李世民稱帝後作出此舉給史學考究帶來極大困難，留下了眾多疑團！

李世民由於玄武門之變緣故多次向史官要求閱讀記錄皇帝的言行的《起居注》，一開始褚遂良不許，後來在他一再要求下，房玄齡與許敬宗將《起居注》刪定為《高祖實錄》、《今上實錄》給李世民。李世民這一行為不僅給史學考究帶來極大困難，其本身也遭到許多學者的指責。章太炎甚至在《書唐隱太子傳後》中說：「太宗既立，懼於身後名，始以宰相監修國史，故《兩朝實錄》無信辭。」

新舊唐書里將李淵起兵建唐的功勞幾乎歸功於李世民，而李建成的功勞隻字未提。時有跟隨李淵起兵的書佐溫大雅作有《大唐創業起居注》三卷，詳細記錄了李淵自起兵到正式稱唐帝為止共357天的事迹。書中內容與兩唐書有些出入，溫大雅作為當時人，在皇儲爭鬥中又是幫助李世民的，故對比兩唐書，他所作的《大唐創業起居注》可信度較高。

而對於兩唐書中所記載的李建成加害李世民等事情，由於政治鬥爭之殘酷，其有待詳查。玄武門之變是李世民由於嫡長子繼承製而有預謀的奪權行為，突出的表現就是網羅人才；其次加強地方經營，樹立以洛陽為中心的地方勢力； 然後積極爭取王宮大臣的支持； 接受文武臣僚建議，加緊政變準備；精心謀劃，發動突然襲擊。