代謝組樣本收集攻略大全（二）

最新 06-20

血清、血漿樣本收集參考步驟

1. 血清(Serum)

1.1 樣品量要求

NMR實驗500uL/sample；GC-MS，LC-MS實驗200uL/sample，避免反覆凍融。

1.2 樣本收集步驟

1）血液收集在離心管中37°C(或室溫)靜置1h；

2）3000rpm室溫離心取上清轉至乾淨的離心管中；

3）再12000rpm 4°C離心10min，取上清分裝到1.5mL離心管中，每管0.2mL，-80°C凍存，乾冰寄送。

1.3 注意事項

1）取血時如用酒精消毒，請擦乾擦拭部位，待酒精完全揮發後再取樣；

2）取血時如用麻醉劑，建議用異氟醚，防止在NMR血清譜圖中出現干擾峰；

3）血清參考產率≈30%~50%，例如1mL全血大約能得0.3~0.5mL血清；

4）采全血時如使用真空采血管，請務必使用無預加抗凝劑的凝血管；

5）建議盡量多的收集樣本並分裝凍存，且避免反覆凍融。

2. 血漿(Plasma)

2.1 樣品量要求

NMR實驗500uL/sample；GC-MS，LC-MS實驗200uL/sample，避免反覆凍融。

2.2 樣本收集步驟

應使用肝素鈉抗凝管採集全血，並儘快進行血漿分離：3000rpm室溫離心10min，取上層，0.2mL/管分裝至1.5mL離心管中。-80°C凍存，乾冰寄送。

2.3 注意事項

1）對於抗凝管的選擇：代謝組學實驗檢測推薦使用肝素鈉抗凝管（因為檸檬酸是TCA 循環中的重要物質，使用檸檬酸鈉抗凝劑會引入外源污染；EDTA會影響NMR采譜）。但肝素鈉會對 RNA 相關實驗有負面作用；

2）最後分裝保存推薦使用1.5mL離心管，因為螺口凍存管管帽內有一個橡膠墊圈，目的是為了密封；

3）血漿參考產率≈50%，例如1mL全血大約能得0.5mL血漿。

糞便、腸道內容物樣本收集參考步驟

適用樣本：糞便、腸道內容物

1. 樣品量要求

200mg/sample，避免反覆凍融。

2. 樣本收集步驟

收集到新鮮糞便或腸道內容物樣本後，添加一滴（約10uL）質量體積比為1/100 （w/v）的疊氮化鈉，分裝樣本200mg/管，然後立即用液氮速凍處理15min，-80°C凍存，乾冰寄送。

3. 注意事項

1）由於糞便/腸道內容物中有非常多微生物，其代謝速度很快，反覆凍融會對代謝水平有很大影響。建議樣本收集後，按照200mg/sample進行分裝凍存。

2）疊氮化鈉有毒，請萬分小心。

微生物樣本收集參考步驟

適用樣本：大腸桿菌、枯草桿菌、釀酒酵母菌、惡臭假單胞菌、酵母、棒桿菌屬、單胞藻、運動發酵單胞菌、氧化葡萄糖酸桿菌等。

1. 菌體數量

需要菌體的數量為：1*108（一次實驗的用量）。一般OD600≈0.6時，細菌處於生長指數，其濃度為108cells/mL。此標準為經驗值，需根據自己實驗室具體情況進行調整。

2. 取樣步驟

1）準備淬滅試劑：配製60%甲醇水(v/v)，-40°C預冷備用（保證每管都處於-40°C，溫度不能過低）；

2）淬滅：取2mL預冷的甲醇水置於5mL離心管中（建議乾冰上操作），取出2mL菌液迅速加入到淬滅試劑中，手搖動混勻5s，不要用vortex；

3）將淬滅好的菌液進行離心，3000rpm，10min，4°C；

4）去除上清；

5）-80°C凍存，乾冰寄送。

3. 注意事項

1）微生物代謝速度非常快，所有的步驟需儘快完成。

2）菌體數量不同樣本間需要保持一致；

3）OD值供參考，需要根據具體情況確認。

4. 微生物培養液（研究胞外代謝）取樣步驟

方法一：培養好的菌液混勻後，取10mL菌液，用0.2μm孔徑的過濾膜進行快速抽濾，去除菌體。將濾液按1mL/well進行分裝，‐80°C凍存，乾冰寄送。

方法二：培養好的菌液混勻後，取1mL菌液，3000rpm，4°C離心10min，取上清800μL，‐80°C凍存，乾冰寄送。

*本文參考阿趣生物，中科新生命等代謝組學樣本收集方法

本周四16:00

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參考文獻

[1] Wu J， An Y， Yao J，et al. An optimized sample preparation method for NMR-based faecal metabonomic analysis[J].Analyst， 2010， 135(5):1023-30.

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[3] Marcinowska R， Trygg J， Wolf-Watz H，et al. Optimization of a sample preparation method for the metabolomic analysis of clinically relevant bacteria[J].Journal of Microbiological Methods， 2011，87(1):24-31.

轉錄調控業務線韓蘭蘭丨文案

王迪丨編輯

配圖來源於網路，侵刪

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