eLife再次公布頂級熱點論文可重複性報告
去年1月19日，eLife雜誌在線出版了5篇重複過去腫瘤生物學領域重要研究論文的報告，這些研究直指過去幾年裡腫瘤生物學領域廣受矚目的部分研究成果的可重複性非常差。5項重複試驗中，只有1篇文章的重複性稍微好一些，儘管很多地方也不算盡如人意；而其它4篇文章的腫瘤相關實驗可重複性極差，幾乎可以判定，那些所謂新開發的藥物或者新鑒定到的靶點並沒有起到很明顯的作用。儘管這些文章在發表之時曾引起一時轟動，受到很多製藥公司的關注，但重複結果令人沮喪，
近日，eLife又發布2篇重複論文的研究報告，加上去年6月份的兩篇報告，目前eLife一共發布了9篇可重複性報告，BioArt去年1月份報道了其中5篇，詳見BioArt此前的報道：eLife震撼推出5篇論文直指頂級研究可重複性差丨BioArt觀察。
近日，BioArt整理另外四篇重複性報告如下：
四篇重複性報告的截圖
第一篇論文：（論文2010年發表於Cancer Cell雜誌，通訊作者為賓夕法尼亞大學的Craig B.Thompson）
2010年的這篇論文是一篇重要的研究論文，谷歌學術顯示被引次數超過1100次，是腫瘤代謝近年來的經典論文之一。該研究主要發現，與白血病相關聯的異檸檬酸脫氫酶IDH1和IDH2突變的共同特徵是改變了將α-酮戊二酸轉化為2-羥基戊二酸的酶活性。eLife的重複性報告表明，Craig Thompson領導的這項研究具有很好的重複性，許多關鍵性的實驗都能夠很好的重複（「These results are similar to those reported in the original study 」），例如R172K突變體IDH2的表達能夠增強α-酮戊二酸依賴性NADPH消耗；R172K突變體IDH2的表達導致細胞內2-HG水平增加；突變IDH1或IDH2狀態的樣本中觀察到的2-HG水平高於沒有IDH突變的樣本中觀察到的水平等。
第二篇論文：（論文2011年發表於Nature雜誌，由劍橋大學Tony Kouzarides等領導完成，目前谷歌學術顯示該論文被引次數超過800次）
2011年的這篇Nature論文主要報道了抑制BET家族蛋白（主要識別醯化修飾）招募到染色質可以作為一個治療MLL（mixed lineage leukaemia ）融合白血病有效策略。該研究證明了BET家族的一種新型小分子抑製劑GSK1210151A（I-BET151）能夠通過誘導早期細胞周期停滯和細胞凋亡，對人和小鼠MLL融合白血病細胞系具有較好的功效。來自eLife的重複性報告表明，Nature發表的這項研究具有一定的可重複性，特別是使用小分子抑製劑I-BET151對於MLL-融合白血病細胞生長抑制的效果。然而，在異種移植MLL小鼠模型中測試I-BET151功效時，研究人員並沒有發現統計學上的顯著存活差異，而Nature的研究報道中使用I-BET151處理的MLL小鼠的存活期顯著增加。
第三篇論文：（2012年發表在Nature雜誌上，哈佛醫學院Cyril H. Benes等領導該項研究，目前該論文谷歌學術顯示被引次數超過1100次）
2012年的這篇Nature論文主要報道了通過臨床和臨床前研究的130多種藥物對數百個癌細胞系進行篩選，發現了對癌症治療敏感的新生物標誌物。發現了Ewing"S肉瘤細胞（存在FLI1基因易位）時對PARP的抑製劑的敏感性顯著增加。然而來自eLife的重複性報告顯示，Ewing肉瘤細胞系總體上比PARP抑製劑olaparib對骨肉瘤細胞系更敏感，但沒有統計學意義。
第四篇論文：（2012年發表在Cell雜誌上，該論文由Whitehead生物醫學研究院Richard Young領導完成，目前該論文谷歌學術顯示被引次數超過700次）
2012年的這篇Cell論文主要報道了癌基因c-Myc在腫瘤細胞中高表達對整體基因轉錄調控的影響過程是通過一種「放大器」效應而非單一的靶向調控實現的，對c-Myc的致癌性做出了新的解釋（值得注意的是，除Richard Young的論文外，當時Cell還背靠背發表了另一篇相似結果的論文，NCI的David Levens與NHLBI的趙可吉合作完成）。eLife的重複性報告中發現，研究人員能夠重複部分Cell中的數據，例如統計學上的差異問題，另外和Cell中報道的c-Myc升高對沉默基因沒有影響不同，重複性報告中發現c-Myc誘導後處於激活狀態和沉默狀態的基因的基因表達的統計學都顯著增加，只是與沉默狀態的基因相比，激活基因的基因表達變化更大。
總結：總的來說，上述四份重複性報告比前一批的5篇報告中表現出的可重複性度要好得多，除了藥物敏感性的那篇Nature論文的重複性不太好之外，另外三篇的實驗結果整體上是可信的。對於後續eLife發布的重複性報告，BioArt將持續關注。
背景介紹：
2013年，一位名叫Elizabeth Iorns的80後女性腫瘤生物學家（University of Miami Miller School of Medicine助理教授）發起了一項「癌症生物領域重複性工程」（Reproducibility Project: Cancer Biology），該工程旨在挑選出2010年至2012年間50篇高影響力的腫瘤生物學相關研究論文，驗證這些論文的可重複性（目前由於資金的原因，50篇論文縮減到30篇）。該項工程主要由Elizabeth Iorns創辦的Science Exchange （一個科學實驗外包平台）聯合Center for Open Science（科學開放中心）完成。
2015年，Science雜誌以「The Cancer Test」為題專文報道了「癌症生物領域重複性工程」的由來和設立的背景，其中特別提到一個主要原因可能是因為一些製藥公司巨頭在重複CNS等頂級雜誌中發表的腫瘤相關論文時發現可重複性非常低（Amgen公司的數據表明，53篇頂級腫瘤研究論文只有6篇可以重複；Bayer公司的數據表明有79%的重複失敗率）。由於公司和相關實驗室簽訂了保密協議而不能公布他們無法重複的研究，這使得公司顯得很被動。
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