PNAS：大數據挖掘在植物表觀遺傳組學中的應用

近年隨著測序技術的不斷完善，生物領域積累了大量基因組、轉錄組、表觀組學數據。怎樣有效利用這些數據挖掘生物學新知識，是研究工作者在大數據時代面臨的挑戰。2018年1月17日，南方科技大學翟繼先團隊、福建農林大學王海峰團隊與美國加州大學洛杉磯分校Steven Jacobsen團隊合作，在美國Proceedings of the National Academy of Sciences(PNAS)在線發表了題為 「Large-scale comparative epigenomics reveals hierarchical regulation of non-CG methylation inArabidopsis」 的研究論文。

該研究以DNA甲基化測序數據入手，探索了大數據挖掘揭示生物學新知識的研究之路。作者重新分析了公共資料庫中來自不同實驗室的約500組Col-0型擬南芥DNA甲基化數據：通過比較單個突變體和多個野生型，鑒定了每個突變體中高置信度的DNA甲基化差異區域；進而分析了不同突變體間DNA甲基化差異區域的重合度，揭示控制DNA甲基化相關基因之間的聯繫。

不同突變體DNA甲基化差異區域重合度的聚類分析

據悉，南方科技大學張雨博士與加州大學洛杉磯分校Jake Harris博士，劉啟昆（Qikun Liu）博士為該論文的共同第一作者。翟繼先博士、Steven Jacobsen博士和王海峰博士為本文的通訊作者。本項目得到了國家自然科學基金、中組部「千人計劃」青年項目、廣東省「珠江人才計劃」創新創業團隊項目、南方科技大學校長卓越博士後基金的資助。

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