windows下安裝HMMER軟體進行結構域模式掃描

簡單介紹

HMMER，從軟體名字來看就知道其實用的隱式馬可夫模型來做分析的，具體是用於分析生物序列。雖然他也可以當做Blast的替代工具（…並不能提高效率，但能提高敏感度），但我認為，其最大的優點在於他可以基於序列模式進行檢索。

序列模式，一般是可從保守的序列區域構建，如某個蛋白的結構域，或者某個轉錄因子的結合位點。其中蛋白結構域的模式，最常見的下載地方就是pfam資料庫。

以下，將從安裝和使用兩個步驟分別展開，完成windows下HMMER的使用，用於從某個序列集合中鑒定出含有特定結構域序列

下載

按照操作系統的位數，32位或者64位，選擇對應的版本下載，一般現在的都是64位

從文件名來看，3.2版本需要cygwin，那麼還需要安裝一堆東西，放棄他，直接安裝3.0的能直接在windows下運行的版本。

安裝（或者說添加環境變數）

添加剛才複製的字元串到windows系統的環境變數中，滑鼠右鍵，在彈出的菜單中選擇·，

隨後就是一路確定

此時使用windows快捷鍵，打開運行窗口，鍵盤摁下，win鍵就是ctrl和alt旁邊的那個不是fn的鍵，此時彈出運行窗口，在其中輸入，隨後回車

如果顯示上述情況，那麼就安裝成功了

使用hmmscan掃描蛋白序列集合

詳細見另一篇推文….（亦即基因家族那篇）

常見使用報錯

剩下的就沒問題了….

總結

windows下使用編譯好的（其實也是依賴於cygwin的.dll文件）的HMMER，那麼必須使用pfam27.0的庫，否則..無法運行

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