賽默飛公司發布基於標籤測序的液體活檢檢測

知識 07-25

Thermo Fisher Scientific（賽默飛）公司發布了一款僅限於研究使用的液體活檢檢測產品——Oncomine Lung cfDNA Assay，該產品基於標籤測序（tag sequencing）技術開發，在Thermo的Ion S5系統上運行，但並不使用AmpliSeq試劑進行靶向擴增。新方法依賴於分子標記和一個兩步擴增過程，以確保檢測極限達到0.1%。

該款液體活檢檢測的特徵

該檢測分析了與肺癌相關的11個基因中的150個熱點SNVs和indels，需要用Ion Chef樣本製備儀器和S5測序儀運行，從DNA提取到出結果的工作周期為3天。使用Ion 530 chip，可同時檢測8個樣本。

在內部驗證研究中，Thermo Fisher證明，對於等位基因頻率為0.1%或更高的變異，該檢測的平均靈敏度和特異性分別為90%和98%。而對於等位基因頻率為0.5%或更高的變異，該檢測的平均靈敏度和特異性分別為100%和98%。

Thermo Fisher公司的產品管理主管Asia Chang說，Thermo公司的專利——標籤測序技術和分析軟體是能夠檢測到低頻變異的關鍵。像AmpliSeq一樣，標籤測序依賴於創建擴增子，但是分子標籤是在擴增前加入。然後，分析軟體將帶有相同標籤的分子分為一組，這樣能夠確保變異篩查是準確的。由於是專利技術，Chang拒絕透露更多關於標籤測序過程的細節。

Oncomine Lung cfDNA Assay是針對肺癌的檢測，公司目前還沒有計劃讓該檢測通過監管部門的批准。Chang還表示，到今年年底，公司還將推出針對乳腺癌和結腸癌的檢測。

不同於Guardant Health和Foundation Medicine等公司提供的液體活檢檢測是一種服務，Thermo公司的液體活檢檢測將服務於一個不同的市場，他們出售的是RUO試劑盒。

該檢測也不同於西奈山的研究人員在三陰性乳腺癌的臨床試驗中使用的檢測。西奈山研究人員計劃招募53名患者，分析循環腫瘤DNA、循環腫瘤細胞以及生殖細胞DNA。他們使用的是Thermo公司的AmpliSeq Hotspot panel和 Oncomine panels，分別在Ion Torrent PGM和S5測序儀上運行，同時使用Cynvenio公司的LiquidBiopsy平台來分離CTCs和ctDNA。

Thermo和Cynvenio公司針對LiquidBiopsy平台簽訂了一個經銷協議，使LiquidBiopsy平台結合Ion Chef樣本製備儀器、Ion PGM和AmpliSeq Cancer HotspotPanel使用。

Chang表示，雖然新的檢測和Cynvenio的LiquidBiopsy平台兼容，但這並不屬於經銷協議的一部分。該檢測與LiquidBiopsy平台互補，LiquidBiopsy平台可分離CTCs和ctDNA，新檢測則專門針對ctDNA的分析設計。對於Oncomine Lung cfDNA Assay，標準的ctDNA分離技術是MagMAX cfDNA分離試劑盒。

對該款檢測進行回顧性驗證研究

葡萄牙波爾圖大學分子病理學和免疫學研究所（IPATIMUP）的研究人員正在對該檢測進行一項回顧性驗證研究。他們花費了兩年時間收集150名肺癌患者的血液樣品，在診斷時、治療過程中，甚至複發時採集了每名患者的多份樣品。

負責這項研究的José Luis Costa說，「我們想看看是否能將Oncomine Lung cfDNA assay應用到臨床中。」目前該檢測僅限於研究使用，因此沒有對病人的治療或管理產生影響。到目前為止這個檢測看起來效果很好。研究小組特意使用530 chip在S5測序儀上一輪運行了8個樣本。他們周一提取DNA，周三出結果，整個過程非常快。該檢測的一個優勢是包括了分析，極大地加速了獲取結果的過程。

Costa說，標籤測序使用的新試劑也有助於檢測低等位基因頻率（低至0.14%）的突變。新試劑可確保分子被計數，並降低了假陽性率，但他並不清楚這些試劑的所有細節。

他們計劃儘快在一份同行評審的期刊上發表這些結果，隨後他們將進行一項針對該檢測的前瞻性試驗。一旦完成了回顧性和前瞻性驗證研究，Costa還有興趣將該檢測應用到患者治療過程中進行監測。

素材來源於genomeweb

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