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OneShinelong-noncodingRNA過表達細胞文庫 積跬步至千里

CRISPR技術,在當今業內可謂是「爆款」,眾多技術達人紛紛投入研究CRISPR技術,然而出成果的極少,難道是CRISPR技術之路如此坎坷,竟是無數英雄折戟?不是的,不是沒有成果,只是被人所忽略,正如「西瓜」、「芝麻」,眼中儘是「西瓜」,怎會去關注「芝麻」呢?然而,CRISPR技術之路確實前景廣闊,但也不是儘是「西瓜」,從小處積累,也是有必要的!

看OneShine CRISPR/Cas9 long noncoding RNA 過表達細胞文庫積跬步:

此系統包括lentiSAMv2質粒和lenti MS2-P65-HSF1_Hygro質粒。lentiSAMv2質粒如圖一所示,其中,eSpcas9(1.1)也叫做dCas9,是將Cas9酶切位點突變後形成的,它只具有結合基因組和sgRNA的能力,而不具備切割DNA的能力。lentiSAMv2質粒是經過改造的gRNA質粒,在sgRNA後面加入了19個鹼基(MS2 binding site)。這19個鹼基經過轉錄後形成一個具有莖環結構的RNA,此RNA能特異性地與MS2蛋白結合。而在另一個載體上,MS2蛋白已經與P65、HSF1蛋白融合。其中,P65、HSF1是兩個轉錄因子。因此,當兩個載體同時進入同一個細胞後,lentiSAMv2質粒表達「sgRNA- MS2 binding site「融合RNA及dCas9蛋白,lenti MS2-P65-HSF1_Hygro載體表達MS2-P65-HSF1。在dCas9作用下,則形成「基因組DNA-dCas9-sgRNA-MS2 binding site-MS2- P65-HSF1」這一超級複合體。當sgRNA為轉錄起始位點時,此超級複合體定位於轉錄起始位點,由於P65、HSF1可以募集更多轉錄因子,因此可啟動轉錄,從而激活轉錄起始位點後面的基因表達。

將合成的9萬多個long noncoding RNA轉錄起始位點的sgRNA(對應1萬多個lncRNA),分別載入lentiSAMv2質粒中,再把此9萬多個質粒混合起來,形成文庫。並且將此文庫整合到了細胞中,一個125c㎡細胞培養瓶中含有約10^8個細胞,每個細胞被激活一個lncRNA,共約1萬個lncRNA被激活,所以含有每個特定基因缺陷的細胞約有10000個(10^8/1萬)。

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【應用舉例:細胞凋亡相關long noncoding RNA篩選】

取細胞文庫進行擴增,然後平均分成兩份,每一份包含10^8個細胞,每個細胞被激活了一個long noncoding RNA,共約1萬個lncRNA被激活,所以含有每個特定激活lncRNA的細胞約有10000個(10^8/1萬)。向其中一份細胞中加入放線菌素D、誘導細胞凋亡(A組),在另一份細胞中加入溶劑、作為對照(B組)。A組用流式細胞儀篩選出凋亡細胞A1、未凋亡細胞A2。B組用流式細胞儀篩選出凋亡細胞B1、未凋亡細胞B2。分別對A1、A2、B1、B2進行短測序,檢測哪些lncRNA被激活了。A2中被激活的lncRNA即為能抵抗凋亡的lncRNA,B1中被激活的即為能誘導凋亡的lncRNA。其它應用:

(1)新葯靶點確定與驗證

(2)環狀RNA上游調控機制分析、下游調控機理分析

(3)Long noncoding RNA作用機制驗證

(4)脂肪代謝機制研究

(5)幹細胞自我更新、不對稱性分裂機制等。

回顧CRISPR技術發展之路,也是起始於微末,正是不斷積累,造就CRISPR技術在業內現在的地位。CRISPRJ技術之路在何方?其實就在腳下,得靠我們自己一步步去走。而且在CRISPR技術這條寬闊大道上,不乏眾多志同道合之士,我們當共同勉勵,讓CRISPR技術之路更加寬闊!

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