧道，又以炮轟擊城牆。然而，城破之際，清廷援軍趕到，馬寶、胡國柱敗退。吳軍敗退後，吳將佟國卿、祖澤清各獻城池降清，至此清軍收復廣東。

閩浙戰局

耿精忠自響應吳三桂以來，三路大軍北伐，陷浙江、江西大部，又邀約台灣鄭經進攻廣東，一度聲勢浩大。清廷數次招撫，皆為精忠所拒。耿精忠一直篤信「天子分身火耳」之謠言，自認為天命在己，對外書信不署三桂周王年號，而以干支紀年，以示獨立。1674年（康熙十三年），康熙帝命康親王傑書為征閩大將軍，率領貝子傅拉塔馳援浙江，於秋天與浙江都督李之芳合兵擊破耿軍東路主將曾養性於衢州，次年（1675年），再破其於金華、黃岩，曾養性敗走溫州。中路主將馬九玉鎮守浙江開化、常山、江山三城，李之芳與其作戰，相持不下。1676年（康熙十五年），耿精忠遣使琉球，要求其成為耿氏附庸並提供軍需，尤其是火藥原材料硫磺。不久，鄭經與耿精忠交惡，出兵攻打福建。耿精忠腹背受敵無法支援浙江，馬九玉孤立無援，傑書趁勢率大軍南下，於八月克其大本營，收復浙江。馬九玉僅剩三十騎敗走仙霞嶺。岳樂進軍江西以防吳、耿會師，岳樂親擊吳軍，以部將布爾根擊耿軍西路主將白顯忠，顯忠屢戰不利，只得投降。耿軍三路北伐大軍皆敗，康親王傑書在清軍入閩之際致耿精忠降書，耿精忠起初遲疑，以「恐部下不從」為由搪塞，後清軍大舉入閩連克建陽、延平，耿精忠恐懼，遂降清，又將被囚禁的范承謨殺之滅口。得知耿精忠投降後，曾養性也在溫州降清，清軍收復閩浙二省全境。

廣西戰局

廣西乃原定南王孔有德故地，有德敗死後，其女四貞被孝庄太皇太后收為義女，嫁孔有德部將之子孫延齡，清廷以延齡為將軍鎮守廣西，麾下兵力約3000人。但延齡素於廣西諸官將不合，吳三桂舉兵後，以書勸誘孫延齡，孫延齡計殺都統王良辰，監禁廣西巡撫馬雄鎮等，起兵呼應三桂，三桂冊封延齡為臨江王，孫延齡則自稱安遠大將軍、旋即自封安遠王，吸納萬羊山土寇，兵力增至上萬。廣西各地皆被孫延齡降服，唯有提督馬雄不從。而後吳軍出兵廣西，馬雄卻開柳州城而降，吳三桂授以東路總管，參加攻略廣東的戰役。此事引起孫延齡不滿，以此怨恨馬雄及吳三桂。

吳軍將領傅宏烈為清廷潛伏之人，借用吳三桂所授之職位招兵買馬，欲為清朝恢復兩廣。他得知孫馬不合後，對孫延齡進行離間，孫延齡派傅宏烈為使者赴廣東聯絡清軍，清廷授宏烈為廣西巡撫、撫蠻滅寇將軍，便宜行事。然而，馬雄將孫延齡降清之事密告吳三桂，吳三桂遣其從孫吳世琮入廣西，刺殺孫延齡。傅宏烈得知孫延齡已死，遂率部獨入廣西招撫桂軍。後馬雄病死，傅宏烈說降其子馬承蔭，吳世琮勢孤，無法在廣西立足，吳軍最終丟失廣西。

三桂稱帝

1677年（康熙十六年），吳三桂失去尚、耿、以及陝西外援，又失江西，右翼被清廷突破，清軍可以抽出更多兵力對付吳三桂。在湖南，清軍連陷瀏陽、平江，招降吳軍水師主將林興珠於湘潭，湖南東北部已在清廷掌控之中。值此頹勢，吳軍勢力已有解體之狀，為挽回聲望，吳三桂以明裔斷絕為由，示意部下勸進，遂稱帝，國號周，定都衡州，建元昭武，令所轄各省開科取士。但創製新朝、取消復明口號等舉措，反而使得吳三桂更失民心。

