他本身卓越的軍事才能，四次揮軍南下，皆取得勝利
明太祖朱元璋晚年，寵愛皇太孫朱允炆，並立詔由太孫傳承大統。燕王朱棣表面恭順卻心懷不忿，暗中招兵買馬欲謀大事。君臣父子，如同鴆仇，局勢之險如箭在弦……公元1398年，洪武皇帝駕崩，朱允炆即位，年號「建文」。次年，燕王以「清君側」為借口發動靖難之役，明軍節節敗退。公元1402年，燕軍攻破南京，建文帝在守軍的掩護下愴惶外逃，自此下落不明……
洪武31年，太祖皇帝朱元璋病逝應天(今南京)，傳位皇太子朱允炆，年號建文，一登上帝位這位建文帝便不甘寂寞，害怕諸藩王擁兵自重，威脅皇權，於是與親信大臣齊泰，黃子澄等推出了一系列的削蕃政策，首先襲執周王朱橚(su)，貶為庶人，又拘代王朱桂於大同，囚齊王朱榑於京師，湘王朱柏自焚死。
因為削藩政策搞得諸藩王人人自危，想要奮起反抗卻又沒有正當借口與勇氣，這時候燕 王朱棣預感削藩大刀馬上就要降臨到自己的頭上了，現在不反抗就沒有機會了，但是缺乏借口，這時他的幕僚袁珙提供了一計：「建文帝的削藩運動搞得諸多藩王心生不滿，肯定有佞臣作祟，幫陛下除掉這些人。」於是就有了「清君側」這個借口。於是朱棣集結府兵，打著「清君側」的名義揮軍南下，集合了各藩王的力量，加上他本身卓越的軍事才能，四次揮軍南下，皆取得勝利。
建文三年十二月，朱棣第四次出師南下。這一次出師，他一如既往地發揮著自己高超的戰爭智慧，並取得了最終勝利。在此之前，朱棣的「靖難」策略是穩紮穩打，步步為營，即由北至南，一步步征服天下。但是在山東屢屢被南軍大將鐵鉉和盛庸頑固糾纏後，他發現，爭城爭池的拉鋸戰遠不如輕騎奇襲的效果好。
於是，他決定繞道山東，逼近徐、淮，一路絕不打攻堅之戰，直撲南京而去。建文四年五月二十日，揚州城不戰而降。南京危矣。二十多天後，六月十三日，守金川門的谷王朱橞和李景隆，開門投降，南京淪陷，朱棣勝得一塌糊塗。
這次的勝利怎麼看都不可能，卻偏偏成功了，這是建文帝的失敗，如果不是他太急於求成，等他徹底掌握了力量在進行削蕃也不會出現這回事，也是洪武大帝的失敗，如果不是他把重臣全部砍得砍，貶的貶，他一死，朱允炆無法掌握這股龐大的力量，也就不會出現無人可用，只能在南京城等死了。
朱允炆於 靖難之役後下落不明，時駙馬都尉 梅殷在軍中，從黃彥清之議，為發喪，追謚孝愍皇帝，廟號神宗，壬午以後謚不行。
