利用DNA編碼的小分子x蛋白庫發現新的共價激酶抑製劑

大家好，本周推薦的是發表在JACS上的一篇文章：Discovery of a covalent kinase inhibitor from a DNA encoded small-molecule library X protein library selection，通訊作者是來自哈佛大學化學與化學生物學教授David R Liu。

隨著基因組學和蛋白質組學的研究的不斷發展，揭示了越來越多可以用於治療干預的新靶點，但是對於鑒定這些靶點的配體還存在的一定的挑戰，現有的大多數方法需要靶蛋白的純化，對於研究那些溶解性差，易聚集或是結構會受到輔因子影響的蛋白來說並不適用，作者在之前提出了一種名為interaction determination using unpurified proteins (IDUP)的方法，在細胞裂解液中先將DNA連接的抗體與蛋白共孵育後，加入帶有DNA標籤的配體，當配體和靶蛋白結合，會促進3』端(6- to 8-nt)短互補區域的雜交，進而DNA聚合酶可以延長這個區域生成雙鏈產物進而得到靶蛋白和配體的信息，作者在原來驗證已知蛋白和配體的基礎上，進一步將這種方法用於發現新的靶點和配體對，他們將DNA編碼的生物活性小分子和DNA標籤化的人類激酶引入IDUP這個策略，在可能的32096種組合中鑒定靶點配體對，利用富集效率從而計算靶點配體對的結合常數，他們意外地發現利尿酸是MAP2K6激酶的抑製劑，進一步驗證利尿酸通過Michael acceptor只與MAP2K家族中的MAP2K6結合，這個結合發生在第38位非保守的半胱氨酸，並且證明他的結合可以降低MAP2K6的磷酸化。

這個工作進一步驗證了IDUP這個策略用於發現靶點的配體能力。

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