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硬碟過時是遲早的事,但用 DNA 來存儲數據是不是有點太科幻了

摘要:DNA 的存儲能力據說是同樣大小光碟的一萬億倍。

1878 年 6 月 19 日,英國著名攝影師埃德沃德·邁布里奇(Eadweard Muybridge)把 12 台雙鏡頭照相機列成一排,拍攝一名騎手騎馬快速奔跑的場景。最初的目的是想解決困擾了畫家和藝術家幾個世紀的難題——馬在奔跑時四條腿是否可以同時離地。

圖片來源:Timetoast

儘管畫面不是非常清晰,但是從其中一幅作品上還是可以看出,馬在全速奔跑的某個瞬間,四蹄是全部騰空的。後來他把這些照片放到一個在光源前面旋轉的玻璃盤上,合成了一套原始的動畫。

一個多世紀後,這段古老的動畫和前沿科技進行了一次合作——哈佛大學醫學院研究人員(http://t.cn/RKYKIwN)成功將這幅 5 幀的動畫存入了活細胞的 DNA 中。這個首次「享此殊榮」的電影片段能隨時取出,還能隨著細胞增殖而被無限複製。

用大腸桿菌的 DNA 存電影

這一研究於 7 月 12 號發表在英國《自然》雜誌上,引起了一陣驚呼。科學家們認為,這是人類在探索基因能否作為存儲設備上的一大進步。

哈佛大學兩位遺傳學家 George Church、Seth Shipman 以及他們的同事,給那部黑白電影中的每個像素指定了一個 DNA 編碼。細胞中的 DNA 只有 4 種組成部分——腺嘌呤、鳥嘌呤、胸腺嘧啶和胞嘧啶,這 4 種分子以無數種排列方式組成了數量龐大的 DNA 鏈。

隨後,科學家們得到了一段儲存著完整電影的 DNA 序列。最後他們用一種叫做 「CRISPR」(http://t.cn/RKYKWPo)的基因編輯技術將這段 DNA 序列導入了大腸桿菌的基因組中。

儘管體內有一段「奇怪的 DNA」,大腸桿菌還是生存了下來並繁殖後代。科學家發現,儲存在基因組中的電影在每一代大腸桿菌中都完整無缺。

左邊是原始動畫,右邊是從細菌 DNA 中復原的動畫

GIF/78K

明尼蘇達大學(University of Minnesota)的數學教授兼數字技術專家 Andrew Odlyzko 稱這項新研究「非常了不起」。

「想像一下,我們可以把秘密交給位於我們腸道或者皮膚上的細菌,這應該是最安全的保密方式了,」他說道。

讓細菌「監控」神經元

此前,科學家已經成功將莎士比亞的十四行詩(http://t.cn/RKYKnrK)存入了 DNA 中。2012 年,Church 將自己的書《Regenesis》(http://t.cn/RKYKd72)的電子數據編輯成 DNA 形式導入了細菌體內,並通過細菌繁殖得到了 900 億份複製品。

「這應該是出版史上的最高紀錄了,」Church 在採訪中說道。

哈佛大學遺傳學家 George Church,圖片來源:Harvard University

在這些研究的基礎上,Church 和其他科學家開始醞釀一個更大膽的想法——能否將改造過的細菌植入人體細胞,記錄下細胞的一舉一動。換句話說,就是像拍電影一樣錄下每個細胞的生活。

當人生病時,醫生可以將這些細菌提取出來,觀察存儲在 DNA 中的錄像。Church 說,這就像飛機失事後人們可以通過黑匣子知道當時發生的情況一樣。

大腦包含約 860 億個神經元,然而要想知道這些神經細胞的日常活動卻是一件非常困難的事。

「目前,我們可以用電極來觀察神經元的活動,但是一個電極只能監控一個神經細胞。人的腦子裝的下 860 億個神經元,可裝不下 860 個電極啊,」Church 說道。不過,經過改造的細菌或許是理想的「偵察兵」。

科學家的想法是,通過基因工程將細菌改造成「記錄裝置」,然後讓這些細菌隨著血液到達大腦,記錄大腦神經元的活動。隨後科學家可將這些細菌提取出來,通過其 DNA 就能知道神經元在這段時間的活動狀態。

