深度影響腫瘤免疫療法，腸道菌群再上Science封面

今天是第625期日報。

Science：腫瘤免疫治療，基於菌群的精準醫療時代來臨

Science

[IF:37.205]

① 臨床前動物模型中，細菌可調節化療及免疫療法的抗癌效果，近期研究關注人體腸道菌群對抗癌藥物的影響；② PD-1單抗對於肺癌、腎癌等上皮細胞腫瘤的療效受腸道菌群影響，抗生素顯著降低患者的平均生存期，Akk菌可能改善PD-1單抗的療效；③ PD-1單抗治療黑色素瘤的效果與腸道菌群組成相關，柔嫩梭菌丰度較高的患者無進展生存期較長；④ PD-1單抗治療轉移性黑色素瘤的效果與腸道菌群相關，長雙歧桿菌、產氣柯林斯菌和屎腸球菌的丰度影響療效。

Precision medicine using microbiota

2018-01-05 DOI: 10.1126/science.aar2946

Science：患者腸道菌群構成，顯著影響抗PD-1療法的效果！

Science

[IF:37.205]

① 用16S測序、宏基因組測序、定量PCR的綜合方法，分析了42名轉移性黑色素瘤患者的糞菌構成；② 患者的菌群構成和抗PD-1免疫療法的效果之間存在顯著關聯，在對療法響應較好的患者菌群中，鑒定出長雙歧桿菌、產氣柯林斯菌和屎腸球菌等丰度較高；③ 給無菌小鼠移植這些患者的糞菌，可明顯改善腫瘤控制、增強T細胞應答，獲得更好的抗PD-1療效；④ 菌群構成可影響癌症患者的抗腫瘤免疫，也可作為預測患者能否響應免疫檢查點阻斷療法的生物標誌物。

The commensal microbiome is associated with anti–PD-1 efficacy in metastatic melanoma patients

2018-01-05 DOI: 10.1126/science.aao3290

Science：腸道菌給力，腫瘤免疫療法實現PFS成倍增加！

Science

[IF:37.205]

① 分析112名接受抗PD-1免疫抑製劑治療的黑色素瘤患者的口腔和腸道菌群，緩解（R）與非緩解（NR）組的腸道菌群顯著不同；② 平均無進展生存期（PFS）：R-232天，NR-188天；③ 對其中43名患者（30R，13NR），R患者的瘤胃菌科細菌的α多樣性和相對丰度顯著較高，腸道細菌的功能顯著不同；④ 柔嫩梭菌（瘤胃菌科）丰度最高組，PFS達393天，擬桿菌丰度最高組，PFS僅188天；⑤ R患者的全身和抗腫瘤免疫均增強，且將糞菌移植到無菌小鼠也確認類似情形。

Gut microbiome modulates response to anti–PD-1 immunotherapy in melanoma patients

2017-11-02 DOI: 10.1126/science.aan4236

Science：抗PD-1抑製劑+腸道Akk菌↑，腫瘤生存期升84%！

Science

[IF:37.205]

① 分析249名患肺癌、腎癌等腫瘤並接受抗PD-1免疫抑製劑治療的患者，69名同時接受廣譜抗生素（ATB）；② ATB患者平均總生存期為8.3個月，遠遠低於非ATB患者的15.3個月；③ 患者體內Akkermansia muciniphila（Akk菌）的相對丰度與對免疫檢查點抑製劑（ICI）的響應顯著相關；④ 將對ICI響應患者的糞菌移植給無菌小鼠，可以改善PD-1抑製劑對小鼠腫瘤的效果；⑤ 將對ICI不響應患者糞菌移植給無菌小鼠，後者口服Akk菌後，能恢復對PD-1抑製劑的響應。

Gut microbiome influences efficacy of PD-1–based immunotherapy against epithelial tumors

2017-11-02 DOI: 10.1126/science.aan3706

Science：腸道中的ILC2可遷移至肺部，幫助宿主抵抗寄生蟲

Science

[IF:37.205]

① 炎症性2型天然淋巴細胞（iILC2）可由IL-25或寄生蟲誘導產生，為循環細胞，來源於腸道固有層中的靜息態ILC2；② ILC2的遷移依賴於1-磷酸鞘氨醇（S1P）介導的趨化反應，後者促進ILC2進入淋巴管，並通過血液循環在積累於外周組織（包括肺部）中；③ 由腸道進入肺部的iILC2與在肺部定居的nILC2不同，iILC2可促進抗寄生蟲防禦及組織修復；④ ILC2的擴增與遷移與抗原引起的適應性免疫反應中的淋巴細胞增殖與遷移相似，提示ILC是適應性免疫的補充。

S1P-dependent interorgan trafficking of group 2 innate lymphoid cells supports host defense

2018-01-05 DOI: 10.1126/science.aam5809

Science：肺炎可能起源於腸道？

Science

[IF:37.205]

