超級增強子報道（二）

前言

超級增強子是增強子的集合，能驅動與其相關基因的表達，而這些基因能定義細胞的身份。Richard A. Young等人在人類多個細胞中識別出了一系列的超級增強子，發現跟超級增強子相關的基因能控制和定義這些細胞的生物學意義。在腫瘤發病機制中重要的致癌基因和其他基因中發現，癌細胞產生超級增強子。超級增強子在識別人類健康和疾病的細胞中發揮著重要的作用。

1胚胎幹細胞中的轉錄因子

胚胎幹細胞中的多個轉錄因子（Oct4、Sox2、Nanog、Klf4、Esrrb、Nr5a2、Prdm14、Tcfcp2l1、Smad3、Stat3、Tcf3）富集在超級增強子上，在之前的研究中發現這些轉錄因子在胚胎幹細胞中起著十分重要的作用。

1胚胎幹細胞中的轉錄因子

利用全基因組結合數據，在多種mark（H3K27ac、H3K4me1、DNasehypersensitivity、p300）中，發現H3K27ac能更好的識別出超級增強子。所以使用H3K27ac的chip-seq數據，在人類86個細胞和組織中識別了超級增強子。這些超級增強子相關的基因的特徵與其組織的生物學特異性相關，並且大部分能識別各自的細胞和組織類型。

1癌症中的超級增強子

研究者使用H3K27ac的chip-seq數據識別了18個人類癌細胞中的超級增強子，並定義了與其相關的基因。對於癌症中的超級增強子的研究發現，在癌症發病機制中，癌細胞需要在致癌基因上的超級增強子來驅動癌症的發生。癌症特異的超級增強子對於癌細胞來說具有重要的作用。

1識別超級增強子

主要命令為：pythonROSE_main.py -g HG18 -i ./data/HG18_MM1S_MED1.gff -r./data/MM1S_MED1.hg18.bwt.sorted.bam -c ./data/MM1S_WCE.hg18.bwt.sorted.bam -oexample -s 12500 -t 2500

其中：

-g為研究的參考基因組版本

-i為enhancer的gff文件

-r是相關因子的chip-seq的bam文件，且bam文件為sort之後的文件

-c為對照文件，可以選擇是否輸入

-o為輸出文件夾

-s 12500合併12500bp內的峰，默認為12500

-t 2500除去轉錄起始位點2500bp內的區域，默認為，建議採用2500

參考文獻：

1. Whyte, W.A., et al.,Mastertranscription factors and mediator establish super-enhancers at key cellidentity genes.Cell, 2013.153(2):p. 307-19.

2. Loven, J., et al.,Selective inhibition of tumor oncogenes by disruption ofsuper-enhancers.Cell, 2013.153(2):p. 320-34.

3. Hnisz, D.,et al.,Super-enhancers in the control ofcell identity and disease.Cell, 2013.155(4):p. 934-47.

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