微生物生態：一句話新文
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26. 被忽略的土壤病毒組（綜述）
2018年1月3日，Trends in Microbiology（IF：11.02）在線刊登了題為「The 『Neglected』 Soil Virome–Potential Role and Impact」的綜述文章，來自University of Groningen（荷蘭）的Pratama和Elsas，從「為何研究土壤病毒組」、「土壤病毒組研究方法」、「與海洋生境病毒組研究在丰度、多樣性、生態及進化特點等方面進行比較」及「土壤病毒的潛在應用」等方面，綜述了當前對土壤病毒組的研究現狀，作者認為相比對海洋病毒組的研究而言，過去對土壤病毒組的研究被大大忽略。目前土壤病毒組面臨的主要挑戰有：①技術利用不足，包括實驗和計算兩方面；②缺乏對噬菌體生命周期和活動的相關認識；③缺乏時空層面的精細採樣研究。
原文DOI：10.1016/j.tim.2017.12.004
27. 預測海洋沉積物微生物分泌組（secretomes）及其靶標底物
2017年10月23日，Nature Microbiology在線刊登了題為「Predicted microbial secretomes and their target substrates in marine sediment」的文章，來自慕尼黑大學（德國）的Orsi等人通過對Ocean Drilling Program來源的不同深度（海底以下5 m, 30 m, 50 m, 70 m, 91 m及159 m）沉積物樣品的宏轉錄組測序分析：發現了大量潛在的分泌型肽酶（peptidases）及碳水化合物活性酶（carbohydrate-active enzymes，CAZymes），其大部分（90-99%）是細菌來源的，其中12%與侯選門（candidate phyla）有最高的序列相似性；其餘假定分泌型蛋白與古菌和真菌酶有最高的序列相似性，尤其在兩個氧化還原過渡區顯現峰值；在較淺的氧化還原帶（30 m處），20%的轉錄本編碼的假定分泌型肽酶來源於未培養的古菌類群；所預測到的分泌型蛋白組，表現出對微生物細胞被膜、浮游生物及藻類殘體等死生物質的偏好性；預測到的真菌分泌型蛋白組所編碼的碳水化合物活性酶（CAZymes）在預測的細菌或古菌分泌型蛋白組中未發現，表明真菌可能在海底某些碳水化合物代謝中發揮著獨特作用。
28.土壤pH調控細菌群落隨機性和決定性平衡
2018年2月5日，The ISME J（IF：9.664）在線刊登了來自Korea Polar Research Institute（韓國）的YooKyung Lee等人題為「Soil pH mediates the balance between stochastic and deterministic assembly of bacteria」的文章，該研究選取了6組不同區域不同pH的土壤樣品高通量測序數據進行研究（PS:其中1組數據是該文章測序，其他5組數據引自其他文章)。研究結果表明，土壤pH是調控細菌群落隨機和決定性平衡的主要因素，而非演替年限。當pH趨向於極酸或鹼時，細菌群落的系統發育組成通過決定性進程驅動而分簇更加明顯；而當土壤pH趨向中性時，細菌系統發育組成分簇較少，更具隨機性。極端pH環境或可通過生存/適應性限制而對細菌群落產生影響。
29. 變形菌門是人類腸道宏基因組功能差異的主要源頭
2017年3月23，Microbiome（IF：8.496）在線發表了來自Gladstone Institutes（美國）Bradley等人的文章「Proteobacteria explain significant functional variability in the human gut microbiome」。以往研究發現人類腸道微生物物種組成總是差異很大，但其功能組成常常展現出驚人的一致。作者假定這種功能的穩定性是基於健康的腸道微生物有高的功能冗餘。為了能夠更高清晰、更準確地量化宏基因組功能基於丰度的穩定性，作者開發了一種新的方法CCoDA（Covariate-Corrected Dispersion Analysis），這種方法可以更準確的鑒定基因丰度的穩定性，且不受批次、狀態（健康、發病）、數據量的影響。