MSA 格式轉換：protein MSA to codon-based DNA MSA

之前講了多序列比對的分析步驟，簡單描述了軟體 mafft 的安裝和使用方法。

由於同源序列隨時間的演化，基因的某些位點特別是密碼子第2位和3位，會發生分化。而密碼子具有簡併性，即多個密碼子對應同一個氨基酸，這樣，基於蛋白質序列的多序列比對會更準確一些，並且不會在 MSA 中引入移碼突變（frame shifts）。所以我們常用氨基酸序列進行多序列比對。

而一些分析，如 kaks 分析，用更精確的模型構建系統發育樹，則需要用到核苷酸水平的 MSA。

要求輸入的文件：

蛋白質序列的 MSA

蛋白質序列對應的 cds 序列（即 cds 序列的長度是蛋白質序列的 3 倍，且兩者的 id 號要一致）

pal2nal 的下載與安裝

運行

示例數據下載：

參考文獻：

Mikita Suyama, David Torrents, and Peer Bork (2006)

PAL2NAL: robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments.

Nucleic Acids Res. 34, W609-W612.

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