如何用Origin繪製「地圖」插圖?
在生命科學的文章中我們經常會見到「地圖」插圖,它可用來展示取樣地點、種群地理分布、動物的遷徙、昆蟲(帝王蝶,蝗蟲、稻飛虱等)遷飛、植物病害流行、疾病傳播等等。例如下面這些高分文章的插圖:
(Science,2018)
(Cell Research,2016)
(Annual reviewof phytopathology, 2011)
(Nature, 2014)
毫無疑問,加入地圖插圖會使文章或演講PPT增色不少,感覺無形中多了一種「全球性「的視野。但繪製地圖插圖絕不是件容易的事,從上面例子中風格各異的插圖可以看出,大家所用的方法「很雜」。
我能想到的方法有:截取地圖後用PS或AI做標記(數據較少時),也可用各種R包繪製,甚至動用地理信息專業的軟體ArcGIS等,當然也有人用矢量軟體如 Ai 的鋼筆工具臨摹出可分區著色的矢量圖…
今天,給大家介紹個簡單的方法,用Origin繪製以地圖為背景的氣泡圖(類似上面第二個例子)。
數據準備
手頭沒有類似群體研究的取樣地點數據,就以之前的「不同省份引用Omicshare發表SCI的篇數」的數據為例,這裡只用到經緯度數據(省會城市的)和對應的文章篇數(已用淺綠色標記),前者用來確定氣泡在坐標區域的位置,後者決定氣泡的Size(大小),如下圖。。
經緯度數據可在網上搜索下載,也可在在線地圖上手動拾取。
繪製過程
將上面的數據,粘貼到Origin的表格中,然後在Plot菜單繪製氣泡圖,方法如下。
數據的選擇添加方法如下圖。
點擊Ok即可完成繪製,雙擊氣泡,可更改氣泡的填充顏色和邊界顏色,不透明度,大小尺度等。氣泡圖就初步繪製好了(如下圖),下面開始添加地圖背景。
然後,在view菜單下打開Apps(快捷鍵:Alt+9)窗口,點擊Google Map Import app,打開對話窗口。
地圖背景導入使用選框(Area within ROI Box),選框可用滑鼠貼近邊框調整大小,指針在紅色選框區域內拖動,移動選框;指針在紅色選框區域外拖動,移動地圖;滑鼠中間滾輪縮放地圖(可看到不同的層級)。
如果想要精確框選區域,可點擊左上角的經緯度數值,手動輸入經緯度數值,選框大小和位置隨之更改。
Map Type有4種類型,這裡選默認的Road Map,大家也可選地形圖、衛星圖等,這裡不做展開,大家可自己探索。
Import to(導入到) 選Graph Background;Label(地名)這裡取消顯示;勾選Rescle Layer by Map,這樣會根據選擇的地圖區域自動調整坐標軸的範圍。最後,點Import as Update將地圖導入到已打開的圖表。雙擊氣泡,根據地圖顏色,再調整下氣泡的顏色和大小(Scaling Factor)等,結果如下圖。
右鍵坐標軸標籤,選TickLabels,輸入(a176)到 Suffix 框中,給坐標軸標籤加上單位「度」,方法如下圖。
最終的結果如下圖:
插件安裝
插件的安裝方法很簡單,只要將.opx的文件拖拽到打開的Origin(注意安裝9.5之後的版本)界面即可完成安裝。
Google Map Import使用谷歌的服務,由於眾所周知的原因,安裝之後會出現打開Google Map Import並沒有地圖的情況。
這時不要急,人家考慮到了中國用戶,在只要點Preference按鈕把Word改為China,關閉重啟軟體即可,方法見下圖。
GIF
今天的內容就到這裡啦~
參考文獻
Delgado-BaquerizoM, Oliverio A M, Brewer T E,et al. A global atlas of the dominant bacteriafound in soil[J].Science, 2018,359(6373):320-325.
Wang G D, Zhai W, Yang H C, et al. Out ofsouthern East Asia: the natural history of domestic dogs across the world[J].Cell research, 2016, 26(1): 21.
Singh R P,Hodson D P, Huerta-Espino J, et al. The emergence of Ug99 races of the stemrust fungus is a threat to world wheat production[J].Annual review of phytopathology, 2011, 49: 465-481.
Zhan S, Zhang W, Niitepold K, et al. The genetics of monarch butterflymigration and warning colouration[J].Nature, 2014, 514(7522): 317
※全基因組重測序研究狗的馴化起源
※利用qPCR研究環境中微生物數量
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