《名偵探柯南》黑衣組織的最終目的有可能是這個

黑衣組織是一個籠罩在神秘色彩中的跨國犯罪組織。江戶川柯南稱其為「烏鴉軍團」。工藤新一就是因為被該組織成員琴酒灌下藥物APTX4869而導致身體縮小，開始了整個故事。

該組織的真實名稱不詳，片中一般以「黑衣（黑暗）組織」、「組織」代稱，組織的組成結構和目的也不明顯。但可以肯定，黑衣組織是一個勢力很廣的大型犯罪組織，資產雄厚，並且在日本政界、經濟界和科學界有很深的人脈。慣用手法是操控重要人物的生死，再暗中以金錢收買，開發謎樣的藥物以及足以影響全人類未來的程序。

組織的代表顏色為黑色，其成員都穿著黑色的衣服。除Boss外，主要成員都以酒名作為代號。內部有非常嚴格的紀律，不合格的成員、暴露組織身份的成員和背叛組織的成員都會被很快剷除，做事不會留下絲毫痕迹。而且保密性極強，即使成員之間也未必互相認識。

組織成立目的同樣不詳。成立時間不少於半個世紀，表現在TV 130《競技場無差別脅迫事件（前篇）》灰原的自言自語：「工藤君，也許你不知道，你已經深深地介入到我們組織從半世紀前就開始的秘密計劃當中了」 。從時間上推算，灰原說這句話大概在1995-1996年左右（按照柯南世界的時間）。往前倒推50年，剛好就是1945-1946年，這個時期剛剛好是二戰結束日本戰敗的一年以內。

計劃了半個世紀到底目的是什麼？根據他們研究出的APTX4869，該葯主要作用是誘導程序性細胞死亡，但同時強化端粒酶的活性，從而增加細胞的增殖能力。 一般情況下會導致服用者死亡，卻因為細胞自我破壞程式的偶然作用，使除了神經系統以外的骨骼、肌肉、內臟、毛髮的全部細胞都退化到了幼兒時期。研究該葯肯定不是為了製造毒藥，而是為了通過該葯控制或者籠絡一些人，根據上面推理出的那個時間，黑衣組織的頭領很有可能是某位軍國主義的頑固分子，為了日本帝國統一世界而研製APTX4869來招兵買馬然後用某種程序造成破壞或者用來控制人類。