Church 和他的同事已經在過去的研究中展示了細菌能記錄細胞中被標記的 DNA。

存儲能力甩硬碟幾條街的 DNA

半個世紀前,著名物理學家理查德·費曼(Richard Feynman)就提出了用 DNA 來存儲信息這一超前想法。很久之後分子生物學革命才興起,幾十年後才有科學家成功地做到了給 DNA 測序。

「基因不僅僅是文字信息,它也能做一些自己的事,」費曼在 1959 年的一次演講(http://t.cn/RKY97fB)中說道。

「想像一下,我們也能做出一件非常小的東西,讓它做我們想做的事,」他激動地說道。

「費曼博士的想法意義深遠——它給我們提供了一個方向,」南加州大學的數學家 Leonard Adleman 說道。他還是「RSA」——使用最廣泛的一種公鑰加密演算法——的創建者之一。

1994 年,Adleman 宣布(http://t.cn/RKY9bnf)他已經成功將數據存入了 DNA 中,並把 DNA 當作電腦解決了一個數學問題。他堅信,DNA 的存儲能力是同樣大小光碟的一萬億倍還不止。

數據存儲是一個越來越讓人頭疼的問題。在這個知識爆炸的年代,每天產生的數據數量驚人,因而儲存數據的技術一不小心就過時了,比如被淘汰掉的軟盤。

但 DNA 永遠都不會過時。「數十億年來,生物都在用 DNA 存儲信息,而且信息都保存完整,」Adleman 說道。他注意到,現代的細菌仍然能從幾百萬年前的昆蟲琥珀中讀取到基因信息。這是因為 DNA 很容易保存,只需放在冷、暗、乾燥處,沒有恆溫恆濕的苛刻要求。它還非常穩定,存放上百萬年都沒問題。

除此之外,DNA 合成測序,使用的設備和方法都是生物學研究的常規工具。這使得 DNA 的存儲有效地避開了因設備技術更新換代而起的許多麻煩。所以 DNA 是數碼信息長期存儲的理想材料,而且存儲的時間越長,越能顯出優越性。

DNA 真正取代硬碟還要多久?

DNA 作為存儲介質,也有顯著的弱點。首先是成本太高。歐洲生物信息研究所(EBI)的高德曼團隊的實驗費用高得驚人:每一兆位元組的存儲費用是 12,400 美元,外加測序解讀 220 美元。這是常規磁帶存寫費用的一百多萬倍。

第二,信息讀寫非常耗時。數碼信息編入 DNA 目前只能由專門的 DNA 合成設備來做;而從 DNA 中讀取信息,重組復原為數碼文件也很費時。高德曼團隊用了整整兩個星期,才完成五個文件 739 千位元組的復原。

第三,DNA 介質不能重複使用,寫錄完畢,一般來說不能修改、不能再用。可是,我們已經習慣了常規存儲,如硬碟和 U 盤的便利。幾十塊錢的 U 盤,插入電腦,就能周而復始地存取文檔。

這些「簡單」的基本功能,DNA 介質卻難以勝任。

硬碟、U 盤、細菌 DNA 在讀寫速度、數據保留時間、耗電量、數據密度上的對比,圖片來源:Nature

「人們的本能反應是,DNA 分子那麼渺小,怎麼能儲存海量信息呢?」Birney 博士說到。

「儘管這些想法很超前,但我們起碼知道,這些生物技術誕生的時間肯定前人預測的要早,」Church 說到。

他舉出了人類基因組測序的例子。此前,一些比較樂觀的科學家預測這將花費至少 60 年的時間,每組基因測序的費用將高達 1000 美元(測完人類 30 億個鹼基對將需要 3 萬億美元)。而於 1990 年正式啟動的「人類基因組計劃」只用了十年時間,花費 30 億美元。

DNA 存儲著生物體的奧秘,是個非常大的「數據盤」。當克服了存儲和讀取上的難題,也許未來某一天,我們所有的硬碟、U 盤、網盤都可以丟到一邊。用一塊硬幣大小的 DNA,就能存儲我們一生需要的數據了。

參考資料:The New York Times(http://t.cn/RKY9oIG)

頭圖來源:Geenius(http://t.cn/RKY9NvB)

本文由極客公園原創

轉載聯繫 wangxue@geekpark.net

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