FMT新突破：追蹤菌株，預測患者的術後菌群
今天是第665期日報。
Cell子刊：在菌株水平追蹤FMT前後的菌群變化
Cell Host and Microbe
[IF:14.946]
分析18位複發艱難梭菌感染患者在糞菌移植（FMT）期間和前後的腸道菌群； 成功建模預測細菌在患者中的植入情況，並開發出用於解析菌株動態變化的方法Strain Finder； FMT後患者的菌群動態存在較大個體差異，是來自患者、供體和環境細菌的複雜混合，FMT療效或取決於某些特定菌株的植入； 細菌植入情況主要取決於在供體和患者中原來的丰度+細菌類別，來自供體某菌種的多個菌株以「全或無」的方式定殖； 這些原理在其他FMT數據中得到驗證。
Strain Tracking Reveals the Determinants of Bacterial Engraftment in the Human Gut Following Fecal Microbiota Transplantation
02-14 DOI: 10.1016/j.chom.2018.01.003
Cell子刊：不同腸道微環境中的細菌互作及競爭
Cell Host and Microbe
[IF:14.946]
利用霍亂弧菌的DNA接合轉移，以跟蹤兔模型體內細菌間發生直接接觸的位點，並測定6型分泌系統（T6SS）介導的細胞殺傷作用發生的位置； 大部分接觸依賴型的細胞間互作發生於遠端小腸和盲腸； T6SS賦予了霍亂弧菌在小腸中段定殖的競爭優勢，而在遠端小腸和盲腸處，T6SS介導了霍亂弧菌種群內部的競爭； 宿主體內由細菌接合引起的DNA轉移頻率高於體外試驗； 依賴接觸的細胞間互作以及T6SS，對霍亂弧菌在腸道的定殖具有重要作用。
Tracking Vibrio cholerae Cell-Cell Interactions during Infection Reveals Bacterial Population Dynamics within Intestinal Microenvironments
02-02 DOI: 10.1016/j.chom.2017.12.006
GM：遺傳因素對不同部位菌群的影響不一樣
Genome Medicine
[IF:7.071]
選取來自人類微生物組項目（HMP）中的298個健康志願者進行全基因組測序，分析宿主遺傳因素對身體不同部位的菌群的影響； 胃腸道及口腔菌群的組成特徵與宿主遺傳因素相關，例如FUT2（岩藻糖基轉移酶基因）的分泌狀態及LCT基因附近的與乳糖不耐受相關的突變體與糞便雙歧桿菌丰度相關； 但鼻孔和陰道菌群的組成特徵與遺傳因素無顯著關聯； 在不同的身體部位，菌群特徵與遺傳因素的相關性有所差異。
Host genetic variation and its microbiome interactions within the Human Microbiome Project
Nature子刊：綠膿桿菌中T3SS可改變宿主細胞表觀遺傳
Nature Microbiology
[IF:N/A]
由綠膿桿菌引起的宿主細胞組蛋白H3去磷酸化修飾，依賴T3SS分泌系統，反應的發生與感染時間有關； PopB-PopD易位子作為新的T3SS作用分子，引發組蛋白的去磷酸化和去乙醯化修飾反應，是一種膜孔形成毒素； 綠膿桿菌通過T3SS將PopB-PopD注射進宿主細胞後離開，PopB-PopD遺留在宿主細胞膜上形成鉀離子通道，引起磷酸化組蛋白H3絲氨酸10的去磷酸化，破壞組蛋白網路； 蛋白磷酸酶PP1參與細胞內的磷酸化組蛋白H3絲氨酸10的去磷酸化反應。
Pore-forming activity of the Pseudomonas aeruginosa type III secretion system translocon alters the host epigenome
ISME：小鼠腸道菌群中的溶原性細菌
ISME Journal
[IF:9.664]
在C57BL/6J小鼠中檢測溶源性細菌的丰度和多樣性； 大部分共生細菌被鑒定為溶源菌，與擬桿菌門和放線菌門相比，在厚壁菌門和變形菌門中有更多的溶源性細菌； 前噬菌體與遊離噬菌體的宏基因組序列高度相似，前噬菌體可能自發誘導為活性噬菌體，飲食干預可改變誘導的前噬菌體的組成； CRISPR-Cas系統在少數共生細菌中存在，對腸道噬菌體有活性的較少； 細菌-噬菌體感染網路為「嵌套-模塊化」結構，噬菌體在腸道生態中導致溶源性的流行。
Lysogeny is prevalent and widely distributed in the murine gut microbiota
第三軍醫大：氧化三甲胺誘導血管炎症的新機制
Journal of the American Heart Association
[IF:4.863]
氧化三甲胺（TMAO）可誘導人臍靜脈內皮細胞（HUVEC）和ApoE-/-小鼠主動脈的炎症，並在體外和體內促進NLRP3和活化的caspase-1 p20的表達，並增強caspase-1的活性； caspase-1抑製劑、NLRP3抑製劑、NLRP3 siRNA可減弱TMAO誘導的NLRP3炎症小體活化，並抑制HUVEC中的炎症； 在HUVEC和ApoE-/-小鼠主動脈中，TMAO刺激線粒體的氧化應激（ROS），抑制SOD2激活和SIRT3表達； 在HUVEC和小鼠動脈中，清除ROS或敲除SIRT3可減弱NLRP3炎症小體激活。
Trimethylamine-N-Oxide Induces Vascular Inflammation by Activating the NLRP3 Inflammasome Through the SIRT3-SOD2-mtROS Signaling Pathway
2017-09-04 DOI: 10.1161/JAHA.117.006347
Neurotherapeutics：腸道菌群與神經內分泌系統（綜述）
Neurotherapeutics
[IF:5.166]
腸道菌群與神經內分泌系統通過下丘腦-垂體-腎上腺（HPA）軸產生多向相互作用； 益生菌可能通過免疫調節及減少腸道屏障菌群易位作用，影響神經內分泌生理穩態； 無菌小鼠的皮質酮水平及HPA軸活性上升，表明腸道菌群對HPA軸發育及神經調節的中心作用； 受腸道菌群初始組成的差異、抗生素的脫靶效應等因素影響，口服抗生素可產生有益或有害影響； 同時，腸道菌群、神經內分泌系統間的通訊還可能與免疫系統、腸道-血腦屏障等系統相關。
Gut Microbiota and the Neuroendocrine System
Microbiome：食物鏈如何影響鱸魚的腸道菌群
Microbiome
[IF:8.496]
將鱸魚暴露於捕食者和不同食物配給中，檢測腸道菌群的組成及功能變化，以及變化是否與宿主性別相關； 鱸魚個體的腸道菌群組成對食物配給和捕食者的存在有顯著反應； 腸道菌群的物種豐富度隨捕食者的存在而下降，鑒定出因捕食者而增加的一組不同細菌門中的23個分類群； 食物配給和捕食壓力影響腸道菌群的代謝庫，如次級代謝產物的生物合成、輔因子代謝和維生素； 食物配給對鱸魚腸道菌群的影響存在性別差異。
Effects of predation stress and food ration on perch gut microbiota
感謝本期日報的創作者：mildbreeze，小腸君，陳綺翎，女巫，洋
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