Blast2go安裝之中間站：MySQL安裝及修改數據保存路徑

最新 04-15

審校：大俞先生

書接上一回，本篇是 #在Linux系統上安裝配置生物序列分析軟體Blast2go系列# 的第二部分。MySQL是Blast2go本地化所依賴的資料庫。本篇主要介紹它的安裝配置、存儲位置修改及新版中低級密碼設置不允許的解決方法。

Blast2go的安裝配置、導入配套數據到MySQL以及版本不兼容的解決方法請見下回分解。

車友請跳到需要部分閱讀，老司機請跳車。

我的系統：Ubuntu17.10.1 （64 bit）（kernel 4.13）

以下操作步驟基於v.5.7，與較舊版本配置文件及部分命令差異較大。另基於用戶有root許可權，沒有的話請直接跳到第二部分路徑修改中、配置文件修改的那段黑體字，然後上網找篇沒有root許可權的安裝MySQL方法配合服用。這裡推薦Wei Shen的筆記（無root許可權的安裝MySQL）：

安裝非常簡單，兩行命令就可以解決。命令行輸入:

安裝的版本是v.5.7。安裝完成後按提示設置密碼：

命令行輸入：

如果希望使用MySQL圖形界面，再安裝mysql-workbench：

然後win鍵打開搜索，搜「mysql」就可以打開圖形界面了。

界面很友好，可用圖形化操作也可以寫代碼。畫風是這樣的：

存儲的MySQL數據非常大，我系統所在的固態硬碟只有240G，這就需要將數據儲存在外加的機械硬碟中。由於MySQL版本更新，配置的文件也有變化，以前很多教程不適用於現在的版本。在v.5.7中設置數據保存路徑操作如下。

先停止MySQL，命令行輸入：

在想要存放MySQL數據的位置新建一個文件夾mysqldata（名字隨意）。

以下命令需要root許可權，進入root用戶更方便。

輸入:

輸入密碼後進入root模式。

打開目錄後輸入:

查看許可權。

可以看到文件許可權屬於mysql用戶和mysql組，所以遷移數據的目的文件也需要被賦予相同許可權。命令行輸入：

此處

為剛剛新建的mysqldata文件夾的位置。

上面mysql文件的許可權為700（只有所有者有讀寫和執行的許可權），所以將遷移目標文件（新建的mysqldata）也賦予相同或更高的許可權（比如777，即每人都有讀寫和執行的許可權），命令行輸入：

然後用cp命令將/var/lib/mysql下的所有內容複製到mysqldata目錄。-a參數用於保留文件屬性、鏈接。這一步建議使用cp而不是mv（移動）命令，等確定能運行後再刪除，因為這個文件如果出問題可能導致需要MySQL重裝（如需要重裝方法見此段第三部分）。

複製和改許可權這兩部分順序可換。如果更新資料庫內容或移動位置後不能啟動MySQL，出現「can"t connect to mysql server through socket…」報錯也可嘗試重新執行賦權那2步操作解決。

接下來還需要修改MySQL的配置文件，為了避免中文路徑的影響，新建/media/hd1文件夾用於掛載機械硬碟。路徑不存在此問題可忽略下面3張截圖了。

接下來這一步是與其它版本修改差別最大的地方，新版的MySQL配置的文件變化了。網上很多說在/etc/mysql/my.cnf中修改，但進去後並沒有匹配的欄位。v.5.7要修改的第一處配在/etc/mysql/mysql.cnf.d/mysql.cnf中。到後面很多功能的配置都會用到這個文件，按網上攻略找不到時不妨試試從這裡面找。

命令行輸入：

打開後搜索欄位「datadir」，加#注釋掉原來的路徑，補mysqldata所在路徑。

還有一處需要修改的配置在/etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld（使用gedit命令，方法同上）中，搜索欄位「datadir」，注釋掉如圖兩行，補上:

至此，所有需要修改的部分都完成了。

Apparmor是Ubuntu中的安全控制項。我們重啟MySQL前需要先將它重啟：

重啟MySQL：

所有步驟完成了。試試登錄吧：

後輸入密碼。