明之南京（南直隸）於清初改稱江南省，後更一分為二，成為安徽、江蘇二省。

康熙二十年末、二十一年初（1682），其時三藩之亂已平定。江西總督再次裁併江南。康熙二十年十二月癸卯（1682年2月1日）：「升……直隸巡撫于成龍，為江南江西總督。」二十一年（1682）正月，「調江西總督董衛國，為湖廣總督。裁江西總督缺，歸併江南總督，為江南江西總督。」

爾後江南總督的管轄範圍始穩定為江南江西兩省，稱江南江西總督，並肯定駐劄於江寧府。在《清實錄》中，江南江西總督之省稱兩江總督始於康熙五十六年（1717），而江南江西總督之名最後一次呈現，是在康熙六十一年（1722）。

直隸總督、兩江總督、兩廣總督、湖廣總督、閩浙總督、四川總督、陝甘總督、雲貴總督，是為清八大總督。當然，除此之外，還有四個：南河總督、東河總督、漕運總督，這都是管理專項事務的，而且後來都被裁撤，所以不入「八大總督」之列；東三省總督，光緒三十二年（1906年）新設立的，存在時間太短，影響較小。雖然都是總督，其中也有肥瘦、輕重之分，這和所轄區域的政治地位、經濟實力有直接關係。

清朝的地方行政制度實行的是督撫制。當時全國劃分為23個省，每個省設一名巡撫，為主管一省民政的最高長官。總督權力比巡撫大得多，但與巡撫之間沒有直接的隸屬關係，總督和巡撫都是對上直接聽命於皇帝。不同的是總督可以管數省，側重軍事，巡撫只管一省，側重民政。

李沛誠所著《中國歷代改革者》一書中專門介紹兩江總督管轄的是：江蘇、安徽、江西三省，而不是江蘇、浙江的「兩江」。

直隸地處京畿要地，靠近京城，所以直隸總督被稱為「疆臣之首」。

兩江是清的財賦重地，所以兩江總督是當仁不讓的老二。

兩江總督，轄江蘇，安徽，江西三省，治南京，地位次之，晚清兩江總督又兼南洋大臣，權勢也日重；

兩江總督前身為順治四年所設置的江南江西河南三省總督，總督府駐江寧（今南京）。 順治九年，總督府一度遷往南昌，改名江西總督，不過很快恢復舊制。康熙元年，操江事務劃歸江南總督管理。康熙二十一年仍合，正式定名為兩江總督。雍正元年，授與歷任兩江總督兵部尚書兼都察院右都御史之官銜。道光十一年起，兩江總督兼管兩淮鹽政。自同治五年起，兩江總督兼管五口通商事務，授為南洋通商大臣。

湖廣總督，轄湖南，湖北二省，治武昌；

兩廣總督，轄廣東，廣西二省，治廣州； 湖廣與兩廣地位相當，總督權勢也相當，只是晚清兩廣 地位日漸重要，地位在湖廣之上；

閩浙總督，轄福建，浙江二省，治福州；

四川總督，轄四川省，治成都； 此二處總督權勢地位相當；

陝甘總督，轄陝西，甘肅二省，治西安，地位較閩浙稍 低，晚清左宗棠任陝甘總督時，陝甘地位只在直隸與兩江 之下，又當別論；

雲貴總督，轄雲南，貴州二省，治昆明，地位最為低下 為總督之末；

清末又增設東三省總督，管轄黑龍江，吉林，奉天三省 ，治盛京。

設置巡撫的省份則有：直隸，陝西，山東，河南，江蘇，安徽，江西，湖南，湖北，四川，山西，甘肅，福建，浙江，廣東，廣西，雲南，貴州；後來又依次增設了：新疆 ，台灣，黑龍江，吉林，奉天巡撫。計二十三處。

浙江屬於浙閩總督管轄範圍。兩江,指江南省(今江蘇、安徽和上海)和江西省，是清王朝的財賦重地，也是人文薈萃之區。公元1667年，江南省東西分置而建江蘇（今江蘇省和上海市）和安徽二省。

兩江總督是地方最高長官，太平天國運動之前多由滿人擔任，之後漢人漸多。從康熙四年(1665)到宣統三年(1911)，有影響的計80餘人，98任，歷247年。因此初時該總督管轄的是江南省和江西省的政務，因此號兩江總督。

