火影忍者：光與影的平衡，火影中處於暗處的神秘組織

- 暗部（木葉）

圖：暗部卡卡西

和天真的初代火影千手柱間不同，二代火影千手扉間掌權木葉後建立暗部，選拔村裡優秀的忍者進行秘密工作，曾經在暗部工作的著名忍者有：旗木朔茂（木葉白牙），宇智波止水，宇智波鼬，旗木卡卡西，大和 - 根（木葉）

圖：佐井

直接隸屬於木葉元老志村團藏的特殊部隊，根成員的信仰比木葉暗部更加冷酷：所謂根之人，沒有名字，亦無感情。三代火影猿飛日斬無法忍受根將忍者培養成殺人機器的行為，將團藏提出高層，解散了根，三代死後，團藏捲土重來，在木葉兩大顧問水戶門炎和轉寢小春的支持下，團藏的根組織復活。

- 追忍

圖：面具白

負責追殺叛逃忍者，通常會帶著目標的頭顱回去交任務，火影早期，白就曾偽裝成霧隱的追忍假裝殺死再不斬，幫助再不斬逃脫卡卡西的補刀。

- 邪神教

圖：飛段

沒有現身過的組織，信仰邪神，對飛段的不死實驗獲得成功，飛段的不死身體，相比於大蛇丸的換身體和蠍的傀儡，是真正意義上的不死。

- 曉

圖：鼬

聚集s級叛忍的組織，原本是雨隱忍者村的彌彥，長門和小南建立，彌彥被山椒魚半藏所騙，不幸讓組織中了埋伏，自己為了救小南犧牲，長門開始接任頭領位置，帶土偽裝成斑接近長門，逐漸成為曉組織的實際控制人。曉組織的行動綱領也從讓世界感受傷痛變成實現無限月讀和復活宇智波斑。

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