Cytoscape：強大的pathway分析可視化工具

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Cytoscape是一款人見人愛的便捷工具，今天我們要繼續介紹。

之前已經推送過一些介紹（點文字直達回顧）：

生信分析中我們經常會做KEGG和GO富集分析，一般拿到結果後就想到用柱狀圖展示pathway的富集情況。比如下面這樣：

如果學會使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以幫我們更形象地展示pathway之間的關係，以及gene在pathway中的富集情況，論文插圖瞬間提示一個檔次，比如像這樣：

下面我們就來看一下如何使用Cytoscape中的ClueGO和CluePedia插件。

Step1：安裝Cytoscape

Step2：安裝ClueGO和CluePedia插件

安裝完成後，打開Cytoscape。在主界面中選擇Apps-App Manager，在彈出的對話框中分別搜素ClueGo和CluePedia並安裝這兩個插件，安裝過程需要聯網。

ClueGO第一次使用還需要按照提示申請license，申請網址為；http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoLicense.shtml。點擊Request a license key，填寫基本信息之後提交審核，審核時間可能需要幾天。拿到license之後點擊App-ClueGO，在彈出的提示框中輸入license即可激活ClueGO。

激活ClueGO

Step3：使用Cytoscape進行pathway富集分析及可視化

如下圖所示，在ClueGO+CluePedia面板中選擇相應的參數，並將需要分析的基因列表粘貼到3的方框中，點擊start開始分析。

右上角的面板中會顯示下圖這樣的pathway關係圖，展示富集出來的顯著差異的pathway及其之間的關係，右下角的面板會展示pathway的P值信息：

下面，我們還需要用CluePedia對上面得到的圖進行優化調整，並且顯著基因在pathway中的富集情況。在右下角的面板中點擊CluePedia選項，下面有一行選項可以改變網路的展示形式，並且顯著基因與pathway之間的聯繫。之後便可以得到包含基因的pathway圖。可以使用滑鼠對edge進行微調，也可以在Layout中進一步調整圖片展示形式。

Step4：導出結果

在左上角的選項中，可以選擇導出圖片和表格，解析度可以選擇最大。

右下角的ClueGO面板中也可以將ClueGO的結果導出為表達。

ClueGO+CluePedia的使用就介紹到這裡，Cytoscape中還有許多非常實用的插件，今後會有更多相關介紹。

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