你所在的領域裡,有哪些堪稱開山之作的論文?
我在@知乎回答了問題:「你所在的領域裡,有哪些堪稱開山之作的論文?」,分享在這裡:
作為生物信息的碼農,生物信息領域的開山之作,個人覺得這篇BLAST(局域聯配搜索基礎工具)的論文是當之無愧的:
SF Altschul, W Gish,W Miller,EW Myers… - Journal of molecular …, 1990 - Elsevier
生物信息是用計算機科學的方法研究生物學的領域。而生物學中信息的最主要載體DNA和蛋白質都是序列化的,生物的進化使得序列間存在大量的相似性,稱為同源性。所以序列比對對於基因組研究至關重要。
在BLAST之前,計算機科學家已經有了一系列基於動態規劃的演算法進行序列比對,但單純的動態規劃演算法所需的時間是與序列長度的平方成正比,雖然對計算機科學這已經很不錯了,可對於成億長度規模的基因組,上萬條的序列同時進行分析,這個速度還是不能忍受的。
BLAST的出現改變這種情況,它採用了啟發式的演算法,基於文章通訊作者在1985年發明的FASTA演算法。這個演算法雖然不是嚴格的找最優解,但由於該方法抓住的生物序列的主要特徵,在絕大多數情況下都能得到最優解。而在速度上,比前人的演算法提高了50倍,別小看了這50倍,這使得序列對資料庫的比對成為可能(BLAST一般的分析幾分鐘就能完成一條序列對大資料庫的比對,想想這在以前的方法要幾小時呀)。在此基礎上,BLAST又革命性的引入了對資料庫比對結果打分排序的統計方法,使結果分析更加清晰可靠。從此BLAST開啟了序列比對應用的時代,也開啟了生物信息學的時代。
BLAST由於其演算法和軟體的實用性,且得到了NCBI的大力推廣,其文章得到了大量的引用。到2017年,Google Scholar上引用該文66,000多次,加上同一作者在1997年的加強版gapped-BLAST(62,000次引用),BLAST穩居生物信息領域第一牛文,也是人類歷史上引用率最高的論文之一。
參考:
1,http://abc.cbi.pku.edu.cn/seminar/caas13s2-02.pdf
2,What Are The Most Cited Research Papers Of All Time?
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