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miRNA的名字,到底是什麼意思?

成熟的miRNA是一類內源性非編碼單鏈RNA,其長度約為19-25nt,具有很高的保守性。其通過裝載進入AGO2蛋白形成RISC複合物,對靶基因進行轉錄後調控作用,在生物進程中起到非常重要的作用。

1、miRNA相關資料庫

miRBase是miRNA主要的公共資料庫,提供miRNAs序列以及注釋查詢、定位、發卡序列查詢,以及提供命名服務。

截止到現在,miRBase 21 共收錄了28645條miRNA信息。其中人類的共收錄了1881條pre-miRNA(前體),以及2588條成熟的miRNAs。

2、miRNA的命名規則

一般情況,我們從文獻上看到一條miRNA,它名稱一般是這樣的:miR-21、let-7等等。但很多的時候,我們看到的miRNAs是這樣的:

rno-miR-9*

首先,miRNA命名先確定物種名稱,如人種的為hsa,然後加上miRNA的簡寫miR/mir,最後加上其被發現的順序,如上述的hsa-miR-217。

在確定命名規則之前發現的miRNA則保留原來的名字,如hsa-let-7。

有一類同源的miRNAs,它們可能只有1-2個鹼基的差別,同源性非常高,那麼在第一個發現並命名的miRNA後加上a、b、c……

有的miRNA可以由不同染色體的DNA序列轉錄而成,為了表示來源不同,則在名字後面加上1、2、3……

在miRNA成熟過程中,一直到裝配進AGO2蛋白,miRNA都是雙鏈的,這就有可能從3 或5 端臂產生最終成熟的miRNA。在以前,產生表達水平高的miRNA後面不加任何符號,而表達量低的則加上「*」,以示區分。如:

現在基本都使用「-5p」「-3p」來區分miRNA是由哪條臂形成的。

還有一種情況是這樣的:miR-17-92這表示的是基因簇,在miRNA成熟過程中能產生多條的miRNAs。例如這個miR-17-92簇,它能產生miR-17、miR-18、miR-19a、miR-20、miR-19b、miR-92這6個成熟的miRNA。

3、不同物種之間的miRNA前體和成熟體命名的差別

a. 動物:

miRNA前體:以動物物種縮寫-mir-命名順序,如hsa-mir-227

miRNA成熟鏈:以動物物種縮寫-miR-命名順序,如hsa-miR-227-5p

b. 植物:

miRNA前體:以植物物種縮寫-MIR+命名順序,如ath-MIR156a。注意:MIR是大寫,並與命名順序之間沒有「-」;

miRNA成熟鏈:以植物物種縮寫-miR+命名順序,如ath-miR156a-5p。注意:miR是小寫,並與命名順序之間沒有「-」。

c. 病毒:與動物一致。

miRNA前體:以病毒物種縮寫-mir+命名順序,如bhv1-mir-B6

miRNA成熟鏈:以病毒物種縮寫-miR+命名順序,如bhv1-miR-B6-5p

關注後獲取《科研修鍊手冊》1、2、3、4、5


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