phytozome植物基因組下載網站

Phytozome 作為專門收錄植物基因組的網站，在基因組數據的下載、查詢、可視化瀏覽等方面做的也很不錯，也是一個不錯的基因組數據下載資料庫。

今天主要介紹一下該網站基因組如何下載，如何通過blast查詢同源基因，以及根據基因相關功能結構域批量下載相關基因的CDS，PEP等序列信息；

基因組下載

該網站需要註冊登陸之後才能下載基因組數據：註冊也非常簡單，這裡就不詳細說明了：註冊完賬號登陸就可以：https://phytozome.jgi.doe.gov

登陸之後就可以去下載參考基因組，點擊download：

點擊之後進入所有物種的下載網站，如果想下載擬南芥的數據可直接勾選想要的信息，就可以下載了，使用起來也很方便：

查找功能的基因序列，並批量下載：

以擬南芥基因組為例，查找Nucleotide binding site,NBS結構域相關的基因，並批量下載其CDS等序列，以便用於做後續分析；如定量，設計引物，同源比對等等；

首先，回到首頁，點擊想要搜索的物種，和搜索的關鍵詞：

得到很多關於NBS相關的基因，共有128個基因如下：

批量下載這些基因的序列：先勾選所有基因，注意有翻頁，記得一起勾選上，再add一下：

然後就可以按下面的步驟下載想要的序列了，非常的方便：

當然了，如果想看其中一個感興趣的基因具體的信息也非常的方便：只要點擊GB 可視化方法就可以：

點擊B顯示的效果：

點擊G顯示的效果，具體序列直接可以得到：

關於該基因的序列，功能，基因外顯子內含子，同源蛋白，表達量等信息應有盡有：

blast 比對查找同源序列

進入blast搜秀界面，輸入序列，選擇要查找的物種，可以是多個(ctrl+)物種，就可以跨物種搜索同源序列了：

搜索結果如下，也可以批量導出，便於後續分析，是不是功能很強大？

科技服務事業部 文案

圖片源自網路 侵刪

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