「CRISPR致非目標突變」文章爭議大，《Nature Methods》終撤稿

2017年5月30日，《Nature Methods》在線發表的「Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo」一文可謂是給風頭正勁的CRISPR/Cas9基因編輯技術當頭潑了一瓢冷水。該文宣稱CRISPR/Cas9基因編輯會在小鼠體內造成基因組意想不到的基因突變。因此該文一經發表，就引起了全球廣泛關注和對基因編輯技術安全性的廣泛擔憂，對該領域造成了巨大的負面效應。

該文的研究者們本來是希望通過CRISPR/Cas9基因編輯技術來修正帶有Pde6b基因突變的小鼠動物模型，雖然Pde6b基因的突變被修復了，然而，意想不到的是，這樣的小鼠相比於對照組小鼠竟然攜帶了上千個單核苷酸變異SNVs。

圖：A顯示通過CRIPSR-Cas9編輯Pde6b基因突變的小鼠（隨機挑選兩個，即F03和F05，而對照組是沒有經過CRIPSR/Cas9編輯的Pde6b基因突變的小鼠），進行全基因組測序發現，F03這隻小鼠相比較於對照組有1736個單核苷酸變異SNVs，而F05這隻小鼠有1696個單核苷酸變異SNVs。B代表的測序分析統計結果顯示在F03小鼠和F05小鼠中出現在外顯子上的SNVs分別為60個和51個。而非同義突變在F03小鼠和F05小鼠中並不多，分別有26個和18個，共同的有15個。

而且更令人震驚的是，發生突變以及小插入和缺失（indels）的序列與sgRNA幾乎沒有任何關係，與預測的序列和位點完全不一樣，這表明發生突變的序列在基因組中可能是隨機的，與sgRNA無關。這說明基因編輯在體內產生的突變的位點是無法預測的，是隨機的，這就非常麻煩了。

圖：A表示的是預測的可能會發生脫靶突變的序列及位置。B、C、D顯示發生突變與預測的脫靶位置幾乎沒有任何關係。

不過很快，就有該領域的許多研究者紛紛發聲，指出實驗設計的種種不足，質疑文章的可信度。Nature方面也收到了不少科學家的來信，要求將這篇文章撤稿。尤其是Intellia Therapeutics和Editas Medicine這樣的公司自然更是坐不住了，當時這兩家基因編輯公司就強烈反擊批評CRISPR/Cas9基因編輯導致突變的這篇文章，稱應將其撤稿。

面對洶湧的質疑浪潮，《Nature Methods》也坐不住了，隨後發表了一個「Editorial Note」提醒大家，緊接著又表達了「concern」，最終進行了「retraction」處理。

對於這篇2017年全球最具爭議性的文章之一，僅僅撤稿並不足以平息爭論，最終還需要《Nature Methods》宣布一個最終結果。因此，《Nature Methods》在3月30日最新在線發表來自基因編輯領域數十位頂尖學者和機構的多篇通訊文章，來回應這篇文章，並且進行了撤稿處理。

那麼，《Nature Methods》最終給出撤稿的理由是什麼呢？

首先是這篇爭議文章所採用的小鼠的問題。雖然這些小鼠來源於同一「祖先」，然而，基因編輯的小鼠和對照小鼠也並非屬於親兄弟姐妹的關係（即便是親兄弟姐妹，其基因組本身存在的突變也可能具有很多不同），遺傳背景來源不清楚，這就造成一個巨大問題：這些小鼠在採用CRISPR基因編輯技術之前，其基因組本來就已經存在許多突變了，而非基因編輯之後造成的。

其次，其他研究團隊經過分析之後，也沒有證據顯示CRISPR基因編輯之後會造成突變。

《Nature Methods》對此也做了一個聲明，解釋了撤稿的原因。

雖然這場巨大的爭論最終以文章撤稿划上句號，但CRISPR基因編輯技術的關鍵問題仍然存在：那就是，CRISPR基因編輯之後，是否真的會造成基因組中其他位置的突變？

但目前這方面的數據還太少，還需要更多的研究來排除這一問題。

雖然在這一輪博弈中，CRISPR技術扳回了一局。但其臨床化的進程還任重而道遠吶~

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