從零到壹：Cytoscape插件使用心得 MCODE篇

MCODE

今天開始連載的第一大神器--MCODE，在龐大基因（蛋白）網路中進行聚類構建功能模塊

MCODE

主要作用是在龐大基因（蛋白）網路中進行聚類構建功能模塊。1063次的引用，足以證明其重要性。

MCODE的原理

圖E、F、G（*doi:10.3390/ijms18091898*)便是通過MCODE在D網路中聚類構建出的模塊。原理（不願意看原理，可以跳過）

MCODE是通過對網路圖中的各個節點的計算節點信息

包括自身在內的鄰居接點子圖neighbors及其密度density，以該點為種子節點所能擴展出的最大k值的K-core，其k值水平coreLevel，此K-Core的密度coreDensity以及該節點的score值。節點的score值反映了該節點及周邊節點的密集程度。然後再從score值最大的節點開始，調用getClusterCore()方法，以此節點為種子節點開始擴展，逐步加入符合參數條件的鄰接節點。最後根據參數要求作一些後續處理，得出最終的功能模塊。

舉個~~MCODE的運用

Cytoscape最方便的地方在於它有很多的插件，這些插件可以通過官網上下載（App），導入cytoscape，也可以直接在cytoscape上下載（App manager）

那怎麼運用MCODE了，我們先在cytoscape安裝好MCODE,打開一個基因網路。

一般選擇in whole network，我們也可以選擇我們感興趣的區域 from selection。在advanced option里調整K-Core，我個人的理解是K值越大，模塊數量會變少，而核心節點所處的子網路結構也越不容易受損，能看出核心模塊及節點。然後點擊analyze current network。

右邊MCODE Result窗口出現模塊結果，出現了13個模塊，基本是按score值排序，點擊我們感興趣的模塊，然後點擊create cluster network，就能夠把這個模塊顯示出來然後予以保存。

感興趣的模塊內基因我們也可以進一步左GO，Pathway分析。

今天就到這，如果大家有感興趣的插件及學習心得可以聯繫我們。

Chris Lou的留言

隨風的投稿第二彈，繼續讓我覺得不是一個人在戰鬥，也歡迎大家積極投稿。

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