甲基化450k晶元數據的處理和分析軟體匯總

上一期我們已經介紹了腫瘤相關的甲基化高通量數據，我們得出的結論是當前甲基化晶元數據的存儲量佔有絕對優勢。既然如此，我們本期介紹甲基化450k晶元數據的分析軟體和方法。（當然最新的850k晶元也類似）總的分析流程跟普通的表達譜晶元分析相差不大，包括質控，背景校正，標準化，下游的差異分析和富集分析等。

接下來我們總結下現有的分析軟體及其在分析流程上的功能覆蓋如下圖，雖然illumina公司自帶了一款分析軟體，不過很貴哦，而且受制於人，我們當然更喜歡自由免費的了，Bioconductor平台上有諸多免費開源的軟體，而且你總能使用最新的演算法，實時更新，不過使用者需要有一點點R語言的基礎。

這裡我們重點介紹這5個功能比較強大的綜合性軟體

Methylumi：以R語言為基礎用於分析450k晶元數據，支持MIAME (Minimum Information about a Microarray Experiment)信息，內置了一個叫做noob(normal-exponential convolution using out-of-band probes)的標準化方法，該軟體能夠轉換R對象，很好的兼容其它分析軟體。

Minfi: minfi包類似於Methylumi，是一個綜合的分析包，雖然不提供一個能一次性完成整個分析流程的函數，但該軟體包還是提供一個完整分析流程所需的各個模塊。該軟體更新分析方法速度快，還內置了Genome Studio（illumina公司提供）的標準化和預處理方法。質控部分可提供一些圖片和一個HTML的質控報告。

wateRmelon：該軟體包提供了15種標準化方法的借口，支持IDAT文件和txt文件的導入，同樣的，該軟體能很好的兼容其它分析軟體包。

ChAMP: 這是一個功能非常強大的包，用戶友好度非常高，對於編程能力不強的生物醫學背景人員非常有利，它內置了其它軟體如minfi,進行了很好的整合，自動化程度很高，用戶只需要使用很簡單的函數就能完成整個分析流程，提供一體化函數，簡單的說就是有一種用戶友好型的軟體，通過個人的使用經驗，該軟體也有一個不足，就是安裝比較困難，原因是該軟體很多功能是建立在其它軟體包之上。值得一提的是，在學習該軟體的過程中，認識了ChAMP包的維護者Yuan Tian博士（http://www.picb.ac.cn/compsysg/Member/Member.php），現在是中科院的博士，很感謝他為我解答了很多困惑。後續我會專門介紹這個包在使用上的一些注意事項。

從以上的總結，對於編程能力不強的小夥伴，小編極力推薦後兩款軟體，自動化程度很高，業界良心啊，當真是可以說是學術界的一股清流了，君不見作為醫學生的小編當年剛學寫代碼的慘狀，慘不忍睹啊。

好了，這一期就先扯到這裡吧，大家心裡有數了吧，最近在醫院外科實習，忙得不可開交，下期我們話不多說了，直接上代碼吧！

參考文獻

Analysis pipelines and packages for Infinium HumanMethylation450 BeadChip (450k) data Methods. 2015 Jan 15;72:3-8. doi: 0.1016/j.ymeth.2014.08.011

Review of processing and analysis methods for DNA methylation array data. Br J Cancer. 2013 Sep 17;109(6):1394-402. doi: 10.1038/bjc.2013.496.

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