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三國際團隊重複韓春雨實驗失敗,《自然-生物技術》稱1月結束調查


編者按:


備受關注的韓春雨及其同事在《自然-生物技術》(Nature Biotechnology)發表的NgAgo論文可重複性爭議日前有了新的進展。《自然-生物技術》發表了韓國首爾大學、德國弗萊堡大學和美國梅奧研究生院等研究機構10位科學家表示使用NgAgo無法檢測到基因組編輯效果的來信。《自然-生物技術》表示,調查將於2017年1月底之前完成,屆時將公布最新進展。



  




11月28日,《自然-生物技術》Nature Biotechnology就此前發表的韓春雨及同事所著論文「利用NgAgo進行DNA引導的基因組編輯」發表了「編輯部關注」,並發表德國弗萊堡大學Toni Cathomen及同事的通信文章,題為「利用Natronobacterium gregoryi Argonaute(NgAgo)未能檢測到DNA引導的基因組編輯」。





《自然-生物技術》就韓春雨等人NgAgo論文的聲明






《自然-生物技術》在聲明中指出,他們已審慎考慮過所有關於韓春雨及同事原著論文的評論。在任何情況下,如果一篇論文在發表後遭到批評,《自然-生物技術》都會對各種批評進行審慎和全面的評估,此次也不例外。



「今天,我們不僅發表了Toni Cathomen及同事的通信文章,這可能會否定原論文所稱的有效編輯內源性基因的這一主要發現;而且我們還連同原論文一起發表了「編輯部關注」,以確保讀者知曉Cathomen及同事的論文,以及另外一篇在別處發表的論文(doi:10.1007/s13238-016-0343-9指林碩、魏文勝、王皓毅等人11月15日發表在《蛋白質與細胞》雜誌的來信所提出的擔憂。」




《自然-生物技術》在發表「編輯部關注」之前,也與原論文作者韓春雨和他的同事取得了聯繫。「目前,原論文的作者中有兩位,即韓春雨和沈嘯,已同意我們的發表這一「編輯部關注」,而高峰、姜峰和Yongqiang Wu則認為這並不合適。」



《自然-生物技術》認為,讓原作者在能力所及的情況下對上述通信文章所提出的擔憂展開調查,並補充信息和證據來給原論文提供依據是非常重要的,並在聲明中表示,「我們將繼續與原論文的作者保持聯繫,並為他們提供機會,以在2017年1月底之前完成其調查。屆時,我們會向公眾公布最新進展」。






《自然-生物技術》編輯部關注






《自然-生物技術》的編輯就這一論文發表「編輯部關注」,以提醒讀者人們對原論文結果的可重複性存有擔憂。此次,我們發表三個團隊的實驗結果(http://dx.doi.org/10.1038/nbt.3753 ),他們都設法去重複韓春雨及同事發表在原論文中圖4的結果,這一關鍵圖表展示了對哺乳動物細胞內源性基因位點的編輯。這些團隊無一能在任何位點,或在任何高於檢測方法敏感度的條件下觀察到NgAgo所誘發的變異。另外一組作者在《蛋白質與細胞》期刊也報告了類似結果(doi:10.1007/s13238-016-0343-9)。




我們和論文作者進行了溝通,他們正在調查造成可重複性缺乏的潛在原因。我們向其告知了這一聲明。儘管調查仍在進行中,但韓春雨和沈嘯同意我們的發布這一編輯部關注,高峰、姜峰和Yongqiang Wu則認為目前並不合適。這些調查一旦完成,我們會向讀者提供最新信息。






三國科學家表示使用NgAgo無法檢測到基因組編輯效果










《自然-生物技術》發表的韓國首爾大學、德國弗萊堡大學和美國梅奧研究生院的10位學者的來信顯示,三個獨立的實驗小組利用NgAgo未能發現基因組編輯的跡象。




「三個小組都合成了5』磷酸化的gDNA序列,使用高峰等人在Addgege提供的NgAgo質粒去轉染相同的細胞系,並分析了基因組DNA尋找基因編輯的跡象。」




「儘管在報道的三種細胞系中做優化NgAgo介導的基因組編輯的不同嘗試,但未能檢測到成功編輯靶向序列的證據。」這十位科學家在來信中說。




「我們認為,在設計用於複製Gao等人的條件下,同時轉染編碼NgAgo的質粒DNA和單獨的5"磷酸化單鏈gDNA不足以誘導在原始研究中報道的培養的人細胞中的indel,實現基因編輯。」






10位署名作者名單




Seung Hwan Lee,韓國基礎科學研究院基因組工程中心;


Giandomenico Turchiano,德國弗萊堡大學醫學中心細胞與基因治療研究所、慢性免疫缺陷中心;


Hirotaka Ata,美國明尼蘇達州梅奧研究生院;


Somaira Nowsheen,美國明尼蘇達州梅奧研究生院;


Marianna Romito,德國弗萊堡大學醫學中心細胞與基因治療研究所、慢性免疫缺陷中心,德國弗萊堡大學生物研究院;


Zhenkun Lou,美國明尼蘇達州梅奧診所腫瘤研究部;


Seuk-Min Ryu,韓國基礎科學研究院基因組工程中心,國立首爾大學化學系;


Stephen C Ekker,美國明尼蘇達州梅奧診所生物化學和分子生物部;


Toni Cathomen,德國弗萊堡大學醫學中心細胞與基因治療研究所、慢性免疫缺陷中心,德國弗萊堡大學醫學部;


Jin-Soo Kim,韓國基礎科學研究院基因組工程中心,國立首爾大學化學系。






註:部分內容來自「Nature自然科研」官方微信公號macmillan-nature。




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