吳周敗亡

三桂稱帝後，調集三路大軍攻打永興，以期奪回都城衡州之門戶。吳軍初戰殲滅清軍都統伊里布所部後將永興城圍困。守將碩岱據城死守，力戰二十餘日，揚威大將軍喇布不敢援，郴州守將穆占往救，被吳軍擊敗。八月，城牆不支，但吳三桂卻於此時病死，永興之圍自解。

吳三桂死後，其孫吳世璠繼位，改元洪化。吳國貴提議棄雲南向北與清軍決一死戰，然而吳軍諸將以馬寶為首皆認為當以雲南為根基以圖轉機，因此吳世璠放棄衡州，退入貴陽，清軍趁勢追擊。岳樂在湖南，傅宏烈、莽依圖、傅拉塔在廣西，陝西提督趙良棟、平涼提督王進寶等在四川皆連戰連捷，清軍對吳周呈合圍之勢。1679年（康熙十八年）初，清軍連克岳州、衡州、常德、長沙，吳國貴戰死，夏國相南逃，清軍佔領湖南。吳周在其他戰場上也是節節敗退，吳世琮死於廣西，王屏藩也在四川敗死，吳軍退入雲貴二省。1680年（康熙十九年），清軍將領趙良棟、彰泰、賚塔、蔡毓榮等多路大軍入黔直指雲南，吳世璠退守昆明，急調夏國相、胡國柱、馬寶等回師增援，吳世璠與郭壯圖等駐守五華山與清軍作最後一搏。圍城相持九個月後，清軍於次年（1681年）攻陷昆明，吳世璠兵敗自縊，三藩之亂至此平定。

後果及影響

三藩之亂的參與者在戰後的結局各有不同。三桂之子孫有記載者均死於此役，但現今也有自稱當年祖上成功避禍的吳三桂後裔者存世。吳軍大將夏國相、方光琛等被凌遲處死。耿精忠以及部屬白顯忠、曾養性、劉進忠等九人後來也均為清廷所磔，耿顯祚、黃國瑞等十五人則被處斬，耿氏其他家屬沒有被追究，撤藩後家族被編為五個佐領隸漢軍正黃旗，昭忠、聚忠為和碩額駙，得善終獲賜謚。尚之信被賜死、其弟尚之節、長史李天植斬首，但據尚氏家譜記載，康熙帝後來為尚之信平反。尚氏其餘後裔因未參與叛亂，未予追究。尚藩雖然被撤，尚氏家族在八旗之中仍有勛舊佐領世職，在遼東保有數目可觀之旗地，尚之孝後任內大臣、尚可喜七子尚之隆為額駙，尚之信子孫至雍正年間還有在朝為官之人，尚氏後裔大多生活在今遼寧地區。王輔臣在官方記載為病死，《廣陽雜記》中則為自殺。祖澤清雖為元勛祖大壽之子，然因「甘心從逆」，與其子祖良梗皆處凌遲。其他參與叛亂之舊部，及副將以上，悉令進京；參將以下，其家屬則大多被發配守邊。

清廷通過平三藩穩固了自身的統治，除台灣鄭經勢力仍奉明為正朔之外，余皆一統於清朝版圖之內。此役，清廷除了充分使用滿洲旗兵外，也大量使用以漢人組成的綠營兵為主力來對應兵源與戰力的不足。至此，清朝徹底廢除藩鎮制度、並廢除參與作亂的察哈爾部，而由朝廷直接統轄，清廷的統治力大為增強。史家對少年康熙皇帝在整個戰爭過程中臨危不亂、調度有方多稱許之詞。康熙帝拒絕了群臣上尊號的請求，對清廷之前施政方面的一些不當、不足之處進行了自省，並整飭吏治、推行了一系列緩和民族、社會矛盾和支持生產的政策。此外，康熙帝通過祭拜明陵、開博學鴻詞科等方式對漢人士人進行拉攏。

有學者認為「三藩之亂」之命名與歷史事實有所偏差，因為從始至終只有吳三桂一個勢力起主導作用。耿精忠響應叛亂僅一年多就戰敗投降，尚之信更談不上為「逆」，所以「三藩之亂」實際上更像是清廷「平定吳三桂叛亂」。

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