基因測序在印度發現HIV變異株的基因組

HIV變異毒株

本研究採用新一代測序法，分離出一種被稱為HIV進化分支C亞型的接近全部HIV病毒的基因組。

人類免疫缺陷病毒（HIV）由於其複雜性而繼續吸引科學家關注。來自印度，英國和西班牙的科學家小組已經從南印度裔患者身上分離出一種被稱為HIV進化分支C亞型的接近全部HIV病毒的基因組。

由於艾滋病毒呈現出巨大的遺傳多樣性，病毒經常發生基因組變化，每種新變異的治療反應都不相同。因此，檢查整個病毒基因組可以為理解感染動態和追蹤不同毒株的進化歷史提供新的線索。為此，研究人員調整了現有的分離和測序病毒基因組的方法。

研究人員首先從20名患者的血液中分離出病毒。但是，與先前擴增病毒RNA的四個重疊片段的方法不同，科學家們選擇了六個重疊的RNA片段進行測序。這個調整是為了確保HIV分支C數據採集的良好性。它還有助於提高突出病毒基因env和gag的效率和覆蓋率。一旦準備好這些片段的多個拷貝，用Illumina測序儀解碼刻在不同RNA切片中的遺傳密碼。接下來，通過參考病毒基因組資料庫中記錄的現有HIV進化分支C基因組，以正確的順序排列片段。

通過這種方式，科學家們可以生成九個接近全長的病毒基因組序列。在其餘的樣品中，在突出的病毒基因如gag和env中獲得了良好的序列恢復。系統發育分析顯示18例病毒屬於艾滋病病毒C亞型；一個屬於AIC型，另一個類似於B型。這表明A和B型的小分支在人群中也是普遍的，這必定引起了重組AIC形式。

印度維爾康姆信託基金（印度）的印度病毒學家兼首席執行官Shahid Jameel博士說：「HIV-1基因組進入分支的分類是基於幾個因素，一個重要的因素是病毒的地理來源。在印度和南非，C亞型類特別猖獗。」

「自20世紀90年代初以來，印度佔優勢的是C型HIV-1病毒。本研究採用新一代測序法獲得近全長序列，以得出相同的結果。從這個意義上講，新鮮事物並不多見，「Jameel博士補充說。

研究人員還追溯變種的進化起源。他們比較了分離的基因組序列與基因組資料庫記錄的相似之處。印度進化分支C亞型被發現與非洲譜系密切相關，而重組形式被認為是自發發生的。

這些發現可能對疾病控制有影響。這項研究得出結論：「雖然擴增技術的進一步改進可以更準確地描述特定地理區域的分子流行病學趨勢和方向。」

這項研究最近發表在《PLoS One》雜誌上。

原 文 出 處

Decoding genome of HIV variant found in India

感謝閱讀，分享給朋友

版權聲明

本文系HIVnews公眾平台文章，請使用「分享圖文」分享本文，未獲得作者授權禁止一切轉載行為，轉載請聯繫公眾平台獲取授權，如有發現擅自轉載，一律舉報並追究法律責任。

喜歡這篇文章嗎？立刻分享出去讓更多人知道吧！