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這種存儲嚇死人,指尖大小晶元能拷貝440億份《魔戒》

相比於DNA存儲,快閃記憶體、硬碟、軟盤、光碟機、錄影帶這些存儲工具簡直弱爆了。



這種存儲嚇死人,指尖大小晶元能拷貝440億份《魔戒》


當計算機工程師宣稱自己取得了驚人突破,可以將所佔空間巨大的音樂庫和電影庫存儲在手掌大小的設備中時,生物遺傳學家馬上潑來一盆冷水:跟自然界的能力比起來,這實在是太小兒科了。


沒錯,論存儲密度,沒有什麼設備能跟DNA相提並論——整個有機體的遺傳信息全部存儲在肉眼都看不見的細胞之內。於是,計算機科學家們開始研究分子生物學,試圖借鑒DNA的「魔力」開創新一代的數字存儲技術。



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信息大爆炸的今天,新的APP、自拍照、博文、小視頻等更新頻繁的數字信息讓脆弱的存儲設備不堪重負。但好消息是,DNA的存儲密度理論上可以達到每克455EB(1EB=1024PB=1048576TB)。也就是說,指尖大小的晶元可以拷貝440億份加長版《魔戒》三部曲(需要1.64億年才能把所有這些電影看完)。


2012年,哈佛大學和麻省理工學院的著名遺傳學家George Church首次用DNA來存儲數字信息,並將研究成果發表在了《Science》上。Church將自己的一本書的電子數據編輯成DNA形式(650KB),他在《科爾伯特報告》(The Colbert Report)上向人們展示了一張薄紙,僅僅上面的一個斑點就存儲了數百萬個該書籍的備份。



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George Church

當時,George Church 和同事就已經試圖證明,數字信息可以被編輯成DNA形式。隨後,為了驗證 George Church 的理論,很多工程師和生物學家團隊對該理念進行擴展,將更多數據編輯成DNA。


2013 年,歐洲生物信息研究所(European Bioinformatics Institute,EBI)的團隊稱,他們將739KB的數據文件編輯成了 DNA 鏈,這一大小超過了 George Church 的電子書。


2016 年 7 月,微軟與華盛頓大學的研究團隊刷新了記錄——將200MB數據編輯成 DNA 鏈。



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如今,DNA數據存儲技術又更進一步。據不久前一篇《Science》論文表示,紐約基因組中心(New York Genome Center)和哥倫比亞大學的研究人員實現了


每克DNA數據鏈存儲214PB的數據密度。


George Church沒有參與這項最新研究,但他之前通過計算證明了達到這一密度是可行的。「這是一次巨大的飛躍」,George Church激動地說,「他們將理論轉化成了現實。」


從DVDs 到DNA的巨大跨越

該項新研究的第一作者Yaniv Erlich表示,0 和 1 是最基本的數據表達形式,無論計算機程序還是視頻電影,它們都是由 0 和 1 組成的字元串。



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Yaniv Erlich


同樣,DNA由A(Adenine,腺嘌呤),C(Cytosine,胞嘧啶),G(Guanine,鳥嘌呤),T(Thymine,胸腺嘧啶)四個基本單元組成。


為了將數據轉換成DNA,Erlich團隊的工作就是將 0 和 1 映射成A、C、G、T。然後,在將相應的DNA序列發送給Twist Bioscience之類的DNA合成公司合成DNA數據鏈,並將其放入盛有液體且只有手指一半大小的玻璃瓶中。值得注意的是,裡面是可是真正DNA鏈。


在進行數據訪問時,需要重新把DNA轉換為二進位,即最基本的0和1的形式。



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利用這種方法,研究人員將以下測試數據編輯成DNA形式後又將其復原:


