高活性Cas9 guide RNA設計工具助力科研！

生物極客按：有效的gRNA設計工具，對我們進行基因編輯有著重要的意義，來自哈佛大學的GM Church課題組在Acs Synthetic Biology上，開發的SgRNA Score2.0，可以用於包括SaCas9等多種sgRNA的預測，方便人們更好的利用基因組編輯工具。

論文解讀：

目前已經有多個課題組評估了數百到數千個sgRNA的相關的序列特徵並且已經創建了公開的可用軟體來幫助研究人員進行sgRNA選擇。來自GM church課題組開發的sgRNA Scorer1.0自2015年7月發布以來，共有超過7000個獨立用戶，87個不同的國家的研究人員進行使用。

然而隨著CRISPR領域的不斷深入，科學家們從其他細菌物種中鑒定CRISPR系統，同時也開發了相應的真核細胞編輯的能力.然而，如果一個一個不同的cas9進行驗證相應的工作量非常的龐大。因為目前的策略需要需要為每個要分析的CRISPR蛋白產生和測試sgRNA序列文庫。因此，科學家們開發新的工具試圖預測多種CRISPR蛋白質中的sgRNA活性。

科學家們構建了支持向量機（SVM）模型，用來評價其他三個Cas9同源物和一個非Cas9系統----Cpf1的預測能力。

首先科學家們合并了SpCas9（133高，146低）和St1Cas9（82高69低）的高活性和低活性sgRNA序列，產生215個高活性和215種低活性sgRNAs 。隨後，將這430個sgRNA序列用作新的SVM的基礎。我們的新模型的10倍交叉驗證產生了73.7％的精度，72.8％的精度和75.8％的回收率，這與以前的SpCas9和St1Cas9的各個型號相當。科學家們評估新模型預測SpCas9和St1Cas9的sgRNA活性的能力。使用以前生成的靶基因座測序的預測數據，我們重新計算了這些sgRNA，發現我們的新舊模型之間的預測分數與SpCas9的相關性為0.997，St1Cas9的相關性為0.940，表明將來自兩種不同的Cas9直向同源物對每個Cas9的預測能力沒有不利影響。

1.科學家們大膽推測不同crispr系統之間sgRNA活性的相關性，從而極大的拓展了使用。

2.科學家們使用SVM支持向量機，從而識別活性背後潛在的規律。方便更好的預測。

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