只要不實驗，一分也是愛

長鏈非編碼RNA SNHG6可作為肝細胞癌潛在生物標誌物

（回復170711可下載，一周有效）

長鏈非編碼RNA（lncRNA）的表達改變可能參與癌症過程。通過對資料庫中不同lncRNA表達的系統分析，試圖找到肝細胞癌標誌物，對HCC患者進行早期診斷。

看下Results：

LncRNA在惡性肝腫瘤中具有重要潛在作用

373例HCC患者中，有60個lncRNAs表達模式發生了改變。原始數據來自cBioPortal，進行R分析（Fig.2）；

Top3：SNHG6、PVT1、GAS5是373個HCC樣品中異常表達最高的lncRNA，分析由R統計軟體完成，原始數據來自cBioPortal（Fig.3）；

選擇了SNHG6、PVT1、GAS5進一步分析，因為其CNV（基因拷貝數變異）和RNA失調均高於其他lncRNA。

在189個lncRNA中，總體來看SNHG6的改變數最高，無論是在基因組水平還是轉錄水平。所以選擇SNHG6作為主要對象。

在接下來的步驟中，稱這些患者為「目標樣本」。在該組中計算出，每對基因座不同遺傳變異的共生情況（表1）。

SNHG6、PVT1、GAS5在腫瘤和正常組織之間差異表達

與正常對照組相比：SNHG6、PVT1、GAS5在肝細胞癌中顯著上調（Fig.4）;

此外，oncomine證實了這些lncRNA在癌組織和正常組織之間的差異性表達（表2）。

SNHG6過表達是肝細胞癌患者生存率降低的新指標

肝細胞癌中，SNHG6過表達的病例，其生存期中位數降低至19.74個月，而其他病例則超過48.95個月（Fig.5a）。

根據年齡對樣本進行分組（G1-2和G3-4分別為綠色和紅色條）。雖然PVT1和GAS5的價值並不顯著，但lncRNA與HCC臨床病理參數的相關性研究表明，三種基因（SNHG6、PVT1、GAS5）在高年齡HCC樣本中表達量顯著高於低年齡組樣本（Fig.5 b）；

SNHG6、PVT1、GAS5與人類其他癌症進展的關係

對這三種LncRNA，在不同腫瘤中的表達進行評估。主要從兩個層面評價：一，在病人中出現的頻率；二，它們之間的相關性。與PVT1和GAS5比較，SNHG6在這兩個層面均比較好。因此，作者認為SNHG6是肝細胞癌潛在的生物標誌物。而PVT1和GAS5可作為其他癌症標誌物，如子宮肉瘤（Fig.6）。

SNHG6可能涉及核糖體的結構完整性以及翻譯

通過共生分析，作者發現SNHG6和GAS5在目標樣本（n=130）中具有共生的趨勢，雖然不顯著（表3）。

檢測所有與SNHG6、GAS5共表達的基因，GO分析顯示其中13個基因與核糖體結構完整性相關（表4）。

從cBioPortal得到的數據發現：35％（n=130）的目標樣本中，至少有一種基因的表達發生了改變。在這些基因中，RPL8、TOP1MT、RPL30是top 3。

作者將SNHG6與其共表達的基因、高頻相鄰基因進行網路可視化，試圖探究可能出現的相互作用方式，很可惜沒能觀察到SNHG6與這些基因之間存在任何相互作用。但是確定了大多數高度變化的基因位於SNHG6基因座附近的8q位置。

這種全面的計算機分析可以為下一步濕試驗設計奠定基礎。

上期文章中還有丁點兒試驗，本期nothing。用別人的軟體，篩選別人的數據，從一堆LncRNA中，得出一個作為HCC標誌物。

分雖不高，但好歹也是SCI。孤，想每月一篇啊~

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