計算機操作系統


1895年的法國電影《火車到站》


一張50美元的亞馬遜禮品卡


一個計算機病毒


先驅者號探測器上的鍍金鋁板


資訊理論創始人克勞德·香農(Claude Shannon)在1948年的一份研究報告


為了測試數據,Erlich還用編碼的操作系統玩了把遊戲。值得注意的是,存儲數據的DNA材料並不是從動物或植物中提取的。「DNA數據鏈在此是一種硬體,」Erlich在一份郵件中寫道。「它並非源於生物體,其合成、複製、和測序完全是化學過程。」


信息的索引


聽起來,DNA存儲就是把 0 和 1 的數據串編碼成A,C,T,G序列,貌似很簡單,但實際過程要複雜得多。首先,並不是所有的DNA序列都有很強的存儲能力。由相同核苷酸組成的序列,比如AAAAAAAAAAAA——它不但結構不穩定,而且很難準確地讀取數據。


另外,在排序與檢索過程中,有些DNA分子會失去活性,這就有丟失重要數據的風險。



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為了解決這些問題,Erlich應用了計算機領域常用的噴泉碼來索引代碼,而不是直接使用代碼本身,這就使得DNA數據丟失的風險大幅降低。而 DNA 噴泉碼演算法的索引能力更強,也就意味著即便有少部分 DNA 數據鏈丟失,最終還是可以解碼數據。


噴泉碼是將一些數據,例如文件,轉化為一個有效的任意數量的編碼包的方法,這樣只要你接收到稍大於信源數據包數量的編碼包的子集,就可以恢複信源數據。換句話說,你創建了一個編碼數據的「噴泉」,只要接收端接收到足夠的「水滴」,就可以恢復文件,而不管它們接到哪一個遺漏了哪一個。



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研究人員正在將一小部電影存入DNA


此外,為了保證數據還原的可靠性,Erlich想進一步驗證,DNA數據鏈能否準確無誤地複製。


DNA測序過程中需要將部分分子從樣本中剔除。為了保留這部分數據,科學家必須對其進行備份。比如,Erlich保留了25個初始備份,然後又對副本備份,對副本的副本進行備份,如此一共進行了9重備份。值得注意的是,即便是第9重備份,「我們也能完美地檢索信息,數據結構很穩定。」


DNA計算機到來?


儘管DNA存儲取得了很大進展,但把DNA作為手機和電腦的存儲設備還為時尚早。「DNA存儲還處於發展初期,仍屬於基礎科學,」Erlich說。「我們不指望人們很快就能買到DNA硬碟。」


對此,George Church表示,它更直接是用途是作為存檔工具,比如,可以把視頻監控等不經常訪問的數據用這種方法來存檔。



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相比於傳統硬碟,DNA不但存儲密度大,而且無需散熱而且,DNA的數據存儲時間要比其他存儲工具長得多。既然古人類學家能對尼安德特人等古人類進行基因測序,Erlich也絲毫不用擔心DNA的數據存儲壽命。


微軟的研究員們則認為,DNA存儲有更廣泛的應用前景。微軟的Karin Strauss和華盛頓大學的Luis Ceze在郵件中表示:「對於需要長期存儲海量數據公司或個人,DNA存儲都是不錯選擇」。


比如,醫院需要長期存儲病人的臨床信息,研究機構的研究項目也有大量數據要保存,而新興的虛擬現實行業也要存儲內存很大的視頻文件。另外,隨著便攜攝像機的普及,越來越多的人會選擇把個人視頻上傳雲端,這也將仰仗DNA存儲。


但在目前,DNA的存儲成本極其所耗費的時間卻讓人望而卻步。Erlich團隊合成DNA數據花費了7000美元,讀取數據又花了2000美元。合成數據需要兩周時間,讀取數據也需要一天時間。


但這並不意味著,DNA存儲不會應用到人們的日常生活中。George Church的團隊就在與Technicolor公司合作,利用該技術保存了很多公司的老電影。



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Technicolor公司的DNA存儲


在2016年的一次媒體參觀活動上,Technicolor研發與創新副總裁Jean Bolot向人們展示了一小瓶數據DNA,裡面有100萬個1902年的法國無聲電影《月球旅行記》(A Trip to the Moon)的備份。

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