朱元璋如此殘酷，但是聽馬皇后的話，她是如何阻止朱元璋惡行的？
馬皇后不怕朱元璋的壞脾氣，並敢理直氣壯地吹耳邊風。眾所周知，朱元璋不喜歡女人干政，他認為「后妃雖母儀天下，然不可使干政事」，因為「寵之太過，則驕恣犯分，上下失序」，因此還特地命人纂述《女誡》，以示警誡。但馬皇后是個例外。
有一次，馬皇后問朱元璋道：「如今天下老百姓安居樂業了嗎？」朱元璋不高興地回答：「這不是你應該問的。」馬皇后振振有詞地回敬道：「陛下是天下之父，妾辱為天下之母，那麼子民們的安康，為何不能問？」也許正是馬皇后文化水平高，說得又在理，所以朱元璋對她的話大多聽從。
朱元璋脾氣很壞，在殿前開國務辦公會議，動不動就會暴跳如雷，大發脾氣。而發起脾氣來，別人常要掉腦袋。他太過剛愎自用，許多事情不調查，也不研究，盛怒之下就會大開殺戒。馬皇后雖然做了不少教化工作，可就是感化不了他。他是皇帝，可以為所欲為，從不改變他的思考方法和處事原則。對此，馬皇后只能盡最大努力，想著辦法勸他。好在馬皇后的話他還能聽入耳，因此也救了不少性命。
有一次，一名叫郭景祥的封疆大吏鎮守和州，有人揭發說郭景祥的兒子手持長槍要殺父親。朱元璋大怒，當場表示要處死這個逆子。馬皇后說：「郭景祥只有一個兒子，傳言也許不可靠，殺了他的兒子恐怕就斷了郭景祥的後代了。」後來朱元璋派人調查，果然是謠言。
大學士宋濂，明初知名的文人。若非馬皇后巧妙地進諫，只怕他早已捲入冤案，命喪在朱元璋的刀下了。
還有一次，大學士宋濂因為孫慎一案受到牽連。逮捕入獄後，按案情嚴重程度當斬。皇后聞其賢，不忍讓他這樣無辜死去，便對皇帝說：「老百姓家都知道為子孫而寬待老師，以求禮教有始有終，你是天子，豈能沒有這樣的見識和肚量？何況宋濂年紀一大把了，退休在家，肯定是不知情的。」朱元璋正在氣頭上，不聽。過了一會兒，皇后伺候他用餐，但不上酒肉。皇帝問何故。馬皇后說：「我是為宋先生做福事呀。」皇帝聽了心裡一動，惻隱之心頓生，放下筷子飯都不吃了。第二天終於想通了，赦免了宋濂，將其安置到茂州。
另一個關於馬皇后賢德的有名故事，與安徽的大商人沈萬三有關。當時，沈萬三富可敵國，有「財神爺」之稱。朱元璋看他有錢，就想詐他一筆，讓他為建造南京城牆出點銀子。沈萬三財大氣粗，竟把城牆工程費用的三分之一包下來。後來，沈萬三意猶未盡，或是想拍朱皇帝的馬屁，又主動提出為朝廷犒軍。沒想到馬屁拍到馬腿上，朱元璋一聽大怒：「小小匹夫竟想犒勞天子的軍隊，賊心不小，亂民呀，該殺!」馬皇后覺得不妥，一個勢利商人，只是有些不知天高地厚罷了，罪不至死。所以就勸道：「妾聞法者，誅不法也，非以誅不祥。民富敵國，民自不祥。不祥之民，天將災之，陛下何誅焉！」皇帝一聽，有理，便改變想法，把這個倒霉的商人發配到山高水遠的雲南去了。
馬皇后身為女知識分子，除了仁慈寬厚之外，還有更深刻的一面。明朝將領攻克了元朝的首都後，把繳獲的金寶美玉送回南京。朱元璋看到這些寶物喜形於色，馬皇后卻在一邊潑涼水：「元朝有這些財寶卻不能保住國家，我想，大概真正的帝王們另有其他寶物吧？」朱元璋一愣，沉思片刻，說：「我懂了，皇后的意思是人才是寶。」馬皇后接著說：「陛下說得對。
我與陛下從貧賤出身而能有今天，我常擔心驕橫縱恣由奢侈而生，國家危亡皆細小之處而起，所以希望廣召人才以共同治理天下。」馬皇后接著又說：「法屢更必弊，法弊則奸生；民數擾必困，民困則亂生。」皇帝一聽，真是至理名言呀，馬上叫來女史錄入史冊。
在她生命的最後關頭，她還是進諫不止。洪武十五年（1382年）八月，馬皇后得了重病，卧床不起。皇后知道朱元璋的壞脾氣，害怕治不好而連累醫生，竟堅持不肯服藥。彌留之際，朱元璋問她還有什麼話講。她說：「願陛下求賢納諫，慎終如始，子孫皆賢，臣民得所而已。」
史書上還說，馬皇后出殯那天，南京百姓幾乎傾城而出，自發為她送葬。時值盛夏，史載那天忽然電閃雷鳴，下了一場瓢潑大雨，那扶老攜幼的萬千百姓在大雨中慟哭，竟然沒有一個回家躲雨的。
然而，自從馬皇后死了以後，朱元璋愈加孤獨，脾氣也越來越暴躁，打大臣的屁股更頻繁了，大臣們的腦袋也更容易掉了。那些倒霉的大臣宮女妃嬪，恐怕比朱元璋更加想念馬皇后。
馬氏作為一個平凡女子，生在亂世，有膽有識，在艱難逆境中幫助朱元璋成就大業；在大富大貴時，不奢不驕，始終不忘民間疾苦，不改勤儉本色，並用自己的言行來規勸、影響皇帝朱元璋，做出極不平凡的業績。馬皇后對後世影響極大，明、清諸後乃至命婦民婦皆以其為楷模，爭相仿效。