作者隨機收集了123個健康腸道宏基因組樣品，通過CCoDA分析：發現有3768個基因家族（KO）被鑒定為顯著穩定、1219個基因家族（KO）被鑒定為顯著差異；多數情況，更為保守的基因往往差異更小，如一些持家基因（核糖體、tRNA、基礎代謝等基因）；在其研究中一些穩定的基因往往系統進化分布較窄，如two-component signaling、starch metabolism (including glucosides)、glycosaminoglycan metabolism，這些特定功能的基因在一些活動中尤為重要，因而較為穩定；進一步研究發現，顯著差異的基因包括一些系統進化分布較廣的基因，如carbon metabolism，特別是secretion systems（T6SS、LPS biosynthetic genes等）；綜合分析這些差異的基因，歸納它們的來源，發現變形菌門（Proteobacteria）是差異基因最主要的源頭。而前期研究已證實最主要的腸道微生物類群為擬桿菌門（Bacteroidetes）或厚壁菌門（Firmicutes），且兩者常被用作區分腸型（enterotypes）的標誌，本研究說明優勢微生物類群並不一定是影響功能差異的主要原因。
30. 地球上最豐富的生物揮發有機物——異戊二烯的微生物循環（綜述）
2018年2月20日，The ISME Journal（IF：9.664）在線刊登了來自University of Essex（英國）McGenity等人的綜述文章——「Microbial cycling of isoprene, the most abundantly produced biological volatile organic compound on Earth」。異戊二烯（Isoprene，2-methyl-1,3-butadiene）是地球上含量最豐富的生物揮發有機物（BVOC），化學性質活潑，對大氣有多種效應（通常是不利影響），從而影響全球氣候及人類健康。大部分的異戊二烯由陸地植物產生，在水體環境中（微）藻類是主要的貢獻者，而細菌對異戊二烯的貢獻尚不清楚。土壤是異戊二烯的匯（sink），通過培養及非培養方法已從土壤、葉際、沿海/海洋等生境中鑒定出了能利用異戊二烯為碳源和能源的細菌。放線菌門（Actinobacteria）是在分離及鑒定的異戊二烯降解菌中最常見的類群，其次是變形菌門（Proteobacteria）。對編碼異戊二烯單加氧酶大亞基組分的isoA序列分析，通常被用來對非培養的異戊二烯降解菌進行微生物分子生態學研究。作者分別從「異戊二烯的特性、丰度及其對氣候影響」、「異戊二烯的產生、生物合成通路生物學功能及生物技術潛能」、「異戊二烯循環的生態、生理及生物地球化學特徵」、「異戊二烯降解菌的生理、生化、遺傳、基因組及分子生態學」等角度全面綜述了微生物介導的異戊二烯循環過程。
1. 海洋表層過氧化氫的降解
2. 細菌分泌D-精氨酸調控環境微生物多樣性
3. 棄耕農田次級演替中的根際真菌群落變化
4. 全球土壤細菌群落宏觀生態模式
5. 溫帶沿海環境微生物多樣性的周期性模式
6. 沿遠洋氧化還原梯度自由生活（FL）的化能自養型及顆粒附著（PA）的異養型原核佔優
7. 物種篩選及擴散限制在塑造海洋細菌及原生生物群落中的相對重要性比較
8. 保存溫度與保存時間對樣品代謝組測定的影響
9. 微塑料改變水體真菌群落組成
10. 一沙一世界：剖析單粒沙上的微生物組
11. 稀有共生藻可能在維持珊瑚-藻類共生體系穩定性中發揮作用
12. 多組學結合揭示海洋Marinimicrobia類群代謝潛力及原位活性
13. 模擬深海石油降解揭示複雜烴降解群落的底物特異性
14. 海洋噬菌體的時空分布
15. 取樣位置和性別差異是影響海鳥微生物組的主要因素
16. 用ASV取代傳統的OTU概念？
17. 宏蛋白組數據自動分析平台——MetaLab
18. NOB是黑暗海洋中主要的固碳微生物
19. 溫帶森林木生真菌的樹種偏好性
20. 飼餵方式影響肉牛瘤胃微生物組
21. 人（呼吸道、消化道、皮膚）古菌組
22. 真菌多樣性檢測ITS1新引物
23. 城市化密度影響葉際微生物組
24. 無引物偏好的微生物多樣性研究新方法
25. 墓碑上微生物的故事
本期作者：盧瑟菌（26,27,30）；李小圓（28）；參天大蔥（29）
本期排版：盧瑟菌
本期校審：盧瑟菌，李小圓
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