① 天然淋巴細胞（ILC），參與機體的穩態和哮喘等病理過程；② Huang等證實，IL-25誘導ILC2從腸道遷移至肺部，即通過ILC2的腸-肺募集軸參與「2型免疫」；③ 炎症性（iILC2）通過淋巴系統循環入血，可通過淋巴-上皮屏障；④ iILC2和nILC2在肺內發揮不同的作用，iILC2由腸道募集於肺參與快速和一過性2型免疫，而nILC2主要常駐於組織，對病毒感染進行應答；⑤ 1-磷酸鞘氨醇（S1P）受體S1P1抑製劑ozanimod可用於慢性炎症性肺疾病，如哮喘、COPD等。

Lung inflammation originating in the gut

2018-01-05 DOI: 10.1126/science.aar4301

FI：腸道菌群產生的丙酸或在自閉症中有潛在作用

Frontiers in Immunology

[IF:6.429]

① 自閉症患者的淋巴母細胞系（LCL）存在線粒體功能障礙（AD-A）和正常（AD-N）兩個類群；② 丙酸對健康人LCL及患者的AD-N型LCL的免疫基因表達影響甚微；③ 丙酸可顯著激活自閉症患者的AD-A型LCL的免疫相關基因，更多類型和數量的免疫相關基因的表達發生改變，特別是人白細胞抗原和免疫球蛋白的表達顯著上調；④ 儘管細胞實驗有劑量效應、組織特異性等問題，該結果提示腸道菌代謝產物可激活代謝異常的LCL的非典型免疫反應。

Modulation of immunological pathways in lymphoblastoid cell lines by the enteric microbiome metabolite propionic acid

2017-12-22 DOI: 10.3389/fimmu.2017.01670

CR：免疫因素通過影響病原體以改變宿主的菌群組成

Cell Reports

[IF:8.282]

① 分析環境因素在適應性免疫缺陷小鼠（Rag2-/-）和Nlrp6缺陷小鼠（一種參與調節菌群組成的免疫感測器）中對菌群形成的影響；② 在常規飼養的Nlrp6-/-小鼠中，家族性傳播對菌群組成有顯著影響；③ SPF條件下，野生型、Nlrp6-/-和Rag2-/-小鼠有相似的菌群；④ 宿主免疫對菌群的影響可通過引入病原體來檢測，基因型、環境因素和生態因素共同影響菌群定殖；⑤ Nlrp6以及適應性免疫對菌群組成的影響依賴於群落結構，且主要影響病原體而非共生菌群。

Shaping of Intestinal Microbiota in Nlrp6- and Rag2-Deficient Mice Depends on Community Structure

2017-12-26 DOI: 10.1016/j.celrep.2017.12.027

Microbiome：飼料中添加丁酸鈉改善魚類的腸道菌群及抗病能力

Microbiome

[IF:8.496]

① 低（0.8%）植物飼料添加飼養的真骨魚，在細菌感染後可倖存下來；② 而高植物飼料添加可增加寄生蟲感染水平，降低生長狀況和腸道菌群多樣性，誘導發光細菌屬佔優勢菌，改變腸道黏膜蛋白質組成並影響腸道功能；③ 在高植物飼料中添加0.4%丁酸鈉，可稍微降低真骨魚細菌感染後的累積死亡率，避免寄生蟲寄生後的生長遲緩現象，腸道菌群多樣性和產丁酸菌增加，並逆轉植物飼料引起的腸道蛋白質組成的變化；④ 結果可為魚類飼料添加方案提供參考。

Under control: how a dietary additive can restore the gut microbiome and proteomic profile, and improve disease resilience in a marine teleostean fish fed vegetable diets

Nature子刊：多種方法助菌群因果性研究

Nature Microbiology

[IF:N/A]

① 高通量方法可分析腸道菌群與宿主生理和疾病的相關性，但仍需其它方法來明確機制；② Surana等採用菌群-表型三角剖分的新方法鑒定因果性微生物；③ 已開發交叉菌群培養、生物信息學等方法鑒定導致特定表型的功能性微生物、分析控制關鍵過程的代謝產物；④ 很多表型可能涉及多種菌的共同作用，目前尚無充分有效的培養方法和篩選微生物組合的能力；⑤ 將來可進行功能缺失性實驗，選擇性清除微生物或抑制其產物，有助於鑒定引起特定表型的微生物。

Assigning function to symbionts

Nature：新方法，促進菌群研究從相關到因果！

Nature

[IF:40.137]

① 在結腸炎小鼠模型中定殖不同菌群，生存狀況各異，共飼養讓菌群有交流，小鼠展現出結腸炎中度敏感性；② 利用「微生物-表型三角剖分法」，發現毛螺菌科可防止疾病，通過定向微生物培養技術，明確Clostridium immunis阻止結腸炎傾向性小鼠死亡；③ 該方法具有普適性，利用它成功鑒定幾種誘導一種腸道抗菌肽表達的共生菌；④ 對完全不同的表型，該方法將相關性微生物組分析「升格」為因果性微生物鑒定，預計可在人類微生物組研究中被廣泛應用。

Moving beyond microbiome-wide associations to causal microbe identification

2017-12-06 DOI: 10.1038/nature25019

感謝本期日報的創作者：沈志勛，mildbreeze，熱心腸先生，花開，小腸君，女巫，this little piggy

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