未來個體基因組數據存儲空間不夠怎麼辦？這家以色列企業有妙招

人類基因測繪圖。（圖片來源：YouTube視頻截圖）

本文轉載自「以色列時報」。

人類基因組圖譜已繪製完成，不過多數個體的基因組還沒有被繪製出來，至少迄今還未完成。但個體基因組圖譜一旦完成，世界將面臨一個問題：如今全球的計算機系統完全沒有足夠的空間來存儲這些數據。

「僅基因組數據的體積問題便是基因組學真正普及至全球的關鍵障礙之一。」總部位於佩塔提克瓦的Geneformics企業CEO拉斐爾?菲特伯格（Rafael Feitelberg）說道。測序後的人類基因組原始數據大小可能為200到300千兆位元組，而分析後的基因組數據卻可能占整整一太位元組。「如果你想建立基因庫，僅數據體積就會是非常非常棘手的障礙。」

同時菲特伯格表示，Geneformics的作用「完全是提供工具和基礎設施，可使基因組數據經壓縮後更容易被獲得」。

繪製人類基因組圖譜的關鍵不僅在於了解基因之間通常如何相互作用，還要能夠將繪圖技術應用在個體當中。例如，繪製出可供個人使用的基因圖譜後，個性化醫療或將迎來欣欣向榮的時代。醫生或將可以為患者研製個性化藥物，確保藥物在無任何副作用的情況下有針對性地解決問題。

Geneformics目前的客戶為兩大全球基因測序機構——總部位於馬薩諸塞州的WuXi NextCode和位於悉尼的加文醫學研究所（Garvan Institute of Medical Research）。

數據壓縮過程中的一個問題是：數據被解壓後會發生什麼。「數據壓縮應該是以無損、透明的方式進行數據隱藏。」菲爾伯格表示，「從壓縮和解壓角度來講，我們有能力以很高的速度解壓數據，且實際上能夠以無損的形式將數據傳輸回所有程序中。這就使解壓後的數據可位對位地與未經壓縮的原始文件呈現相同結果。」

Geneformics最初以魏茨曼科學研究院計算生物學家伊蘭?西格爾（Eran Segal）的數據壓縮產品為基礎。2014年西格爾和職業技術人員及Geneformics現任技術官艾瑞克?克賽特（Arik Keshet）聯合創辦了該公司。

該公司目前的資金來源為其總裁多夫?摩倫（Dov Moran）等投資者，而摩倫發明的DiskOnKey被普遍認為是世界上首個USB快閃記憶體盤。創業數據平台Crunchbase稱，摩倫與兩大私人股本公司已向Geneformics注資約285萬美元。

Geneformics最近公布了其首個完全基於雲計算的新產品——Geneformics D。

克賽特表示新產品的操作原理仍是商業機密。」這是個新興行業，迄今還沒有真正的壓縮標準。人們也還沒有自己基因組的JPEG或MPEG格式等效圖。」他表示。

「我們希望最後能在時機成熟之時建立標準。那時我們將會擁有影響數據存儲空間的技術、（知識產權）以及市場影響力。」

菲爾伯格稱，該公司認為保存數據十分重要。「我們可以通過壓縮數據將其所佔內存空間減少90%之多。此外，我們會完成基因組資料庫的粒級智能化分層，那時我們甚至可以節省更多內存空間。」他補充道。

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