「王與馬，共天下」即使再忠心的家臣終究是躲不過帝王猜忌
愍帝在長安即位後，因其名司馬業，故為避諱，建業這個地名從此改為建康。上文提到，愍帝曾命琅邪王睿大舉北伐，琅邪王不曾應命，只因祖逖的要求，讓他獨自率領部曲渡江北上。單看這件事情，似乎琅邪王睿和王導都不想「克複神州」。然而他們當時的處境實在是難，大舉北伐是不可能的。
難在哪裡？一是力量單薄，二是內部還有矛盾。王導努力爭取南方士族的合作，但總有一部分人不願意真正合作。特別是過江的北方人增多後，這不可能不引起一部分南方人的疑慮，因此，愍帝建興元年，發生了周玘危害執政的事件。
義興周氏是勢力強大的大姓。周玘的父親周處因梁王司馬彤公報私仇，以孤軍御強敵，戰死沙場，已見前篇。周玘在西晉屢次不應州郡徵召，應該是與父親的死有關係。他在地方上聲望極高。石冰、陳敏之外，還有一個俠持孫皓的兒子孫充造反的錢璯，都被他用鄉里義兵平定，號為「三定江南」。他打完了仗，便解散部隊，從他的行為看，他的目的只在安定鄉土，不大像是為晉室辦事。建興元年，他正在做吳興太守，自以為「失職」，又與琅邪王的親信刁協有矛盾，就陰謀聯絡一部分人，要殺死執政的宮員，改用南方人士。琅邪王睿發覺密謀後，不採取公開鎮壓的辦法，只先調他做南郡太守，等他動身後，再改任軍咨祭酒，即抽掉實權，給一個閑官。他知道密謀泄露，憂憤而死，臨終還對兒子周勰說：「殺我的是諸傖子，能報此仇，才好算我的兒子。」琅邪王和王導明知他要造反，但是仍然謚他為「忠烈」。他們只希望事情就此收場，但是事情並沒有完結。
周勰念念不忘父親的遺言，指使吳興功曹徐馥詐傳叔父丞相從事中郎周札的命令，起兵討伐王導、刁協。江東的土豪知道了，都願意參加。建興三年正月，徐馥殺死吳興太守袁琇，發動事變。徐馥家裡本來有部曲，加上響應的土豪，集結了好幾千人。吳國末代皇帝孫皓的族人孫弼也在廣德起兵，與他呼應。他們打算擁周札為主。周札這時因病正在義興家裡，得訊大驚，連忙去告訴義興太守孔侃。周勰見叔父反對，沒有敢發動。徐馥集結的本是烏合之眾，他們見情況不妙，便倒戈殺掉徐馥。孫弼也被地方官鎮壓殺死。事變似乎可以結束了，但是周氏族人周續又在家鄉陽羨起兵。建康得訊，琅邪王想要討伐，王導以為少發兵不能平定叛亂，多發兵則京師空虛。他出了一個好主意，命周續的族兄周莚只帶一百名力士，回鄉去平亂。周莚日夜趕路，到了家鄉，遇見周續，只說同去見太守有話說。到了府里，周莚喝令郡吏吳曾，就在座上把周續殺死。一場事變，就此結束。
事後，晉政府對周勰並不追究，後來還讓他做過臨淮太守。司馬氏和中原大族要做到同江東大族合作，實在不容易啊！處境如此，他們只能集中精力來穩定東南地區，除此以外，實在是別無他法。
而琅邪王本人，至少在東晉草創時期，只能以王導為主要依靠對象。大興元年，他即皇帝位時，命王導到御座上同坐。王導當然不肯。元帝其實也是故作姿態。然而，他非依靠王導不可，在這裡表現得十分清楚。
晉元帝必須依靠王導，這還有另外一個原因，即王導的堂兄王敦是個實力派。王敦字處仲，曾被東海王越任為揚州刺史。元帝到江南後，揚州刺史劉陶死了，元帝就使王敦再擔任這個職務。他和王導，一個做地方官，一個掌朝政。元帝仗著他們，鞏固了統治，所以當時有「王與馬，共天下」的說法。
元帝在建康立定腳跟已經很不容易，要把號令發到揚州以外的地方並使之生效，自然更加困難。永嘉五年，江州刺史華軼就以沒有看到來自洛陽的詔書為理由，不服從琅邪王的命令。這個問題鬧到不得不用武力解決的地步。揚州刺史王敦做了討伐華軼的主將。他攻殺華軼，又督率陶侃、周訪等平定杜弢，穩定了對長江中游地區的統治。長江中下游地區都穩定了，琅邪王睿管轄的地區就大體土與孫吳的疆域相同。元帝即位，加王敦江州牧。大興元年，任他為荊州牧，因王敦不肯接受，改為荊州刺史。從此他坐鎮荊州，掌握長江上游地區的軍政大權，「王與馬，共天下」的情況因而有了進一步的發展。
以後情況又有變化。元帝對王導逐漸產生了猜忌的心理，對王敦更是疑慮重重，而王敦本人也成為跋扈的大軍閥。但是無論如何，在江東草創之初，王導和王敦都功不可沒。王導更是奠定東晉立國基礎的大功臣，他忠貞不貳，經曆元帝、明帝、成帝三朝，始終是朝廷重臣。他在成帝咸康五年去世，享年六十四歲。
王導自然是司馬氏的忠臣，但是我們評價王導，絕不能局限於這個方面。我們必須知道，東晉立國實質上是兩漢魏晉以來的文明得以延續的關鍵。東晉和繼續它的宋、齊、梁、陳四代，共計兩百六十二年。儘管這五個朝代都是局處江東，然而中原人士都視之為文化正統所在。兩個半世紀以後，中原的元氣恢復了，民族融合了，於是南北一統，又揭開中華文明史的新的一頁。
