遺傳變異對基因表達有何影響？33種腫瘤類型免費在線查詢

近期，國際學術期刊Nucleic Acids Research 在線發表了一項最新研究成果，報道了針對33種腫瘤類型、近萬樣本的eQTL分析。

這項工作由美國德州大學健康科學中心韓冷教授 (https://med.uth.edu/bmb/labs/han/labnews/)和華中科技大學公共衛生學院繆小平教授共同合作完成。龔靜博士為第一作者。

癌症eQTL分析非常必要

全基因組關聯研究(GWAS)可以為疾病或性狀的遺傳病因研究提供線索。分析顯示，GWAS發現的與疾病相關的風險位點大多數位於基因的非編碼區域並在調控區域富集，這些結果提示疾病相關位點可能主要通過調控基因表達來發揮作用。

所以想進一步剖析疾病，將遺傳變異與基因表達數據的整合在一起，就要用到表達定量性狀遺傳位點（eQTLs) 分析。它是研究遺傳變異功能及分子生物學機制的重要方法。然而，目前eQTL研究主要集中在血液樣本和正常組織中，而有研究在通過腫瘤樣本和正常樣本的對比之後，發現大量eQTLs具有腫瘤特異性。針對癌症，尤其是多癌症的eQTL分析非常缺乏。

運用癌症基因組計劃數據進行分析

為了揭示癌症中遺傳變異對基因表達的影響，作者利用癌症基因組圖譜計劃(TCGA) 項目中33種腫瘤類型的9196個腫瘤樣本的基因型和基因表達數據，進行了一系列的eQTL分析。一共發現了5606570個可以順式調控基因表達的cis-eQTLs和231210個可以遠程調控基因的trans-eQTLs。

研究發現，eQTL的發現數量隨著樣本量的增加而增加。由於全基因組eQTL分析需要同時具有多個樣本的全基因組基因型數據（一般用晶元獲得）和基因表達量數據（一般用測序技術獲得），會花費大量經費，因此一般研究樣本量都較少。而TCGA中有多個癌症樣本量超過400，乳腺癌中樣本量達到1092例，因此該研究用美國癌症基因組圖譜計劃的數據進行分析將有助於eQTL的發現。

另外，作者通過整合eQTLs與臨床預後信息和GWAS數據，發現了22212個跟生存相關的eQTLs和337131個跟GWAS位點重合的eQTLs。

pancanQTL資料庫概述：（A）pancanQTL四個數據集，包括cis-eQTLs，trans-eQTLs，生存相關的eQTLs和GWAS相關的eQTLs。（B）PancanQTL的搜索框。（C）cis-eQTLs 數據集中eQTL示意圖。（D）與生存時間相關的eQTL Kaplan-Meier plot示意圖。圖片來源：Nucleic Acids Research

資料庫平台pancanQTL提供免費查詢

為了促進研究成果的利用，作者構建了資料庫平台pancanQTL（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/PancanQTL），供其他研究者免費查詢、瀏覽。該pancanQTL資料庫上線一個月，即有來自13個國家近500次的數據訪問。

該研究為認識不同癌症組織和不同個體中基因變異和基因表達的關聯帶來了新啟示，有助於增強遺傳變異在腫瘤的發生與發展中發揮的潛在生物學功能的理解，促進遺傳和癌症相關研究領域的發展。

參考資料

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