ACEMD之HTMD高級應用：建立蛋白-蛋白相互作用體系

序

HTMD在準備蛋白體系方面比較智能有明顯的優勢，能夠方便的就行操作並在瀏覽器中進行可視化。對於從事蛋白、蛋白-蛋白和蛋白-抗體動力學模擬的用戶提供了很多遍便利。

用戶只需有基本的Python基礎就可以很輕鬆的運用HTMD構建相關體系。本文就介紹一個蛋白-蛋白動力學體系構建的實例。

Building for protein-protein interactions

#!/usr/bin/python3

# coding: utf-8

# In[1]:導入模塊，開啟可視化

from htmd.ui import *

config(viewer="ngl")

# In[2]:載入蛋白

barnase = Molecule("2f4y")

barstar = Molecule("2hxx")

# In[3]:清理蛋白結構

barnase.filter("chain A")

barstar.filter("chain A")

# In[4]:開啟可視化，雙顯

from ipywidgets.widgets import Box; w = []

w.append(barnase.view())

w.append(barstar.view())

Box(children=(w[0],w[1]))

# In[5]:突變修飾殘基

barstar.mutateResidue("resname 4IN", "TRP")

# In[6]:分配鏈，並重命名

barnase.set("chain", "A", "protein")

barstar.set("chain", "B", "protein")

barnase.set("segid", "BRN")

barstar.set("segid", "STR")

# In[7]:分別分配添加水分子

barnase.set("segid", "W1", "water")

barstar.set("segid", "W2", "water")

# In[8]:合併兩個蛋白質

mol = Molecule()

mol.append(barnase)

mol.append(barstar)

# In[9]:居中

mol.center()

# In[10]:計算體系半徑

from htmd.molecule.util import maxDistance

D = maxDistance(mol); print(D)

# In[11]:添加合適的溶劑盒子

D += 5

smol = solvate(mol, minmax=[[-D, -D, -D],[D, D, D]])

# In[12]:建立體系的charmm力場溶劑化體系

molbuilt = charmm.build(smol, outdir="./build/")

運行代碼塊產生的體系相關坐標和拓撲文件。

# In[13]:可視化構建的體系

molbuilt.view(sel="protein",style="NewCartoon",

color="Secondary Structure", hold=True)

molbuilt.view(sel="water",style="lines")

參考資料

https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/tutorials/system-building-protein-protein.html

https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/introduction.html

https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/building.html

http://gainstrong.net/works/hudong/

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