歷代兩江總督如于成龍、張鵬翮、史貽直、尹繼善、陶澍、林則徐、裕謙、曾國藩、左宗棠、李鴻章、劉坤一等皆為清代重臣。

清代同治前的總督署所在地具體在南京何處有待考證；清代同治三年（1864年）後總督署位於南京城正中（今南京總統府內），明漢王（成祖次子朱高煦）府舊址，太平天國天王府，民國時期闢為國民政府所在地，建國後先後作為江蘇統戰部、民革江蘇中央、江蘇省政協所在地，現為中國近代史博物館。

江南省原為明朝龍興之地南直隸，主要包括今天的上海、江蘇和安徽三省市，是一個地域廣闊、政治顯要、經濟突出的地區，入清後仍保有對抗清廷中央的實力，因此分而治之乃是清廷羈束該地的重要手段。江南省的分立並不是一蹴而就的，也沒有特別明確的標誌性事件或時間點，而是當地各類官職上百年漸進式調整之後的結果。下表顯示了清代江南省主要職官配置的變化：

順治二年（1645），清朝定鼎江南之後，在江南省設左、右兩位布政使、一位總督及江寧、鳳陽、安廬三巡撫分管地方政事。其中，江寧巡撫又名「蘇松巡撫」、「江南巡撫」，為江蘇巡撫前身，因常駐蘇州府，後又有「蘇州巡撫」之名；鳳陽巡撫則時立時廢，立時因分管海防，故駐臨海的揚州府屬泰州；安廬巡撫中間也有過廢立，後稱「安徽巡撫」，駐安慶府。江南省之上又設有總督一名，因多數時間轄區含江南、江西兩省，常常被稱作「江南江西總督」，後又簡稱「兩江總督」。在清朝初年布政使仍被視為一省之長的情況下，由於江南左、右布政使及兩江總督均駐江寧府，江寧府成為當之無愧的江南省省城。

一般認為，各省的左、右兩位布政使是一正一副的關係，同治省城，共同管理全省政務。但在順治十八年（1661年），江南省的布政使駐地也發生了變化：時任江寧巡撫的朱國治要求江南右布政使分駐蘇州，使自己和右布政使的轄區（江、蘇、松、常、鎮五府）重合，以便指揮布政使督催糧款；左布政使仍寄治在江寧府，節制江南省剩下的府州，其轄區內仍有鳳陽巡撫、安徽巡撫兩位上級。此時，兩員布政使管轄的區域面積差異非常懸殊。

到了康熙四年（1665年），鳳陽巡撫因職能與漕運總督重疊較多，終遭裁撤。根據時任江南江西總督的建議，同年十一月戊申（1666年1月1日），原屬鳳陽巡撫的廬州、鳳陽兩府，滁州、和州二州分隸安徽巡撫管理；淮安、揚州二府及徐州分隸江寧巡撫管理。之所以選擇東西分割鳳陽巡撫轄區，主要是考慮將淮安、揚州二府、徐州直隸州的黃河水利及漕運事務統歸一位巡撫管理，與此無關的府州則劃給安徽巡撫。由此至清朝末年，江寧（江蘇）、安徽巡撫駐地和轄區未再變化，奠定了今天江蘇和安徽兩省的基本格局。

其中「江蘇」二字分別取自江寧府和蘇州府，「安徽」二字則來源於安慶府和徽州府的首字。可見，清廷在巡撫、布政使等職官改革的過程中，通過轄區和名稱調整的方式，不斷推動著江南省的分治，並以實際行動認可了巡撫地位高於布政使的事實。

由於江南省特殊的官僚配置，及一直共闈的江南鄉試的長期存在，兩個新省名取代老省名用了很長時間。直至清末，新老三個省名仍時有混用，甚至到清朝行將滅亡的宣統三年（1911），官方文獻中仍有「江南省」這樣的表述。不過總體而言，我們可以認為乾隆以後，特別是到19世紀，世人已逐漸接受了江蘇、安徽分省的既定事實。

江蘇泰興一塊清嘉慶八年的石碑仍有「江南揚州府泰州」字樣。

江蘇這種「劃江而治」的格局貫穿了整個清中後期。這一格局無形中強化了江寧和蘇州各自的省會地位，但也不可避免地削弱了江蘇各地的「省籍認同」。舉例來講，較之「遙不可及」的蘇州巡撫，江北各府州顯然更親近江寧省城，地方志和碑文也傾向於自稱「江南」屬地，而不樂以「江蘇」冠之；同樣，江南人民也對江北府州無感。省籍認同的淡薄，也為光緒年間「蘇淮分省」埋下了伏筆。

時至今日，江蘇省內居民相互認同度仍較低，這與清代江蘇督撫分駐、官員林立的歷史傳統可謂不無關係。

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