納尼？喝不同的飲用水，長不同的腸道細菌？

今天是第628期日報。

WR：不同飲用水造成小鼠腸道菌群各異

Water Research

[IF:6.942]

① 小鼠分為四組，在控制其他飲食相同的基礎上，對照組給予高壓滅菌自來水（ATW），其他三組分別給予從飲用水處理廠採集的水（DWTP）、自來水（TW）和商業化的瓶裝礦泉水（BMW）；② 不同小組的組間差異非常明顯，ATW組展現出最小的組內差異和與其餘各組的最大差別；③ TW組的糞便樣本，以及ATW和TW組的黏膜樣本中，不動桿菌屬和葡萄球菌屬增加；④ 飲用水是影響腸道菌群的因素，且不同飲用水有可能與腸道中耐藥性細菌的產生有一定關係。

Changes in mouse gut bacterial community in response to different types of drinking water

2017-12-29 DOI: 10.1016/j.watres.2017.12.052

Cell：植食性甲蟲將果膠代謝「外包」給共生細菌

Cell

[IF:30.410]

① 果膠為植物細胞壁的主要成分，動物酶難以消化；② 新發現的Stammera菌屬於變形菌門，是龜甲蟲的共生體，具有最小的細胞外細菌基因組，可代謝果膠中的同聚半乳糖醛酸和鼠李糖半乳糖醛酸聚糖I；③ 甲蟲體內的特殊結構為共生體提供場所並確保將其傳給後代，該共生體的存在或使宿主無需維持內源性果膠酶，而脫共生導致宿主難以降解果膠，生存率降低；④ 共生體為其植食性甲蟲宿主提供重要的酶來分解食物中的果膠，是共生與進化適應的經典案例。

Drastic Genome Reduction in an Herbivore"s Pectinolytic Symbiont

2017-12-14 DOI: 10.1016/j.cell.2017.10.029

Nature子刊：IBD患者的菌群差異，或更多在轉錄組層面

Nature Microbiology

[IF:N/A]

① 從59名克羅恩病患者、34名潰瘍性結腸炎患者及24名非IBD患者中，獲取糞便宏基因組及宏轉錄組數據；② 在轉錄活性上，鑒定出了一些物種特異性的偏差，提示每個宿主體內的某個通路的轉錄可能由單種細菌主導（例如柔嫩梭菌群）；③ 這些物種的基因組丰度並不突出，但丟失這些關鍵物種可能對宿主健康有較大的影響；④ 並鑒定出一些基因組丰度較高，但轉錄活性較低的物種（例如Dialister invisus）；⑤ 疾病特異性菌群特徵更多地存在於轉錄水平。

Dynamics of metatranscription in theinflammatory bowel disease gut microbiome

JNB：利用腸道菌群調節心血管功能及疾病（綜述）

Journal of Nutritional Biochemistry

[IF:4.518]

① 腸道菌群失調改變短鏈脂肪酸生成，並通過黃素單加氧酶增加N-氧化三甲胺（TMAO）的生成，促進腸道通透性及脂多糖（LPS）與肽聚糖（TG）的易位；② LPS與TG分別通過TLR4受體及NOD蛋白引起炎症反應；③ 腸道菌群失調通過法尼醇X受體（FXR）及G蛋白偶聯膽汁酸受體（TGR5）影響膽汁酸信號；④ 上述過程引起的氧化應激及炎症反應可能促進心血管疾病的發展；⑤ 無菌小鼠、抗生素、糞菌移植、益生菌/元等被用於研究腸道菌群在心血管疾病中的作用。

The Gut Microbiota as a Novel Regulator of Cardiovascular Function and Disease

2017-12-27 DOI: 10.1016/j.jnutbio.2017.12.010

CB：群體感應研究的新進展

Current Biology

[IF:8.851]

以水生動物依賴共生微生物發光的現象作為切入點，介紹了群體感應現象（QS）的研究成果和前沿，探討其在腸道菌群研究、疾病治療領域的運用前景：① 夏威夷短尾魷魚篩選發光共生細菌的機制，有助於研究細菌-宿主、同種細菌間共生協作現象；② 生物被膜是QS發生的典型環境，組學研究技術可為研究生物膜相關菌群及QS提供助力；③ QS自誘導物影響腸道菌群組成，提示QS有助於腸道菌群研究；④ 對QS的研究有望開發無毒、低耐藥性療法。

Shining new light on quorum sensing

2017-12-18 DOI: 10.1016/j.cub.2017.11.068

Obesity：肥胖及黑棘皮症患者的腸道菌群變化

Obesity

[IF:3.873]

① 超重及肥胖者的血糖控制、脂質、炎症標記物均顯著改變，黑棘皮症（AN）患者的代謝狀態更差，且腸道菌群多樣性降低；② 肥胖患者與健康人的腸道菌群完全不同，肥胖者體內的有益細菌（包括擬桿菌屬、產丁酸鹽疣微菌科）顯著減少，芽孢桿菌屬、條件致病菌（包括梭桿菌屬埃希氏桿菌屬-志賀氏菌屬）顯著增加；③ 脂多糖生物合成蛋白、細菌入侵上皮細胞的相關基因上調，葡萄糖、氨基酸相關基因下調。

Dysbiosis Signatures of Gut Microbiota Along the Sequence from Healthy, Young Patients to Those with Overweight and Obesity

2017-12-27 DOI: 10.1002/oby.22088

CB：在海豚口腔菌群中發現的新門類

Current Biology

[IF:8.851]

① 對特殊或極端環境下微生物多樣性的研究不斷刷新我們對微生物多樣性的認識；② 最近一項對海豚牙齦菌群的研究中，作者在門水平上鑒定得到了兩個新的微生物類群，Candidatus Fertabacteria和Candidatus Delphibacteria；③ 前者屬於CPR（Candidate Phyla Radiation）類中的一員，後者則屬於FCB（Fibrobacteres–Chlorobi–Bacteroidetes）總門的一員；④ 宏基因組的方法為研究取得成功提供了有力保障。

Microbial Biodiversity: Straight from the Dolphin"s Mouth

2017-12-18 DOI: 10.1016/j.cub.2017.10.068

Nature Reviews：地球微生物組計劃或只捕捉到極有限微生物多樣性

Nature Reviews Microbiology

[IF:26.819]

① 地球上或存在超過1萬億種細菌、古菌及真菌，地球微生物組計劃（EMP）正在嘗試對其進行多樣性研究；② Thompson等利用16S測序發表了EMP首批成果，目前可獲基因信息的微生物占所有子類的比例不到15%，樣本與實際多樣性存明顯差距；③ 同時對於群落結構廣義生態模式的研究也受到DNA樣本及復原技術的限制，導致極端生境類群等研究領域的空缺；④ 基因組測序等技術的應用將有助於EMP項目對微生物基因及群落多樣性與其表徵價值進行更多研究發現。

Genome watch: Microbial diversity knows no borders

2018-01-02 DOI: 10.1038/nrmicro.2017.166

感謝本期日報的創作者：楊展，花開，沈志勛，小腸君，gaoch，洋

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