病毒：懸在人類頭上的達摩克利斯之劍

今天是第695期日報。

Science：全球病毒組計劃啟動

Science

[IF:37.205]

① 2018年啟動全球病毒組計劃（GVP），以確定主要的病毒威脅，並為防止病毒大流行及時提供信息以進行公共衛生干預；② GVP面臨的挑戰包括：費用、遠距離採樣的安全性、如何評估新型病毒的威脅等；③ 目標是通過提高對病毒爆發的監測，提高應對病毒流行的效率，並對人和家畜的癥狀進行監測，以鑒定病毒反覆爆發的野生動物區域；④ 以及聚焦RNA病毒、擴大經濟規模等；⑤ GVP可加速發現病毒的步伐，使病毒學、系統發生學和模型方法獲得更豐富的數據。

The Global Virome Project

02-23 DOI: 10.1126/science.aap7463

高福院士：病毒不斷湧現，防控任重道遠

Cell

[IF:30.41]

① 流感病毒不斷發生基因演化和重組，是典型的再現病原體，後者還包括埃博拉和寨卡病毒；② 應謹防禽流感與季節性人流感病毒重組產生高致死率的新毒株，改變傳統活禽交易或是可行方法；③ SARS和MERS冠狀病毒都是新發病原體，2003年SARS爆發後，中國政府聯合學術、產業和醫療機構建立監控系統，以監視、預報和預防疾病爆發；④ 應積極應對潛在的病毒爆發：監控病原體、開發疫苗和抗病毒療法，這需要國際合作，同時也不能忽略病毒相關基礎研究。

From "A"IV to "Z"IKV: Attacks from Emerging and Re-emerging Pathogens

03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.025

復旦+疾控中心：利用宏基因組學深入研究RNA病毒

Cell

[IF:30.41]

① 宏基因組、宏轉錄組等方法為研究病毒的進化、基因組和功能提供了豐富信息，揭示病毒遺傳學多樣性，也為病毒分類學帶來挑戰；② RNA病毒基因組具有多樣化、結構複雜、長短不一等特點，呈現明顯的動態變化，其基因複製和缺失、基因組重排、基因水平轉移發生率高於想像；③ RNA病毒進化是基因水平轉移、節段數量變化等一系列基因組加工的過程；④ 對RNA病毒之間、RNA病毒與菌群/宿主之間的互作，及這些互作如何影響疾病仍知之甚少。

Using Metagenomics to Characterize an Expanding Virosphere

03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.043

Cell子刊：膳食補充劑硫酸軟骨素可能致癌

Molecular Cell

[IF:14.714]

① 膳食補充劑硫酸軟骨素（CHSA）是一種用於骨關節炎的粘多糖；② CHSA可選擇性促進BRAF V600E基因突變的黑色素瘤細胞生長，並導致對BRAF抑製劑耐藥性的產生；③ 在PTEN野生型BRAF V600E突變的黑色素瘤細胞中，硫酸軟骨素葡萄糖醛酸轉移酶（CSGlcA-T）可催化產生CHSA以抑制PTEN，並維持PIP3水平從而持續激活AKT，促進細胞生長；④ NRAS及PI3KCA的突變可直接激活PI3K-AKT通路，不依賴於CHSA。⑤ 膳食補充劑也會產生促癌作用，對其選擇要極其慎重。

The Dietary Supplement Chondroitin-4-Sulfate Exhibits Oncogene-Specific Pro-tumor Effects on BRAF V600E Melanoma Cells

03-15 DOI: 10.1016/j.molcel.2018.02.010

TMM：利用代謝組學尋找藥物成癮的生物標誌物

Trends in Molecular Medicine

[IF:10.732]

① 藥物代謝組學分為靶向和非靶向代謝組學，是利用GC-MC、LC-MS、NMR等技術對不同來源的生物樣本的內/外源性物質進行分析；② 以阿片成癮性為例，代謝組學方法可用於尋找與成癮性相關的生物標誌物，確定靶點、監控疾病，從而進行有目的的藥物或營養干預；③ 體內實驗設計應注意基因、生活方式、微生物等因素對實驗結果的影響；④ 應進行臨床和流行病學的調查，細胞、動物實驗應注意劑量和時間，從動物模型到人體的過度應注意關聯。

Using Metabolomics to Investigate Biomarkers of Drug Addiction

02-01 DOI: 10.1016/j.molmed.2017.12.005

TEM：應謹慎選擇對照組的飲食

Trends in Endocrinology and Metabolism

[IF:10.893]

① 在一項最新的研究中，Dalby等人強調了選擇正確的對照組飲食在動物實驗中的重要性；② 飲食可顯著影響營養、腸道菌群、肥胖發展之間的互作，錯誤的對照組飲食選擇可能導致產生錯誤的結論；③ 對比普通飼料、精製低脂食物（rLFD）或精製高脂食物（rHFD），發現rLFD飲食餵食的小鼠與普通飼料餵食的小鼠相比，腸道菌群組成、腸發酵能量獲取、腸道形態等均有顯著差異；④ 研究HFD的影響時，選擇LFD還是普通飼料作為對照組，對結果有顯著影響。

Do we choose control diets wisely?

03-01 DOI: 10.1016/j.tem.2018.02.007

SR：研究小鼠腸道菌群，飼養環境不可忽視

Scientific Reports

[IF:4.259]

① 採用全交叉縱向研究設計，考察三種常見的飼養變數：墊料（壓縮紙和碎木屑），鼠籠通風方式（靜態微型隔離器和獨立通風籠罩）和飲食（不同含量的蛋白、脂肪）對小鼠腸道菌群組成的影響；② 收集小鼠糞便及空腸、迴腸、盲腸內容物進行16S rRNA檢測；③ 飼養環境可以相互作用，引起腸道某些區域（尤其是盲腸）菌群組成的變化；④ 飼養環境可能影響實驗結果的可重複性；⑤ 盲腸取樣可能是研究環境對腸道菌群變化影響的最佳選擇。

The influence of caging, bedding, and diet on the composition of the microbiota in different regions of the mouse gut

PR：家裡帶毛寵物越多，胎便菌群多樣性越高

Pediatric Research

[IF:2.882]

① 對218名新生兒的第一次胎便進行菌群測序；② 檢測到每個新生兒的胎便菌群的OTU數量為0-448個；③ 丰度最高的為厚壁菌門，相對丰度為44%，其後為變形菌門和擬桿菌門，相對丰度分別為28%、15%；④ 多因素分析表明，家庭環境的生物多樣性（依據帶毛寵物數量）增加了胎便菌群的多樣性，而分娩方式、分娩時接觸抗生素等圍產期因素並不會影響胎便菌群；⑤ 腸道菌群的發育或許始於胎兒時期，菌群在子宮內可轉移，並在懷孕期間受母體因素的影響。

Maternal influence on the fetal microbiome in a population-based study of the first-pass meconium

03-14 DOI: 10.1038/pr.2018.29

感謝本期日報的創作者：花開，mildbreeze，馬丹輝，葯農，沈志勛，this little piggy

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