科研福音——「多重PCR」與「高通量」的完美碰撞

最新 07-14

小編：在後基因組時代，生命科學研究重心已經從揭示生命的遺傳信息轉移到在分子整體水平對功能的研究上。。。。。。

小Q：當我們需要進行SNP檢測時，樣本量大怎麼破？位點數多怎麼破？精準度低怎麼破？成本高怎麼破？

小編：都是小case啦！「多重PCR_SNP基因分型檢測」為您排憂解難！

小Q：「多重PCR_SNP基因分型檢測」是神馬呀？當真這麼神奇？小編，快給人家講講嘛！

小編：好嘞，搬好小板凳，小編這就為您全面解讀全新的SNP檢測技術——多重PCR_SNP基因分型檢測！

首先，咱們來了解幾個知識點

單核苷酸多態性

Single nucleotide polymorphism，SNP：在基因組水平上由單個核苷酸變異所引起的DNA序列多態性，包括單個鹼基的轉換、顛換等。

多重PCR

Multiplex PCR：在同一PCR反應體系里加上兩對以上引物，同時擴增出多個核酸片段的PCR反應。

高通量測序

High-throughput sequencing，HTS：一次對幾十萬到幾百萬條核酸分子進行序列測定，是對傳統Sanger測序（稱為一代測序技術）革命性的改變，又稱為下一代測序技術（next generation sequencing，NGS）。

什麼是多重PCR_SNP基因分型檢測

多重PCR_SNP基因分型檢測是一種多重PCR和高通量測序相結合的高效SNP檢測技術。對於大樣本多位點SNP的檢測，Sanger法昂貴且效率低，多重PCR_SNP基因分型檢測可以有效地替代一代測序，通過對多個待檢位點設計特異性引物，利用多重PCR技術進行擴增，即可一次性擴增出所有待檢位點序列，繼而結合高通量測序技術實現對大樣本多位點SNP的完美檢測。

多重PCR_SNP基因分型檢測原理

針對待檢SNP位點設計特異性引物，特異性引物帶有修飾基因能夠隔離開其他引物，因此可完成在單管內多重PCR的擴增，多重PCR的前兩個階段完成對目標區域的擴增富集，第三階段時引物端會自動連接上Index，實現對不同樣本的區分，應用Illumina主流測序平台實現對擴增子的高通量測序，一次可完成幾百萬條DNA分子序列的測定，最後通過生物信息學分析SNP變異檢測結果[1]。

圖1 多重PCR_SNP基因分型檢測流程

多重PCR_SNP基因分型檢測技術優勢

適用性廣：無物種區分，該技術適用於所有樣本的SNP檢測。

準確率高：樣本的平均測序深度達100X，每個SNP位點的測序深度至少15X ，檢測準確率可達到98%以上。

靈敏度高：應用高通量的方法可完成對SNP位點及其周圍序列的測定，檢出率達95%以上。

通量高：對於樣本量大、SNP待檢位點多的項目，多重PCR_SNP基因分型技術可以高效、低成本的完成檢測。

多重PCR_SNP基因分型檢測應用方向

小編：通過講解，你是否對SNP的檢測有了更多的了解呢？

小Q：偶懂啦！小編，是不是無論在哪個領域工作，只要需要做SNP的變異檢測，均可以應用多重PCR_SNP基因分型檢測服務哦~

小編：總結的相當到位，優秀！

各位看官，相信您對多重PCR_SNP基因分型檢測也有了更加全面的理解，高效精準的技術，熱情認真的服務，期待與您的交流合作！

參考文獻

[1] Chen K, Zhou Y X, Li K,et al. A novel three-round multiplex PCR for SNP genotyping with next generation sequencing[J].Analytical & Bioanalytical Chemistry, 2016, 408(16):4371-4377.

分子育種業務線宋聰聰丨文案

戴淑玲丨編輯

配圖來源於網路，侵刪

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