COME：區分mRNA和lncRNA 的工具

COME 簡介

在眾多區分mRNA 和lncRNA的工具中，COME (coding potential calculationtool based on multiple features) 算是比較特別的一個了。特點一，用了茫茫多的特徵用於構建預測模型，基本上好用的特徵都用上了。

特點二，利用了表達數據，ChIP-Seq 數據做預測，是其它工具少有的。特點三，在預測效率上，以及運算效率上，比以往工具都有不錯的提升（必須的）。

在人類數據上的表現，COME優於其它幾個分類器特點四（缺點），僅部分模式物種可用：人類（hg19），小鼠（mm10），果蠅（dm3），線蟲（ce10）和擬南芥（TAIR10），且依賴於特定的基因組版本。這實際上是為了高效利用序列保守信息，表達信息而做出的犧牲。

使用COME

環境要求Linux R(>=2.15.2) R包（「randomForest」, 「rhdf5」）軟體安裝與使用

安裝

使用

注意事項1. 用COME前請確認使用的gtf對應的基因組版本與上面描述的一致，否則得出的結果是錯誤的。2. 如果你研究的物種不在COME所包含的範圍內，那麼請選擇其他工具（或者等COME更新~~）。傳送門，所有物種都可用的mRNA – lncRNA 區分工具：參考文獻：[1] HU L, XU Z, HU B, et al. COME: a robust coding potential calculation tool for lncRNA identification and characterization based on multiple features [J]. Nucleic acids research, 2016

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