在線繪製軟體Matrix2png使用簡介
科研工作中，我們經常需要繪製熱圖來直觀展示我們的數據結果。之前，小銳跟大家介紹了來自R中的熱圖繪製函數heatmap.2()——《代碼放送 熱圖繪製函數heatmap.2()的參數解析》。但對於沒有R語言基礎的同學來說，可能會覺得需要自己寫代碼還是好麻煩啊……
今天，給大家介紹一個不需要編程基礎，甚至不需要下載軟體的在線熱圖繪製工具——Matrix2png。
軟體簡介
首先，簡單了解一下Matrix2png。
該軟體是一個簡單卻實力強大的矩陣數據可視化工具，用於將txt格式的文件轉化為png格式的圖片，其特點包括：
1. 僅支持PNG輸出格式，需要的輸入文件只能是製表符分隔的txt文件。
2. 支持本地繪圖、在線繪圖及linux命令行繪圖多種方式。
3. 可以人為界定繪圖的數值範圍。
4. 可以方便的從調色板和流行色圖（color maps）中選擇設置的顏色。
5. 自動生成scale bars、row labels和column labels。
6. 支持有缺失值以及離散型數據的矩陣。
當然，在線分析網址是不能忘記告訴大家的：
http://www.chibi.ubc.ca/matrix2png/bin/matrix2png.cgi
準備好輸入文件
接下來，看一下輸入文件的格式及需要注意的要點。
輸入文件必須是製表符分隔的txt文件：
需要注意以下幾點：
1. 第一列是熱圖的行名，第一行為列名，行名、列名中不能存在空格。
2. 最左上角內容可以任意，但是不能為空（即示例中」gene」所在的格）。
3. 文件中的值，除了行名和列名，都必須是數字。
萬事俱備，進入實戰環節！
開始繪圖
1
數據導入
點擊「選擇文件」導入你已經處理好的txt文件。
2
對圖片進行基本設置
包括圖片大小、矩陣是否標準化、顯示的數值範圍、數值切割範圍以及是否用圓形代替方形。
3
設置顏色
修改最普遍的部分，包括背景色、缺失值顏色以及熱圖主體顏色（有三種方式進行選擇）。
4
選擇添加小工具
包括是否畫顏色標尺、行名稱及位置、列名稱及位置、每個點之間的分隔。
5
設定輸入矩陣中用作畫圖的行列範圍
6
提交任務
設置完成後點擊「submit」提交畫圖任務，結果如下：
7
導出及保存圖片
有了Matrix2png
繪製熱圖就更簡單了
相信大家都能輕鬆get這項新技能
想要繪製精美熱圖的小夥伴們
歡迎來和銳翌家的生信分析官們交流
我們的暑期培訓班正在火熱報名中
小班教育 名額有限 報名要快哦
供稿：宋文峰
編輯：王麗燕
TAG:銳翌基因 |