Protter：用過的都說好
通過質譜篩選出一個感興趣的蛋白後，如何用圖片生動形象地展示這個蛋白的各方面信息呢？Protter提供了一個很好的途徑。
Protter是一個展示蛋白拓撲結構以及修飾、肽段、特殊位點等其他信息的綜合工具，它提供Web版本，也提供API借口，也可以自己搭建伺服器運行。
它由Ulrich Omasits編寫，UlrichOmasits 2015年博士畢業於ETH Zurich的分子系統生物所的Bernd Wollscheid課題組，主要是研究膜蛋白及其信號轉導。Ulrich Omasits擅長編程和生信，畢業後去了瑞士農業局做了一年多博後，現在在CEMM做數據專家。CEMM目前資金充沛，有多台高端質譜儀，想去讀博和博後的可以考慮CEMM哦。
Protter提供了蛋白的UniprotID和序列的雙重輸入模式，界面簡單明了。點擊load example後可以直觀的地感受一下其默認參數下的注釋風格：
在最上面的四個選項中，topology界面下，提供了關於拓撲結構的參數，no membrane可以去掉膜，適用於非膜蛋白的展示，如果是膜蛋白，自然是不能選這個。Custom里，在N-terminus location下面，你可以設置N端在膜內還是膜外，當然，設置不同，整個拓撲結構就會反過來，細節上也會有出入。選擇Uniprot，會按照Uniprot上的信息刷新蛋白的展示圖片，如果選擇Phobius，則會按照Phobius的跨膜結構預測信息結果來構建跨膜部分（Phobius是斯德哥爾摩生信中心開發的一個跨膜結構和信號肽預測工具）。
Styles則是定義圖例或者注釋的部分了，默認參數里提供了常用的注釋，你可以在Region空白框的右下角里選擇各種各樣的資料庫（利用其中的注釋信息），將其添加到圖片中，並可以設置顏色和形狀。
你還可以黏貼進去具體的某個序列或者序列的起止點，以在圖中突出顯示某段序列。
在Misc里，你可以設置酶切位點，如果你這是實驗數據，並且用的是胰酶，那就可以選擇Trypin。此外，還可以設置糖基化、磷酸化的位點的突出顯示的顏色（Styles和Misc里都可以設置，各有不同，請自行體會）。
下面這張圖是我設置所有胰蛋白酶酶切後的N-糖基化位點展示圖，非常漂亮：
當然，上面只是對整體框架以及關鍵部分做簡要介紹，感興趣的可以自己閱讀器詳細的user manual，並手動操作一下。
網址：
http://wlab.ethz.ch/protter/start/
參考文獻：
Protter: interactive protein featurevisualization and integration with experimental proteomic data.
Omasits U, Ahrens CH, Müller S, Wollscheid B.
Bioinformatics. 2014 Mar 15;30(6):884-6. doi: 10.1093/bioinformatics/btt607.
