DTminer：快速查找基因與疾病的關係的工具

生物醫學研究人員如果想要知道基因與疾病間的關係，往往需要查閱大量的文獻，耗時耗力。那生物醫學文獻的自動挖掘，基因與疾病關係的自動提取就成為一種需要。

一、DTminer 簡介

這裡，我介紹給大家一個網頁工具 DTminer。2016 年，這個工具在『Bioinformatics』雜誌上發表。

慣例，先給出文章

DTMiner: identification of potential disease targets through biomedical literature mining

網址：https://gdr-web.rwebox.com/public_html/index.php

該網頁工具有上海交大的研究人員開發，主頁如下：

二、DTminer 中的信息來源

1.Gene library

基因信息主要來自於 NCBI 中的 gene 資料庫、HGNC、Uniprot 資料庫

2.Disease term library

Disease Ontology、MedDRA、UMLS、IDDB

3.Biomedical literature database

MEDLINE 、the U.S. National Library of Medicine journal citation database

4.Annotated data

Genetic Association Databases、MEDLINE

5.Ground truth

DisGeNET

二、DTminer 使用1. 查找疾病相關基因 (以lung cancer為例)

點擊『Disease Search』或者『Disease Syn』，輸入『lung cancer』，點擊 submit 後，出現所有與 lung cancer 有關的詞 [Figure 1-1]。

此處我選擇第一個詞，出現 Figure 1-2

在 Figure 1-2 中，我嘗試點擊『Evidence』下的 "-->"，進入參考文獻界面，如下圖所示，

在 Figure 1-2 中，我嘗試點擊『Gene Name』下的 "epidermal growth factor receptor"，進入基因相關疾病界面，如下圖所示，

2. 查找基因相關疾病 (以tp53為例)

點擊『Gene Search』或者『Gene Syn』，輸入『tp53』，點擊 submit 後，出現所有與 tp53 有關的詞 [Figure 2-1]。

同樣的，這裡我選擇第一個詞，進入如下界面：

大家觀察一下就可以發現 Figure 2-2 與 Figure 1-4 是相似的，這裡我就不再多介紹了。

三、DTminer 可能使用場景

(1) 剛研究某個疾病，需要全面了解一下與該疾病相關的一些基因；

(2) 實驗或者資料庫中挖掘出一個感興趣的基因，想知道該基因是否與某個疾病相關；

。。。。。。

四、小任務

我想知道哪些基因與糖尿病性高血壓有關~~~

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