木葉中進入根組織的忍者，雖深的火影信任，只有一人成名其他皆死

在木葉中，除了那些普通的忍者以外，還有一部分忍者隸屬暗部，這是一個非常隱秘的組織，有二代火影建立，主要負責一些特殊的任務，危險係數也是非常高的，平時都隱匿在普通忍者當中，只有執行任務時，才會出現。

暗部本來只隸屬於火影領導，但在三代火影猿飛日斬時，志村團藏為了可以發展自己的力量，並且成為火影，便成立了根組織，只聽命於他一人，並且不受火影的管制。志村團藏甚至有時候為了木葉村的利益，使用一些不人道的手段。

為此火影暗部便會安插一些人進入根組織刺探情報，以確保根組織還在可控制的範圍內，在木葉中就有三個人進入到根組織，只可惜最後只有一人成名，其他人都死亡了。

宇智波止水

他是宇智波鏡的後人，而宇智波鏡和三代火影猿飛日斬是老朋友，都跟隨二代火影修行，深的千手扉間的信任，這是宇智波一族中難得繼承了火之意志的人，而宇智波止水同樣也繼承了火之意志，富有智慧，善於思考，同樣也深的猿飛日斬的信任。更重要的是實力超群，最適合情報工作，但最後因為團藏的貪念所害，失去了一隻寫輪眼，為了不必要的混亂，自己選擇自殺，是一位黑暗中的英雄。

宇智波鼬

宇智波鼬生長的年代，經過了許多次戰爭，看著那些死去的生命，讓他在七歲的時候就已經思考人生的真諦，後來跟著宇智波止水耳濡目染，懂得分清輕重。經過好友宇智波止水的死亡，為了讓自己的弟弟活下去，自己接受了那不平等的條件，親手殺死了自己的宇智波一族的族人，包括父母。也因此成為了一個過街老鼠，人人喊打，但他依舊在黑暗中守護著木葉，即便死後，還解決了兜，破解了穢土轉生的忍術，拯救了無數人。

旗木卡卡西

因為他的父親在人們的指責中死亡，所以卡卡西為了讓自己可以得到別人的認可，就付出了更多的努力，但他的彙報也是值得了。在忍者學校中，成為人人羨慕的天才，甚至在十二歲的時候就晉陞為上忍，還進入暗部，成為木葉第一人。經歷過根組織的洗禮，他又成為了精英老師，指導太子鳴人和佐助以及小櫻，最後在第四次忍者大戰中，指揮能力突出，被木葉高層看重，成為第六代火影！