他中了國自然，因為最後一周補了這張圖
國自然倒計時1個月，想挖機制，還想加個圖，體現工作量，顯得基礎紮實，怎麼辦？
比如說基因已經做了功能研究，需要挖機制，完善故事；再比如說lncRNA KO/KD已經看出表型，可是找它調控了誰太難了。那咱換個思路，往上找，找它受哪個轉錄因子調控，參與哪個明星通路。
這種圖既能講機制，又能在短時間內畫出來：
c-fos基因附近有多個enhancer，CBP、RNAPII、NPAS4結合在enhancer上，其結合強度跟細胞膜極性呈負相關。
出自例文一Nature 2010
Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers
Greenberg Michael E., Kreiman Gabriel, Worley Paul F., Bito Haruhiko, Kuhl Dietmar, Markenscoff-Papadimitriou Eirene, Kuersten Scott, Barbara-Haley Kellie, Laptewicz Mike, Harmin David A., Wu Jing, Bear Daniel M., Costa Allen M., Gray Jesse M., Hemberg Martin and Kim Tae-Kyung
這種圖能回答什麼問題？
《哪個蛋白質調控我感興趣的基因？》一文的Plan A，最後畫的就是這樣的結果圖。它能回答七個問題：
這種圖能揭示什麼機制？
這些調控因子的功能、它們在全基因組範圍的分布規律，可回復「TF2」，用factorbook查看。
暫時不補實驗，怎樣完善故事？
怎樣開展下一步實驗
1. 不同處理條件下轉錄因子ABC的結合強度變化；
前面用別人的ChIP-seq發現了轉錄因子ABC結合在基因X附近，下面自己做ChIP-qPCR，查看多種treatment條件下轉錄因子ABC的結合強度變化，例如野生型和突變型的對比，藥物處理前後的對比。
例文二PLoS Genetics 2010
GC-Rich Sequence Elements Recruit PRC2 in Mammalian ES Cells
Madhani Hiten D., Bernstein Bradley E., Ku Manching, Chi Andrew S., Issac Biju, Zhou Vicky W., Truong Thanh, Koche Richard P. and Mendenhall Eric M.
2. 轉錄因子AB對同一通路其他重要基因的調控；
前面發現了基因X上游有轉錄因子ABCDEF結合，推測他們調控了基因X的轉錄。接下來通過查文獻，選兩個重要的轉錄因子AB做ChIP-seq，同時結合motif分析，找到同一通路中，也被轉錄因子AB調控的其他重要基因，一起講個Big story。
例文三Nature 2012
Regulation of Circadian Behavior and Metabolism byRev-erbαandRev-erbβ
Evans Ronald M., Panda Satchidananda, Downes Michael, Auwerx Johan, Liddle Christopher, Glass Christopher K., Atkins Annette R., DiTacchio Luciano, Chong Ling-Wa, Lam Michael T., Barish Grant D., Yu Ruth T., Hatori Megumi, Zhao Xuan and Cho Han
3. 位於enhancer區域的轉錄因子DEF對基因X的遠距離調控的驗證；
發現了enhancer，也找到enhancer上結合了哪些TF，就要問：這個enhancer調控的是基因X嗎？用3C實驗驗證enhancer調控了基因X。
例文四Nature 2010
Mediator and Cohesin Connect Gene Expression and Chromatin Architecture
Young Richard A., Dekker Job, Taatjes Dylan J., Levine Stuart S., Rahl Peter B., Goossens Jesse, Ebmeier Christopher C., van Berkum Nynke L., Orlando David A., Zhan Ye, Bilodeau Steve, Newman Jamie J. and Kagey Michael H.
怎麼畫這圖？
看過1-6步，就能畫出這樣的神圖：
《Plan A詳細步驟1234》詳細描述了1234；
《Plan A詳細步驟56》詳細描述了56；
本文解答了第7步。
小丫畫的圖長啥樣？
例文五Nature biotechnology 2010
Transcript assembly and abundance estimation from RNA-Seq reveals thousands of new transcripts and switching among isoforms
Pachter Lior, Wold Barbara J., Salzberg Steven L., van Baren Marijke J., Kwan Gordon, Mortazavi Ali, Pertea Geo, Williams Brian A. and Trapnell Cole
作者認為Fhl3有個新的isoform（黃色），位於RefSeq isoform（藍色）的第一個intron里。TAF1和PolII ChIP-seq的峰支持了Fhl3的這個新的轉錄起始位點（TSS）。
沒錯，這個方法還能幫你鑒定lncRNA轉錄起始位點。
Figure 3.Excluding isoforms discovered by Cufflinks from the transcript abundance estimation impacts the abundance estimates of known isoforms, in some cases by orders of magnitude. Four-and-a-half-LIM domains 3 (Fhl3) inhibits myogenesis by binding MyoD and attenuating its transcriptional activity. (a) The C2C12 transcriptome containsa novel isoformthat is dominant during proliferation.The new TSS for Fhl3 is supported by proximal TAF1 and RNA polymerase II ChIP-Seq peaks.
Paper里用的是Mouse skeletal muscle C2C12 cells，小丫好奇人的同源基因是不是也有個新的isoform，剛好手裡有所有已發表的人Fetal Liver的ChIP-seq數據，找出哪些轉錄因子結合在FHL3附近，畫出了下面這個圖：
位於屏幕中間那個基因就是FHL3，參考基因組上認為它的轉錄起始位點TSS位於第一個黑框里，然而我們看到第2和第3個黑框里也有PolII的結合信號，難道這裡也有兩個新的isoform？另外，GATA1、NFE2和TAL1在相同的位置也有很強的結合信號，這裡一定有故事。
本文這些例文都是用《找到了motif，怎樣展示結果？》介紹的工具找到的，文章有點老。明天找找新paper，再跟大家分享。
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