不一樣的全長轉錄組

最新 09-29

親愛的小夥伴們，距上次諾禾推出全長轉錄組活動已經long long ago，套用馮大爺的一句話就是：「我可想死你們辣！」。

言歸正傳，新學期，新氣象，此次活動咱們諾禾也是懷著滿滿的誠意而來。活動內容可總結為「一個升級，兩大應用，三重優惠」。「欲知詳情如何，請聽下回…… 」請聽小編下面慢慢道來。

一個升級——差異分析一網打盡

全長轉錄組測序使定量由基因水平提升為轉錄本水平，通過轉錄本定量，研究者發現了一些深層次的有趣現象，比如：

1. 在基因水平上表達量無變化，但轉錄本水平有變化的基因 B；

2. 在基因水平表達量有變化，但轉錄本水平無變化的轉錄本 A.1；

3. 在轉錄本水平表達量有變化，但在其所對應基因的表達量佔比無變化的轉錄本A.3……

為了挖掘這部分未知基因、轉錄本，精確研究遺傳信息自 DNA-RNA-Pro 的傳遞，諾禾致源結合三代與二代數據，將以往的差異分析進行了全方位提升：

升級內容

其中：

差異表達基因：在不同的條件下，表達有顯著性差異的基因。

差異表達轉錄本：在不同的條件下，表達有顯著性差異的轉錄本。

差異可變剪切轉錄本：在不同條件下，轉錄本的表達量占其基因整體表達量的比例有顯著差異的轉錄本。

有沒有暈暈的呢？我們具體辯證一下：

研究意義

1. 深入挖掘轉錄本遺傳信息，分別找尋基因水平、轉錄本水平表達差異的基因；

2. 研究關鍵基因在不同環境、條件、時間下的可變剪切機理；

3. 探討轉錄本和其所在基因二者表達量關係、找尋導致表型的真正原因。

兩大方向——追尋全長轉錄組研究前沿

基於無需拼接，直接將轉錄本從5 到3 完整測出的優勢，全長轉錄組在轉錄組研究中應用日趨廣泛，研究方向日趨多元化。此次諾禾推出全長轉錄組兩大應用方向。

比較轉錄組

通過三代測序技術手段研究物種進化，通過不同物種或亞種間 mRNA 序列差異進而分析近源物種間的親緣關係，挖掘明顯受到正向選擇或負向選擇的基因。

特點：

1. 藉助三代全長轉錄組優勢，無需拼接；

2. 不依賴參考基因組；

3. 適用於複雜基因組物種，如多倍體、高重複、高雜合等物種；

4. 比較轉錄組關注的重點是物種間直系同源基因分析，需要對不同樣本單獨預測CDS，通過 CDS 預測得到直系同源基因，最後進行各樣本間直系同源基因的比較。

特色分析內容：

1. 系統發育樹；

2. 直系同源基因分析；

3. 直系同源基因 Ka/Ks 分析。

代表文獻：

動態轉錄組

轉錄組在不同的時間表達會有差異。選取不同時間節點的樣本分別進行全長轉錄組、二代轉錄組測序，分析轉錄組隨時間的動態變化，追尋遺傳信息表達的變化機理。

特點：

1. 針對有參考基因組物種；

2. 需藉助三代全長無需拼接的優勢，精確鑒別可變剪切類型與多聚腺苷酸化位點；

3. 需全長轉錄組與二代轉錄組數據聯合分析，對轉錄本進行精確定量。

特色分析內容：

1. 基因可變剪切形式的動態變化；

2. 多聚腺苷酸化位點的動態變化；

3. 轉錄本表達量的動態變化。

代表文獻：

三重優惠——惠及於您，祝您科研一臂之力

三重優惠活動

活動時間：

2017年10月1日-2017年12月30日

優惠內容：

分析優惠：享受最前沿全長轉錄組分析條目；

價格優惠：全長轉錄組全部分析五折優惠；

培訓優惠：活動期間回款大於10萬的用戶，贈送一個全長轉錄組生信培訓班名額！

註：活動最終解釋權歸諾禾致源所有

三重優惠——惠及於您，祝您科研一臂之力

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參考文獻：

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[2]Luo Y, Ding N, Shi X,et al. Generation And Comparative Analysis Of Full-Length Transcriptomes In Sweetpotato And Its Putative Ancestor[J].bioRxiv, 2017: 112425.

[3] Kuang Z, Boeke JD, Canzar S. The dynamic landscape of fission yeast meiosis alternative-splice isoforms[J].Genome research, 2017, 27(1): 145-156.

[4] Tombácz D, Balázs Z, Csabai Z,et al. Characterization of the Dynamic Transcriptome of a Herpesvirus with Long-read Single Molecule Real-Time Sequencing[J].Scientific Reports, 2017, 7: 43751.

[5] Nudelman G, Frasca A, Kent B,et al. High resolution annotation of Zebrafish transcriptome using long-read sequencing[J].bioRxiv, 2017: 174821.

三代測序業務線周桂信丨文案

王婷婷丨編輯

配圖來源於網路，侵刪

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