circHIPK3 海綿多個miRNA調節細胞生長

結果1：分析人類正常組織和癌組織中的circRNA

首先，文章使用六個正常組織（腦，結腸，心臟，肝，肺和胃）和七個癌組織（膀胱尿路上皮癌（BLCA），乳腺癌，結腸直腸癌（CRC），血管癌（HCC），胃癌（GC），腎透明細胞癌（KCA）和前列腺腺癌（PRAD））的ribosomal RNA-depleted 的RNA測序（RNA-seq）分析來表徵circRNA轉錄物。總共在這些組織中發現了67358個不同的circRNA候選物，其中27,296個這些circRNA包含至少兩個不同的反式剪接reads，在本文的研究中確定了19,071個重疊的circRNA和8,225個新的circRNA。值得注意的是，所有研究中共有148,701種不同的人類circRNA候選物，表明circRNA可能含有人轉錄中最大的RNA家族之一。

這些circRNA轉錄物的表達分析顯示，許多circRNA似乎在各種組織中被特異性表達。類似地，癌症中的circRNAs（SRPBM）的情況通常不同於正常組織。

結果2：人類細胞中circRNA丰度的特徵

分析其宿主基因的circRNA數量表明一個基因可以產生多個circRNA。致癌基因PTK2可能產生47個不同的circRNA。本文進一步研究了一個基因位點內circRNA的丰度，發現約50％的宿主基因（1,835 / 3,687）產生了顯著更高的表達的circRNA。該結果表明，一個基因座通常存在主要表達的circRNA亞型。

對於這些circRNA，文中根據跨越反式剪接reads的數量以及代表線性剪接reads的數目估計了5"端或3"端的circRNA的成環比（CR）。這些位點的CR大幅度變化，在某些情況下線性剪接產物不存在。當使用CR和SRPBM的較嚴格截止值（5"CR>0.2; 3"CR>0.2; SRPBM>1）時，觀察到990個高丰度circRNA，其中許多是比它們的線性亞型具有更高的表達水平。分析這些circRNA顯示側翼內含子明顯長於其他circRNA。

總之，文中的研究提供了在不同的人正常和癌組織中的circRNA的描寫。 RNA環化的鑒定擴大了對人轉錄組複雜性的理解。進一步表徵和功能評估了源自HIPK3基因的外顯子2的豐富的circRNA。研究結果表明，環化蛋白編碼外顯子可能通過海綿狀miRNAs發揮額外的調控功能。總而言之，這些證據表明轉錄組的多樣性水平及其在人類細胞中的調節。

參考文獻：

Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulatescell growth by sponging multiple miRNAs.

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