使用shell命令循環處理文件

前言

Shell就是一個命令行解釋器，它的作用是解釋執行用戶的命令,用戶輸入一條命令,Shell就解釋執行一條,這種方式稱為互動式(Interactive)。Shell還有一種執行命令的方式稱為批處理(Batch),用戶事先寫一 個Shell腳本,其中有很多條命令,讓Shell一次把這些命令執行完。Shell腳本和編程語言很相似,也有變數和流程式控制制語句,包括循環和分支。本文介紹的是編寫shell腳本來循環處理文件。

下面通過一個實例演示如何讀取文件名包含_UMR的文件，並使用intersectBed處理文件。

intersectBed取交工具鏈接：

j=1

for shname in `ls *_UMR` #循環當前目錄下含_UMR的文件名

do

file[$j]="$shname" #將讀取到的文件名放進數組file

if [ $j == 1 ]; then #if開始

echo $(intersectBed -a $ -b $shname > `expr $j + 1`)#$(命令行)或``反單引號，expr 表示後面要對$j進行運算。

else

echo $(intersectBed -a $j -b $shname > `expr $j + 1`)

fi #if結束

j = `expr $j + 1`

done

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